L'arcipelago è situato a cavallo dell'equatore, il clima ètropicale ma sensibilmente più piovoso nella parte occidentale che in quella orientale.
La fauna presenta una forte differenziazione fra la parte occidentale e quella orientale, le due regioni sono infatti separate dalla cosiddettalinea di Wallace.
^Questo termine di originelatina è oramai desueto. La parola è composta dall'unione diinsula (isola) e India con iltoponimo che si riferisce alleIndie Orientali.