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Per ovviare alla difficoltà di programmazione del calcolatori dell'epoca, nel1954 Backus iniziò la direzione di un progetto di ricerca dellaIBM per il progetto e la realizzazione di un linguaggio di programmazione più vicino alla comune notazione matematica. Il progetto sarebbe risultato nel linguaggioFortran [NB: negli anni '50 e '60 il linguaggio aveva il nome ufficiale di FORTRAN; il nome Fortran è della fine degli anni '70], il primo linguaggio di programmazione ad alto livello ad avere grande impatto, anche commerciale, sulla nascente comunità informatica.
Dopo la realizzazione di Fortran, Backus fu un membro molto attivo del comitato internazionale che presiedette al progetto del linguaggioALGOL. In tale contesto propose una notazione per la rappresentazione delle grammatiche utilizzate nella definizione di un linguaggio di programmazione (le cosiddettegrammatiche libere dal contesto). Tale notazione è nota comeBNF, o Forma di Naur e Backus (Backus-Naur Form) ed unisce al nome di Backus quello diPeter Naur, un informatico europeo del comitato ALGOL che contribuì alla sua definizione.
Nel corso deglianni settanta, Backus si interessò soprattutto allaprogrammazione funzionale, progettando il linguaggio di programmazioneFP, descritto nella lezione che tenne per il conferimento del premio Turing, "Can Programming be Liberated from the von Neumann Style?". Si tratta di un linguaggio di interesse soprattutto accademico, che però stimolò una notevole quantità di ricerca. Il progetto FP, poi evolutosi in FL, si estinse quando Backus andò in pensione da IBM, nel 1991.
Backus viene a mancare il 17 marzo 2007 nella sua casa adAshland, nell'Oregon, probabilmente a causa dell'età avanzata.[1]
«Per i suoi profondi, autorevoli e durevoli contributi al progetto di pratici sistemi diprogrammazione ad alto livello, in special modo attraverso il suo lavoro suFORTRAN, e per l'originale e influente proposta di metodi formali per la specifica dilinguaggi di programmazione.[2]»