Nato ufficialmente nel1903 (ma secondo alcuni biografi la vera data sarebbe il1901), Habib Bourguiba studiò al Collège Sadiki diTunisi, dove ottenne il diploma arabo, prima di iscriversi al Lycée Carnot, dove si diplomò nel1924.
Dopo essersi laureato indiritto ed aver conseguito la specializzazione in studi politici allaSorbona nel 1927, sposò la francese Mathilde Lorrain (1892–1976), madre del suo unico figlio Habib Bourguiba Jr. (1927–2009). Da lei divorziò nel1961 per sposare l'anno dopo Wassila Ben Ammar (che morì nel giugno1999), da cui poi divorziò nel1986.
Dopo il primomatrimonio rientrò a Tunisi, esercitando la professione forense insieme ad altre attività, in particolare ilgiornalismo nei giornali nazionalisti tunisini, e l'adesione al partitoDestour (cioè "Costituzione"), di orientamento indipendentista.
Nel1932 fu tra i fondatori delgiornaleL'Action Tunisienne, propugnatore di orientamentilaici. Questa posizione, anomala dentro il Dustur, condusse due anni dopo alla sua scissione in due partiti, unoislamizzante che mantenne il nome di Dustur, l'altro modernista, che si chiamòNeo-Dustur. L'ufficio politico del nuovo partito era costituito daMahmoud Materi (presidente), Habib Bourguiba (segretario generale),Tahar Sfar,Bahri Guiga eMahmoud Bourguiba.
Durante glianni trenta la repressione coloniale si fece più violenta, e Habib Bourguiba fu confinato con altri militanti nel sud del paese. Nel1936 il governo delFronte Popolare inFrancia consentì la liberazione dei leader indipendentisti. Ma il Fronte popolare durò poco, e nel1938 Habib Bourguiba fu imprigionato in Francia per cospirazione contro la sicurezza dello Stato.
Bourguiba in un discorso a Biserta il 15 gennaio 1952.
Nel1940, liberato dalle SS naziste, ilgoverno di Vichy lo consegnò all'Italia, su richiesta diMussolini, che sperava di utilizzarlo per indebolire la resistenza francese nelNordafrica, usandolo per "Radio Bari". Ma Bourguiba, una volta portato aRoma, si rifiutò di fare da garante ai regimi fascisti, e lanciò l'8 agosto1942 un appello per sostenere letruppe alleate. Per questa posizione fu presto arrestato dai nazisti e fu rimesso in libertà solo nel maggio1944.
Nel dopoguerra, dopo aver visitato molti Paesi per guadagnare sostenitori alla causa tunisina, Bourguiba rientrò in patria per continuare la lotta. Insieme aSalah Ben Youssef avviò negoziati con il governo francese, che però fallirono. Ciò provocò, nel gennaio1952, l'inizio della resistenza armata ed un irrigidimento delle posizioni in entrambi i campi.
Questa difficile situazione fu appianata dalle riforme avviate daPierre Mendès France poco più di un mese dopo la sua nomina aPrimo Ministro. Egli infatti, il 31 luglio1954, annunciò il riconoscimento unilaterale dell'autonomia interna della Tunisia (la cui condizione, va ricordato, non era di colonia, ma di protettorato, francese), e la formazione di un governo temporaneo con la partecipazione di 3 membri delNeo-Dustur.
Il trattato fu firmato il 3 giugno1955 malgrado l'opposizione di Ben Youssef, per il quale questo accordo costituiva un passo indietro. In effetti, contrariamente a Bourguiba che sosteneva una strategia verso l'indipendenza da raggiungere pacificamente e per tappe, con l'aiuto della Francia e sotto la sua egida, Ben Youssef era un fautore delpanarabismo, e puntava ad un'indipendenza totale e immediata. In qualche mese, vinse la linea di Bourguiba, evitando così al Paese il bagno di sangue che si poteva prevedere in seguito ad uno scontro frontale con la Francia, e che negli anni successivi avrebbe travolto l'Algeria.
Il 20 marzo1956 la Francia concedeva alla Tunisia l'indipendenza totale (ad eccezione del porto strategico diBiserta, che fu poi lasciato nel1963), e meno di un mese dopo veniva eletta un'assemblea nazionale costituente e Bourguiba ne diventava presidente.
Liquidata lamonarchia, il 25 luglio 1957 veniva proclamata la repubblica (e già nella scelta di questa data era il segno del riconoscimento alla Francia del ruolo di partner privilegiato). Bourguiba, nominatopresidente della nuova Repubblica, fu confermato con le elezioni dell'8 novembre 1957.
