Il Górnik Zabrze viene fondato il 14 dicembre 1948 dall'unione di varie società aZabrze, città da poco entrata a far parte dellaPolonia. Alla squadra viene dato il nomeGórnik, che in polacco significa "minatore", in virtù della vocazione mineraria del territorio.
La squadra parte dal basso dei campionati regionali, e accede per la prima volta in massima divisione nel1956. Conclude questo torneo in sesta posizione, mentre già nelcampionato successivo può festeggiare il primo titolo nazionale. Glianni cinquanta vengono conclusi vincendo un secondo campionato, nel1959.
Il Górnik vince la primaCoppa di Polonia nel1965, seguita da quelle del1968 e del1969. Proprio grazie alla vittoria di quest'ultima i polacchi partecipano allaCoppa delle Coppe 1969-1970 e arrivano in finale, dopo aver sconfitto igreci dell'Olympiacos, gliscozzesi delRangers, ibulgari delLevski Sofia e laRoma. La squadra italiana viene eliminata solo per sorteggio, dopo che i tre incontri finiscono in parità (1-1 all'Olimpico, 2-2 alloStadion Śląski diChorzów e 1-1 nello spareggio diStrasburgo). La finale viene giocata alPrater diVienna, e qui la squadra polacca viene sconfitta 2-1 dagli inglesi delManchester City. Ad ogni modo il capocannoniere della manifestazione è un giocatore del Górnik, l'attaccanteWłodzimierz Lubański, autore di tregol negli incontri giocati contro la Roma.
Glianni settanta cominciano con il nono titolo nelcampionato 1970-1971 e il decimo l'anno successivo, più la vittoria di tre Coppe di Polonia nel1970,1971 e1972, che unite alle due della fine del decennio precedente fanno cinque trofei consecutivi nella manifestazione. In questo periodo c'è da ricordare la partecipazione allaCoppa delle Coppe 1970-1971 nella quale Lubański è ancora capocannoniere, ma in cui la squadra polacca viene nuovamente eliminata dal Manchester City, in questa occasione nei quarti di finale: dopo che le due partite regolamentari sono finite 2-0 per le squadre di casa si rende necessario un terzo incontro di spareggio, che i polacchi perdono 3-1.
Da qui alla fine del decennio il Górnik alterna campionati da alta classifica, terminati anche con due partecipazioni allaCoppa UEFA, ad altri a metà classifica. Al termine delcampionato 1977-1978 la squadra finisce ultima in classifica e retrocede inII liga, ma si assiste comunque ad una pronta risalita nel massimo campionato dopo una sola stagione in seconda divisione.
Nella prima parte deglianni ottanta la squadra non va mai oltre la quarta posizione, mentre nel1984-1985 il Górnik vince l'undicesimo campionato, che non è altro che il primo di quattro consecutivi. A queste vittorie c'è da aggiungere laSupercoppa nazionale del1988, più un buon terzo posto nelcampionato 1988-1989. Questo dà alla squadra l'accesso allaCoppa UEFA 1989-1990, dove viene sorteggiata al primo turno con laJuventus. La squadra italiana vincerà poi il torneo, ma la trasferta in terra polacca verrà tristemente ricordata per la prematura scomparsa diGaetano Scirea, membro della società bianconera oltre che ex-giocatore e bandiera della squadra, a causa di un tragico incidente stradale.
Neglianni novanta il Górnik non vince nessun trofeo; il punto più alto è il secondo posto nelcampionato 1990-1991, seguito poi da un terzo posto tre anni più tardi, posizioni che danno l'accesso ad altre due partecipazioni allaCoppa UEFA. Nella prima parte deglianni duemila, invece, la squadra non va mai oltre la settima posizione.
Nel 2006 il club viene acquistato dal gruppo finanziariotedescoAllianz. Nel2008-2009 la squadra si classifica all'ultimo posto e retrocede. Anche in questo caso dopo un solo anno, nel giugno 2010, raggiunge la promozione e torna nellamassima serie. Conclude ilsuccessivo campionato al sesto posto, mentre nellastagione 2011-2012 è ottavo.
Nella stagione 2015-2016 dell'Ekstraklasa si classifica ultima e retrocede, ma la promozione viene guadagnata già nell'annata seguente.
