Il club venne fondato nel 1923 comeMetallist Lugansk[2]. Nel corso degli anni ha cambiato denominazione inDzeržinec,Trudovye Rezervy eAvangard, finché nel 1957 è tornato alla denominazione diTrudovye Rezervy associato al nome della città diVorošilovgrad, che nel 1959 tornò a chiamarsi Lugansk[2]. Dal 1957 ha militato inKlass B, seconda serie delcampionato sovietico. Nel 1964 ha cambiato denominazione inZarja e nel 1966 ha prima concluso al primo posto il gruppo 2 dellaVtoraja Gruppa A e successivamente vinto gli spareggi promozione, raggiungendo laPervaja Gruppa A, massima serie del campionato sovietico, per la prima volta nella sua storia[2][3].
Ha militato nellaVysšaja Liga sovietica per dodici stagioni consecutive, culminate con la vittoria del campionato e del titolo di campione dell'Unione Sovietica nellastagione 1972. Nel 1972 la squadra, allenata da German Zonin, andò in testa alla classifica sin dalla prima giornata e vi rimase fino alla fine, resistendo agli assalti delle dirette concorrenti al titolo e distanziando di cinque punti laDinamo Kiev e laDinamo Tbilisi, e diventando la prima squadra di una città non capitale di una delle repubbliche sovietiche a vincere il titolo[4][5]. Inoltre, buona parte della squadra dello Zarja, incluso l'allenatore, rappresentarono l'ossatura dellanazionale sovietica, che nello stesso anno partecipò a un torneo per festeggiare i 150 anni dalla nascita delBrasile[5].
Nel 1991 il club cambiò denominazione inZorja secondo la dizione ucraina e dopo ladissoluzione dell'Unione Sovietica e la soppressione del campionato sovietico, il club si iscrisse alcampionato ucraino di calcio. Nel 1992 il club cambiò nuovamente denominazione inZorja-MALS dopo un accordo di sponsorizzazione che salvò il club dal fallimento, potendo così partecipare alla prima edizione dellaVyšča Liha, chiusa al settimo posto[2][5]. Nel 1995 la sponsorizzazione venne meno, il club tornò a chiamarsiZorja e, nuovamente sull'orlo del fallimento, concluse laVyšča Liha 1995-1996 al diciottesimo ed ultimo posto, retrocedendo inPerša Liha[5]. Disputò le dieci stagioni successive nellaseconda e nellaterza serie nazionale, finché nel 2006 vinse il campionato diPerša Liha e venne promosso inmassima serie[5]. Dopo diverse stagioni concluse nella seconda metà della classifica, nellastagione 2013-2014 lo Zorja concluse il campionato al settimo posto e guadagno l'accesso per la prima volta allaUEFA Europa League, grazie all'esclusione dalla competizione delMetalurh Donec'k da parte dellaUEFA. La prima partecipazione dello Zorja alla UEFA Europa League si concluse ai play-off con l'eliminazione ad opera delFeyenoord.
Nella fase a gironi dellaUEFA Europa League 2017-2018 è stato sorteggiato nel girone assieme adAtletic Bilbao,Hertha Berlino eÖstersund, concludendo al terzo posto con 6 punti frutto di due vittorie (inclusa la vittoria allostadio di San Mamés a Bilbao per 1-0) e quattro sconfitte, venendo eliminato dalla competizione. Nella stagione successiva ha preso parte ai preliminari dellaUEFA Europa League: nel terzo turno ha eliminato i portoghesi delBraga con la regola dei gol in trasferta dopo due pareggi, mentre negli spareggi per l'accesso alla fase a gironi è stato eliminato dalRB Lipsia per la rete decisiva subita nei minuti di recupero della gara di ritorno.