Sotto la presidenza di Bourguiba fu avviato un vasto piano di riforme destinate a dare avvio alla sovranità nazionale e a modernizzare la società tunisina, attraverso la diffusione dell'insegnamento e la promulgazione delCode du statut personnel (Codice dello statuto personale), mentre l'opposizione interna veniva liquidata e lo stesso Ben Youssef veniva fatto assassinare inGermania.
Con il nuovo codice venne molto ridimensionato il potere dei capi religiosi, pur restando l'Islam la religione di Stato (ilPresidente della Repubblica deve essere di religione musulmana). Le donne ebbero accesso ad uno status assolutamente inusitato per il mondo arabo (divieto della poligamia, sostituzione del divorzio al ripudio, legalizzazione dell'aborto e della pillola anti-concezionale), che, ad esempio nel caso dell'aborto, superava all'epoca perfino quello di cui godevano le donne francesi.
Il paese fu poi diviso in governatorati dotati di un'amministrazione moderna. Con la nomina diMahmoud Messaadi a ministro dell'educazione fu impostata la struttura di una moderna scuola pubblica e gratuita, mettendo fine al doppio regime scolastico: scuola coranica e scuola di tipo occidentale. Anche nel settore giudiziario fu abolito il doppio regime e furono instaurate corti giudiziarie civili, ponendo fine all'influenza dei religiosi sulla magistratura.
Controcorrente, rispetto ai suoi vicini e omologhi arabi dei paesi che stavano uscendo dalla fase coloniale, Bourguiba diede la precedenza all'educazione e alla salute, piuttosto che all'armamento. Dopo una breve fase socialista panaraba, nella quale dette piena fiducia al ministro delle finanzeAhmed Ben Salah, fautore del socialismo desturiano, successivamente Bourguiba si affidò a un primo ministro liberale e filo-americano,Hédi Nouira (al-Hādī Nuwayra).
Anche in politica estera, Habib Bourguiba si distinse dai suoi omologhi, sostenendo, 20 anni prima diAnwar al-Sadat, la normalizzazione dei rapporti conIsraele, e proponendo all'ONU la creazione di una federazione tra gli stati arabi della regione e lo stato ebraico.
La vecchiaia di Bourguiba e il decadere della sua salute coincisero, tuttavia, con l'arresto dello sviluppo del paese: acclamatoPresidente a vita nel1975 in base alla revisione dell'art. 39 della Costituzione tunisina, nel1978 egli riallineò il paese alle posizioni anti-israeliane prevalenti nelmondo arabo, criticando gliaccordi di Camp David, il che valse alla Tunisia la designazione a sede dellaLega araba e in seguito, dell'Organizzazione per la Liberazione della Palestina (OLP) nel momento in cui questa fu costretta ad abbandonare il Libano in occasione dell'intervento militare israeliano del 1982. Crescevano intanto, nel paese, ilclientelismo, la corruzione e la paralisi dello Stato. Le lotte per la sua successione e l'accentuarsi del carattere autoritario del regime indussero in Tunisia, a metà deglianni ottanta, una grave crisi politica.
Questa situazione favorì una forte crescita dell'islamismo radicale, che portò il paese sull'orlo della guerra civile dando luogo a crescenti sommosse, come del resto stava accadendo in tutto il Maghreb (sono questi, gli anni in cui inizia anche laguerra civile algerina).
Iniziato sotto il segno delliberalismo e dellalaicizzazione della società tunisina (Bourguiba è stato iniziato inMassoneria in una loggia del grande Oriente di Francia durante un suo soggiorno aGrenoble),[5] il lungo regno di Bourguiba si concludeva nel decadimento mentale senile del capo dello Stato, in una grave crisi economica e nella lotta senza quartiere del generaleZine El-Abidine Ben Ali contro l'islamismo radicale crescente.
Nel1987 il presidente Bourguiba fu deposto persenilità, con uncolpo di Stato "medico" rimasto unico negli annali del mondo arabo, dal gen. Ben Ali (a cui i servizi segreti italiani delSISMI probabilmente donarono il proprio sostegno[6]) che era stato nominato Primo Ministro. Questi, eletto presidente nel1989, proseguì comunque la politica del suo predecessore, accreditandosi come suo figlio spirituale, in linea con il desiderio di Bourguiba, che avrebbe voluto governare anche dopo la propria morte.
Per evitare che gli oppositori del regime lo usassero ai propri fini, il vecchio presidente fu confinato nel suo "dorato" palazzo diMonastir, sua città natale, fatto oggetto di grande riguardo e con l'assistenza di una équipe medica.
Morì il 6 aprile2000, all'età ufficiale di 96 anni (ma forse erano 99), e fu sepolto nel mausoleo di famiglia, dove già aveva fatto collocare i suoi genitori e la sua prima moglie Mathilde.