Conclusa la carriera da giocatore, ha intrapreso quella di allenatore. La prima esperienza è sulla panchina delBarcellona B, allenato dal 2008 al 2011, a cui segue una singola stagione come tecnico dellaRoma (2011-2012). Tornato in Spagna, tra il 2013 e il 2014 guida ilCelta Vigo. Dal 2014 al 2017 è stato allenatore del Barcellona, dove conquista due campionati spagnoli, tre Coppe di Spagna, una Supercoppa spagnola, unaUEFA Champions League, una Supercoppa UEFA e unaCoppa del mondo per club FIFA. Dopo un anno sabbatico, dal 2018 al 2022 ha assunto il ruolo dicommissario tecnico della nazionale spagnola.
È sposato dal 27 dicembre 1997 con Elena Cullell,[2] dalla quale ha avuto tre figli: Pacho (1998), Sira (2000) e Xana (2009), quest'ultima deceduta per uncancro alle ossa il 29 agosto 2019.[3][4]
Comincia a giocare all'età di undici anni nelle giovanili delloSporting Gijón. Debutta in prima squadra il 24 settembre 1989 inprima divisione, nella partita Sporting Gijón-Malaga (0-1). Nella stagione seguente contribuisce alla qualificazione della squadra allaCoppa UEFA segnando 14gol.
Nell'estate seguente ilReal Madrid lo acquista per 250 milioni dipesetas[5] (circa 3 miliardi dilire). Nella prima stagione nel Real Madrid viene utilizzato comeala ointerno destro, sotto la gestione diRadomir Antić. Sacrificato in posizioni non consone alle sue abilità anche sotto la gestione diBenito Floro, durante la quale il calciatore vince comunque laCoppa di Spagna e laSupercoppa di Spagna, con l'arrivo del tecnicoJorge Valdano, nel 1994, Luis Enrique, schierato come centrocampista di fascia destra, riacquista centralità nel progetto tattico della squadra. Nella stagione 1994-1995, chiusa con la vittoria del campionato, va in gol nel largo successo per 5-0 contro ilBarcellona, ma nell'annata 1995-1996 vive una stagione negativa, caratterizzata, per il Real Madrid, da una crisi societaria e di risultati.
Luis Enrique (secondo da sinistra) al Barcellona, mentre entra in campo con la squadra a Firenze per la semifinale di ritorno dellaCoppa delle Coppe 1996-1997.
Nel 1996 il presidente del club madrilenoLorenzo Sanz decide di non rinnovargli il contratto, consentendo a Luis Enrique di firmare per il club rivale delBarcellona, dove ritrovaAbelardo, ex compagno allo Sporting Gijón. Nella prima stagione con il club blaugrana, sotto la guida diBobby Robson, segna 17 gol e vince laSupercoppa di Spagna, laCoppa del Re e laCoppa delle Coppe. Anche nella stagione successiva, agli ordini dell'olandeseLouis van Gaal, si dimostra un centrocampista con grande senso del gol: 18 nella Liga, 25 complessivi nella stagione, impreziosita dalla vittoria del campionato, della Coppa del Re e dellaSupercoppa europea.
A Barcellona diviene capitano della squadra e si aggiudica un altro titolo nazionale nel 1998-1999. Il quinquennio successivo sarà privo di trofei; il 16 maggio 2004 il giocatore disputa la sua ultima partita da calciatore professionista, contro ilRacing Santander, ponendo fine a otto annate di militanza nel Barcellona: il tecnicoFrank Rijkaard lo sostituisce al 59º minuto di gioco della partita conMarc Overmars, tra gli applausi delCamp Nou.
Esordisce innazionale maggiore nel 1991, nell'amichevole contro laRomania (0-2). Successivamente prende parte con la selezione olimpica all'Olimpiade del1992, vincendo la medaglia d'oro. Con la nazionale maggiore partecipa a tremondiali (1994,1998,2002) e ad uneuropeo (1996).
Chiude la propria esperienza con la nazionale spagnola nel 2002, con 62 presenze e 12 reti.
Il 18 giugno 2008 ha assunto ufficialmente la carica di allenatore delFutbol Club Barcelona Atlètic (poi ridenominatoBarcellona B), squadra delle riserve delBarcellona, prendendo il posto diJosep Guardiola, suo ex compagno di squadra, passato a dirigere la prima squadra. La squadra, militante nellaSegunda División B, al primo anno si piazza al quinto posto e al secondo anno al secondo posto valido per la promozione inSegunda División. Alla sua terza stagione sulla panchina della squadra B ottiene uno storico terzo posto (miglior piazzamento di sempre per il club) valido per la partecipazione aiplay-off, a cui non prenderà parte non potendo la squadra militare nella stessa serie del Barcellona. Il 31 maggio 2011, durante un'intervista rilasciata alla TV ufficiale del club[6], annuncia di voler lasciare a fine stagione l'incarico di allenatore del Barcellona B, ritenendo ormai chiuso il suo ciclo.
