È stato fondato nel 2010 sotto l'impulso del presidente dellaBaschiriaRustem Chamitov, con l'obiettivo di sfatare il primato di Ufa, città più popolosa d'Europa a non essere mai stata rappresentata nel massimo campionato della propria nazione fino a quel momento.[1]
Durante ilperiodo sovietico la città di Ufa fu rappresentata dalNeftjanik, squadra fondata nel1947 e dissoltasi nel2006, che mai riuscì ad esprimersi ad alti livelli. Nel2009 fu costituita la"Bašinformsvja'z-Dinamo", ammessa a giocare inPervenstvo Professional'noj Futbol'noj Ligi. L'anno seguente, sulle fondamenta di questa squadra, fu fondato il F.K. Ufa. A metà del 2010, infatti, la massima autorità politica della Baschiria, il presidente Rustem Chamitov, affermò la necessità che la città di Ufa avesse una squadra di livello nazionale. Originariamente il nome scelto per il club fu"Sarmat", ma l'opposizione di Chamitov fece optare per il nome attuale, adottato ufficialmente il 23 dicembre2010.[2]
Nel primo anno d'attività il F.K. Ufa si pose l'obiettivo della promozione in Pervyj divizion. A questo scopo furono ingaggiati l'ex calciatoreAndrej Kančel'skis come allenatore e l'ex selezionatore dellanazionale sovietica, medaglia d'oro alleOlimpiadi di Seul del 1988,Anatolij Byšovec come consulente (però dimessosi nel gennaio2011).
Alla fine della stagione2011-2012 il F.K. Ufa si è classificato secondo nel proprio girone di terza serie, a causa della sconfitta nel faccia a faccia contro ilNeftechimik Nižnekamsk, mancando dunque l'appuntamento con la promozione. Ciononostante il 2 luglio2012 i vertici del calcio russo hanno affrontato la questione del fallimento dellaDinamo Brjansk, squadra di Pervyj divizion che hanno deciso di sostituire proprio con il F.K. Ufa.
Prende parte ai preliminari diUEFA Europa League 2018-2019, traguardo storico per la squadra russa. Il cammino del club è molto lungo e tortuoso: i russi pareggiano 0-0 in casa contro ilDomžale per poi riuscire ad agguantare un 1-1 in Slovenia e passare grazie alla regola dei gol in trasferta; dopodiché affrontano un lanciatissimoProgrès Niedercorn che costringe i russi a fare gli straordinari: infatti i russi vincono in casa con un sofferto 2-1 ed in Lussemburgo acciuffano il definitivo 2-2 al 95º minuto, gol che ha permesso loro di evitare i supplementari e di continuare nella rincorsa ai gironi. Ultimo ostacolo prima di una storica qualificazione all’Europa League è ilRangers diGlasgow: i russi ottengono una sconfitta per 1-0 in Scozia per poi rimediare un 1-1 tra le mura amiche, risultato non sufficiente per la qualificazione. Sarebbe stato un risultato storico per una società nata da appena 10 anni.