Fonteyn nacque con il nome di Margaret Evelyn ("Peggy") Hookham da padre inglese e madreirlandese. La madre erafiglia illegittima dell'uomo d'affaribrasilianoAntonio Fontes. I primi anni li trascorse inCina, dove la famiglia si trasferì per seguire il lavoro del padre. All'inizio della sua carriera, Margaret trasformò il cognome Fontes in Fonteyn (lo stesso fece suo fratello) e il nome Margaret in Margot, da qui il nome d'arte.
Neglianni quaranta, Margot e il ballerinoaustralianoRobert Helpmann formarono una coppia artistica molto acclamata. Insieme andarono in tournée per molti anni. Neglianni cinquanta, danzò conMichael Somes, ballerino inglese del Royal Ballet e co-direttore della compagnia.
Ma la vera coppia artistica emerse negli anni in cui molti (compresa la direttrice del Royal Ballet, DameNinette de Valois) pensavano che Margot stesse per ritirarsi. Nel 1961, il ballerino sovieticoRudol'f Nureev, intournée per la prima volta inEuropa con ilBalletto Kirov, chiese asilo politico allaFrancia e abbandonò l'Unione Sovietica.
Il 21 febbraio 1963, Nureev e Margot Fonteyn apparvero sul palco, per la prima volta insieme, in una rappresentazione diGiselle a Londra. Fu un grande successo. Durante le chiamate alla ribalta, Nureev si inginocchiò davanti alla Fonteyn e le baciò la mano, cementando un'unione che durò una vita, sia sul palco sia fuori. Nonostante la differenza di storia personale, temperamento ed età (quasi venti anni), furonoamici e leali l'uno all'altra fino alla fine. La coppia diventò famosa per le ripetute chiamate alla ribalta e per i lanci dibouquet di fiori sul palco da parte del pubblico a ogni rappresentazione.
Fonteyn era famosa per la sua professionalità e la lealtà verso colleghi e amici. Il suo modo di danzare emergeva per il lirismo, la grazia, la passione e la musicalità, in sé qualcosa di magico che, in palco, la rendeva speciale.
Negli anni 1940 ebbe una lunga storia d'amore con ilcompositore ingleseConstant Lambert.Nel 1955 FonteynsposòRoberto Arias, undiplomaticopanamense. Il matrimonio fu piuttosto burrascoso a causa delle infedeltà del marito e della sua attivitàpolitica contro il governo. Nel 1965, un rivale politico gli sparò, lasciandolo paralizzato. Per pagare le spese mediche del marito Margot fu costretta a danzare fino ai 60 anni, nonostante un'artrosi al piede. Quando si ritirò dalle scene, nel1979, fu nominata dal Royal Balletprima ballerina assoluta, un titolo che poche volte è stato attribuito a una ballerina. Andò a vivere a Panama per stare accanto al marito paralizzato. Ammalatasi di cancro, vi morì nel 1991.