Tra le sciatrici più complete e vincenti della storia, annovera nel suo palmarès sei medaglieolimpiche, cinquemondiali, treCoppe del Mondo generali e altrettantedi slalom speciale, specialità da lei prediletta. Fa parte del ristretto gruppo di atlete capaci di ottenere successi in tutte le specialità dello sci alpino disputate durante il loro periodo di attività.
Insieme al fratello maggioreIvica è stata la prima sciatrice alpina di successo internazionale nella storia della Croazia, che fino ad allora non aveva una tradizione significativa in questa disciplina[1].
Forte di una considerevole crescita fisica, nellastagione 1998-1999 ottenne il primo podio in Coppa del Mondo (3ª inslalom speciale aPark City il 21 novembre) e poco dopo la prima vittoria, il 17 gennaio aSankt Anton am Arlberg incombinata; ai Mondiali diVail/Beaver Creek 1999, suo esordioiridato, si piazzò 29ª nella discesa libera, 22ª nel supergigante, 23ª nello slalom speciale, 7ª nella combinata e non completò lo slalom gigante. Nel dicembre dello stesso anno vinse due slalom speciali in Coppa del Mondo, ma pochi giorni dopo si infortunò gravemente al ginocchio, subendo la rottura di quattrolegamenti[4].
Nel 2003 visse un'altra stagione trionfale. AiMondiali di Sankt Moritz vinse due titoli, nello slalom speciale e nella combinata, e si classificò 19ª nel supergigante e 13ª nello slalom gigante; anche il fratello Ivica vinse il titolo mondiale nello slalom maschile: fu la prima volta in cui un fratello e una sorella vinsero il titolo mondiale nella stessa specialità dello sci alpino. Alla fine di quellastagione 2002-2003 la croata vinse la sua seconda Coppa del Mondo generale, grazie ai 470 punti di vantaggio suKaren Putzer, assieme alla Coppa di slalom speciale (con 212 punti di vantaggio suAnja Pärson) e alla classifica di combinata (con 20 punti di vantaggio suMartina Ertl); fu inoltre 3ª nella classifica dellaCoppa del Mondo di slalom gigante e conquistò 12 podi, con 6 vittorie.
Nellastagione 2003-2004 Janica Kostelić non gareggiò: un nuovo infortunio al ginocchio e altri problemi di salute la tennero a lungo lontano dalle competizioni[5]. Rientrò in Coppa del Mondo nel dicembre del 2004, dopo quindici mesi di assenza, e ai Mondiali diBormio/Santa Caterina Valfurva 2005, sua ultima presenza iridata, vinse la medaglia d'oro in tutte e tre le gare disputate: discesa libera, slalom speciale e combinata. Alla fine di quellastagione 2004-2005 chiuse al 2º posto sia la classifica generale, a 3 punti dalla vincitrice Anja Pärson, sia quella di slalom speciale, a 170 punti daTanja Poutiainen, mentre vinse quella di combinata con 20 punti di vantaggio sulla Pärson; i suoi podi stagionali furono 9, con due vittorie.
Il 6 ottobre 2006 dichiarò che non avrebbe partecipato allastagione 2006-2007, a causa dei già noti problemi di salute allatiroide e ai problemi legati alle ginocchia e alla schiena. Disse anche che avrebbe continuato a seguire il mondo dello sci e che sarebbe stata presente alle gare del fratello Ivica[senza fonte]. Il 19 aprile 2007, all'età di 25 anni, annunciò il suo ritiro definitivo dalle competizioni[6]. La sua ultima gara in Coppa del Mondo rimase così lo slalom gigante diÅre del 18 marzo 2006 e la sua ultima gara in carriera fu uno slalom speciale FIS disputato aPlatak il 1º aprile seguente: entrambe le gare furono vinte dalla Kostelić.