Il 20 giugno 2011 diventa ufficialmente l'allenatore della squadraitaliana dellaRoma, di cui diventa il secondo tecnico spagnolo dopoLuis Miró, firmando un contratto di due anni da 2,9 milioni dieuro lordi per la stagione 2011-2012 e da 3,1 milioni dieuro per la stagione 2012-2013. Nell'avventura italiana lo seguonoIván de la Peña come assistente (che lascerà l'incarico il 12 agosto 2011),[7]Robert Moreno come allenatore in seconda, Antonio Llorente come mental coach e Rafael Cabanellas come preparatore atletico.[8] Fa il suo esordio ufficiale sulla panchina della Roma, il 18 agosto 2011, nella partita d'andata valida per il terzo turno diEuropa League contro loSlovan Bratislava, gara persa per 1 a 0[9]. Nella gara di ritorno la Roma pareggia 1-1, sancendo l'uscita anticipata dallecompetizioni europee[10]. Anche incampionato l'avventura con laRoma non è fortunata: la squadra si classifica al 7º posto con 56 punti ottenuti e non riesce a qualificarsi per lecoppe europee, cosa che non accadeva dal 1997. Il 10 maggio 2012, al termine di una seduta di allenamento, annuncia alla squadra che lascerà la panchina dellaRoma subito dopo l'ultima giornata di campionato,[11][12] rinunciando ad un anno di stipendio e venendo rimpiazzato dal boemoZdeněk Zeman.
L'8 giugno 2013 firma un contratto biennale con il club spagnolo delCelta Vigo, ritornando quindi inSpagna. Ad annunciarlo è la stessa società spagnola attraverso il suo account ufficiale diTwitter[13]. Il 16 maggio 2014, dopo aver conquistato il 9º posto e una salvezza tranquilla, annuncia la sua decisione di lasciare la squadra.
Il 19 maggio 2014 viene nominato nuovo allenatore delBarcellona, club del quale fu una bandiera da giocatore, con il quale firma un contratto biennale.[14][15] Il 17 maggio 2015, con la vittoria per 1-0 sul campo dell'Atletico Madrid, vince con una giornata di anticipo per la 23ª volta nella sua storia il titolo diCampione di Spagna.[16] Il 30 maggio, battendo per 3-1 l'Athletic Club, vince la 27ºCoppa del Re del Barcellona.[17]Il 6 giugno vince laChampions League contro laJuventus realizzando ilTriplete alla sua prima stagione con i blaugrana.[18] Tre giorni dopo prolunga il contratto con il Barcellona fino al 2017.[19]
Nell'estate 2016 vince la Supercoppa contro ilSiviglia.[20] Il 1º marzo 2017, dopo la vittoria per 6-1 contro loSporting Gijón, annuncia l'addio al Barça a fine stagione.[21] Dopo aver perso per 4-0 l'andata degliottavi di Champions incasa delParis Saint-Germain il 14 febbraio,[22] l'8 marzo ribalta il risultato vincendo per 6-1 (con gol decisivo diSergi Roberto al 95º minuto), accedendo così ai quarti.[23][24] Qui trova alle urne laJuventus, ma viene eliminato dalla Champions League.[25][26] Lascia la panchina blaugrana il 21 maggio 2017, in seguito alla vittoria per 4-2 contro l'Eibar e dopo aver visto sfumare il titolo di campione di Spagna, andato alReal Madrid.
Il 9 luglio 2018 viene nominato commissario tecnico dellanazionale spagnola di calcio, a seguito delle dimissioni diFernando Hierro, congedatosi dopo ilcampionato mondiale 2018.[27] Nello stesso anno partecipa alla prima edizione dellaUEFA Nations League, dove leFurie rosse si piazzano al secondo posto nel proprio girone, mancando la qualificazione alla fase finale del torneo.
Il 19 giugno 2019, meno di un anno dopo, si dimette dal ruolo ottenuto per gravi motivi personali e gli subentra il viceRobert Moreno.[28] Nell'agosto successivo viene annunciato che il motivo delle dimissioni erano le condizioni di salute di sua figlia Xana, morta a 9 anni a causa di untumore alle ossa.[29][30]
Il 19 novembre 2019 torna sulla panchina della nazionale, nel frattempo condotta da Moreno alla qualificazione alcampionato europeo 2020.[31] Conduce gli iberici sino alle semifinali, uscendo a causa della sconfitta aWembley contro l'Italia, futura vincitrice dell'edizione, che si impone aitiri di rigore.[32]
Nelcampionato del mondo 2022[33] esordisce come allenatore nella competizione, conseguendo una larga vittoria contro laCosta Rica (7-0).[34] Come nell'edizione precedente, lefurie rosse vengono nuovamente eliminate agli ottavi di finale, questa volta dalMarocco, autentica sorpresa della competizione, che dopo lo 0-0 alla fine dei tempi supplementari si impone ai rigori, con gli iberici che non riescono a mettere a segno nessun tentativo dagli undici metri.[35][36] L'8 dicembre successivo viene sollevato dall'incarico; al suo posto laFedercalcio spagnola ingaggiaLuis de la Fuente.[37]