L'Impero latino fondato dai Crociati a Costantinopoli aveva poco controllo sui territori precedentemente appartenenti all'Impero bizantino, e sorsero inEpiro e aTrebisonda Stati che si proclamavano eredi dell'Impero come a Nicea. Questa era tuttavia la più vicina all'Impero latino e la favorita per ristabilire il vecchio potere imperiale. Teodoro inizialmente fallì, subendo due sconfitte abattaglia di Poimanenon e aBursa nel 1204, ma riuscì ad occupare gran parte dell'Anatolia nordoccidentale mentre l'Imperatore latinoBaldovino I era costretto a difendersi da un'invasione da parte diKaloyan di Bulgaria. Teodoro sconfisse inoltre un esercito diTrebisonda, oltre a vari altri piccoli rivali, conquistando la posizione di più forte tra gli Stati successori. Nel1206 egli si proclamò Imperatore a Nicea.
Molte tregue e alleanze furono strette e rotte nel giro di pochi anni, mentre gli Stati successori, l'Impero latino, iBulgari e iSelgiuchidi delSultanato di Iconio (confinante con Nicea) combattevano tra loro. Teodoro tentò di dare legittimità alla propria rivendicazione nominando un nuovoPatriarca di Costantinopoli a Nicea, dopo due anni di sede vacante,Michele IV Autoreiano (20 marzo 1208 - 26 agosto 1214). Nel1219 sposò la figlia dell'Imperatrice latinaIolanda di Fiandra, ma egli morì nel1222 e gli succedette suo nipoteGiovanni III Vatatze.
Nel1224 il latinoRegno di Tessalonica fu conquistato dalDespota d'Epiro, ma questo stesso cadde sottocontrollo bulgaro nel1230. In assenza di un qualunque potere a Trebisonda, Nicea rimase l'ultimo Stato bizantino, e Giovanni III espanse la propria influenza nell'Egeo. Nel1235 si alleò conIvan Asen II di Bulgaria, permettendogli di annettere ai suoi territori Tessalonica e l'Epiro. Nel1242 iMongoli invasero i territori Selgiuchidi a ovest di Nicea e, nonostante Giovanni III fosse preoccupato che potessero attaccarlo, finirono con l'eliminare la minaccia selgiuchide per l'Impero niceano. Nel1245 Giovanni si alleò colSacro Romano Impero sposandoCostanza Anna di Staufen, figlia diFederico II. Nel1248 Giovanni aveva sconfitto i Bulgari e circondato l'Impero latino, contro cui combatté fino alla morte nel1254.
Teodoro II Lascaris, figlio di Giovanni III, dovette fronteggiare delle invasioni bulgare inTracia, ma riuscì a difendere i territori. Anche l'Epiro si rivoltò, alleato conManfredi di Sicilia, e Teodoro II morì nel1258.Giovanni IV Lascaris gli succedette, ma era ancora un bambino e la reggenza fu presa dal generale Michele Paleologo. Questi si proclamò co-imperatore (comeMichele VIII) nel1259, e presto sconfisse un attacco combinato del Despota d'Epiro, Manfredi, e del latinoPrincipe d'Acaia allabattaglia di Pelagonia.
Nel1260 Michele marciò sulla stessa Costantinopoli, cosa che non era stata mai possibile per i suoi predecessori. Egli si alleò conGenova e il suo generaleAlessio Melisseno Strategopulo passò mesi ad osservare la città per pianificare l'attacco. Nel luglio del1261, mentre la maggior parte dell'esercito latino era impegnato altrove, Alessio riuscì a convincere le guardie della città ad aprire le porte. Una volta dentro mise a fuoco il quartiereveneziano (in quanto questi erano nemici di Genova ed erano stati corresponsabili della caduta della città nel 1204). Michele fu riconosciuto imperatore del restaurato Impero bizantino poche settimane dopo.
Gli abitanti dell'Impero restaurato consideravano l'Impero di Nicea l'autentico successore di quello bizantino, nonostante l'Impero di Trebisonda continuasse ad esistere, come anche il latino Principato d'Acaia. L'Acaia fu recuperata presto, ma Trebisonda rimase indipendente. L'Impero doveva inoltre affrontare la nuova minaccia degliOttomani, che erano subentrati ai Selgiuchidi.
