Alla morte del padre, nel561, sempre secondo Gregorio di Tours e come confermato anche dalle cronache del vescovoMario di Avenches[3], i quattro figli di Clotario I che erano ancora in vita si divisero il regno del padre in quattro parti e a Gontrano toccò quello che era stato il regno dello zioClodomiro[4], il regno diOrléans.
Dopo la morte del fratello, il re diParigiCariberto I, senza eredi maschi, il regno di Parigi venne diviso tra il di lui fratello,Sigeberto I ed il fratellastro,Chilperico I, per cui Gontrano estese i suoi domini.
Cercò sempre, con poco successo, di mantenere la pace tra i regni franchi, intervenendo con la sua opera di mediazione, cercando di intervenire sempre a favore del fratello più debole per dirimere i contrasti traSigeberto I eChilperico I (la guerra civile tra laNeustria e l'Austrasia era iniziata dopo l'uccisione diGalsuinda, la moglie di Chilperico I, su ordine del marito; Galsuinda era la sorella diBrunechilde, moglie di Sigeberto I).
Non avendo eredi, essendogli premorti tutti i figli, nel577, aPompierre, adottò suo nipoteChildeberto II, figlio di suo fratello Sigeberto I di Austrasia (ucciso per volere diFredegonda nel575) e diBrunechilde[5] e, con il trattato diAndelot del 28 novembre587, dispose che alla sua morte gli succedesse comere di Burgundia[6].
Nel575 Gontrano estese i suoi domini a spese deiLongobardi, dopo il loro attacco inProvenza fermato dal generaleEnnio Mummolo, includendo le città e le valli cisalpine diAosta e Susa[7].
Durante la guerra traVisigoti eSuebi, Gontrano si schierò a favore di questi ultimi, inviando una flotta in Galizia e intervenendo con le sue truppe nellapenisola iberica per contrastare ilre visigotoLeovigildo, che inviò contro Gontrano il figlioRecaredo, che sconfisse iFranchi. Leovigildo allora offrì un'alleanza a Gontrano, che non solo la rifiutò, ma, con le sue truppe, entrò nuovamente nella penisola iberica, dove fu nuovamente fermato da Recaredo. Dopo la morte di Leovigildo, avvenuta durante la seconda invasione di Gontrano, Recaredo, nuovo re dei Visigoti, nel corso del587 si convertì alla religione ortodossa (cattolica) ma, nonostante la conversione dei Visigoti, Gontrano li attaccò per due volte inSettimania, venendo però sconfitto.
Gontrano, durante il suo regno, si dedicò anche all'edificazione di edifici religiosi, tra cui, nel584, la chiesa di San Marcello aChalon-sur-Saône; aDigione ampliò lachiesa di San Benigno.
Ormai anziano ed assieme al reggente Childeberto II, diedero il permesso al monaco irlandesesan Colombano di fondare l'abbazia di Luxeuil e altri due monasteri nel cuore deiVosgi e a operare assieme ai suoi monaci nelle varie missioni e fondazioni in tutti i regni Franchi.
Gontrano, secondo il cronistaFredegario, morì, nel trentatreesimo anno di regno, il 28 marzo592, aChalon-sur-Saône, dove fu sepolto nella chiesa di San Marcello da lui fondata. Il trono, senza alcuna opposizione, passò aChildeberto II: laBurgundia andò così a formare un unico regno con l'Austrasia.
Gontrano si sposò due volte[8]. Prima che prendesse moglie, però, una delle sue serve, Veneranda (ca.520-589), divenne la sua concubina e gli diede un figlio, Gondebaldo (circa549-dopo il556), che fu avvelenato dalla matrigna Marcatrude dopo che Gontrano aveva inviato il suo primogenito adOrléans. Nel556, infatti, Gontrano aveva sposato la figlia diMagnario, un duca dei Franchi, Marcatrude (?- dopo il556), che gli diede un figlio maschio (nato dopo il561), il quale morì poco tempo dopo il fratellastro Gondebaldo.
Gontrano, dopo la morte dei due figli, allontanò da sé Marcatrude che, non molto tempo dopo, morì. Rimasto vedovo, nel566 prese un'altra moglie, Austrechilde, detta Bobila (ca.548-580), che gli diede due figli: Clotario e Clodomiro. Entrambi, secondo quanto riportato dal vescovoMario di Avenches[3], morirono dipeste nel577.
Christian Pfister,La Gallia sotto i Franchi merovingi. Vicende storiche, inStoria del mondo medievale - Vol. I, Cambridge, Cambridge University Press, 1978, pp. 688-711.
Christian Pfister,La Gallia sotto i Franchi merovingi, istituzioni, inStoria del mondo medievale - Vol. I, Cambridge, Cambridge University Press, 1978, pp. 712-742.
Rafael Altamira,La Spagna sotto i visigoti, inStoria del mondo medievale - Vol. I, Cambridge, Cambridge University Press, 1978, pp. 743-779.