La contea di Lincolnshire confina a nord con l'East Riding of Yorkshire, ad est si affaccia sulMar del Nord, a sud-est confina con ilNorfolk, a sud con ilCambridgeshire e per soli 19 metri con ilNorthamptonshire, a sud-ovest confina con ilRutland, a ovest con ilLeicestershire, ilNottinghamshire ed ilSouth Yorkshire.Il territorio è pianeggiante. Il sud-est, in corrispondenza del golfo denominato The Wash, è dominato dalla zona umida chiamata The Fens.Nel nord si elevano le colline di Lincolnshire Wolds designate Area di notevole bellezza naturale. Il confine settentrionale con l'East Riding of Yorkshire è segnato dall'amplissimoestuario del fiumeHumber, su cui sorge la città portuale diGrimsby. Tra i fiumi principali sono da ricordare il Witham, il Welland ed ilTrent. Il capoluogoLincoln è posto nel settore centro-occidentale. Altri centri importanti sonoGrantham,Boston e Spalding a sud e Scunthorpe e Cleethorpes a nord.
La contea è la seconda per estensione dell'Inghilterra ed è divisa nei seguenti distretti: Lincoln, North Kesteven, South Kesteven, South Holland, Boston, East Lindsey e West Lindsey.Il North Lincolnshire ed il North East Lincolnshire costituiscono delleunitary authority dal1996.