Il Wacker Innsbruck fu costituito nel1915 da Jakob Hanspeter, Benedikt Hosp, Josef Leitner, Josef Albrecht e altri appassionati di calcio, adottando i colori verde e nero. Dopo alcuni anni nei quali giocò soloamichevoli contro altre squadre di Innsbruck, il club fu abbandonato fino al1918 a causa dellaprima guerra mondiale.
Nel1964 partecipò per la prima volta al campionato di Nationalliga, l'odiernaBundesliga, vincendo il suo primo titolo nella stagione1970-1971, primo di tre campionati nazionali consecutivi.
Il 20 luglio di quell'anno il Wacker Innsbruck e ilSwarovski Wattens, altra formazione di massima serie, si fusero per formare loSpGSwarovskiWattens-Innsbruck (SSW Innsbruck) allo scopo di concentrare le forze calcistiche del Tirolo. L'unione contemplò soltanto il calcio professionistico: le compagini giovanili di ambedue le società continuarono ad esistere come subordinate ai rispettivi club. Il SSW Innsbruck vinse quattro campionati austriaci e raggiunse i quarti di finale dellaCoppa dei Campioni 1977-1978.
Nel1981 lo SSW Innsbruck retrocesse per la prima volta nella sua storia e, nel1986, una volta che loSwarovski Tirol acquisì il titolo sportivo del club, il Wacker Innsbruck fu costretto a ripartire dall'ottava divisione (2. Klasse Mitte), ma riuscì subito a portarsi in quarta divisione nel1993. L'anno successivo riacquistò la licenza professionistica dopo la chiusura dello Swarovski Tirol, militando per l'ultima volta in Bundesliga nellastagione 1992-1993, vincendo sorprendentemente laÖFB-Cup prima di cedere nuovamente la licenza, stavolta all'Innsbruck/Tirol, ripartendo dalle categorie minori in seno allaTiroler Fussballverband.
Il 20 maggio1999 il club, che militava di nuovo in settima serie, fu chiuso definitivamente[1].
Il club fu rifondato nel giugno 2002 comeFußballclub Wacker Tirol in seguito alla definitiva bancarotta delFußballclub Tirol Innsbruck. Successivamente si unì alWattens formando loSpG Wattens/Wacker Tirol per la sola stagione 2003-2004. Solo nel 2007 ha cambiato nome in quello attuale. È considerato il successore naturale delTirol Innsbruck che fallì nel 2002.
Nel giro di due sole stagioni il club passò dallaRegionalliga alla Bundesliga con due promozioni consecutive. Al suo campionato d'esordio nella massima divisione ottenne un6º posto ma, già nella stagione successiva, si salvò con difficoltà (9º posto). Nel2006-2007, la salvezza arrivò solo per la retrocessione a tavolino delGrazer AK in Regionalliga.
Nel torneo2007-2008 il club ha concluso il campionato al 10º posto, retrocedendo inErste Liga.
IlWiener Neustadt ha vinto il torneo cadetto2008-2009, con 7 punti di vantaggio sui tirolesi, secondi nella loro prima stagione in Erste Liga. Nella successiva stagione il Wacker ha ottenuto il ritorno in massima divisione, precedendo al termine di un'accesa lotta l'Admira Wacker Mödling.
Dopo il ritorno in Bundesliga i nero-verdi hanno ottenuto un 6° (2010-2011) ed un 7° (2011-2012) posto.
Il 10 ottobre 2012 la società esonera l'allenatoreWalter Kogler, dopo quattro anni alla guida della prima squadra, a causa dei pessimi risultati ottenuti nelle prime giornate di campionato. Il suo posto viene presoad interim da Werner Löberbauer, tecnico della squadraAmateure[2]. Il 16 ottobre viene ufficializzato l'ingaggio diRoland Kirchler, che ha firmato un contratto fino all'estate 2013[3].
Il Wacker Innsbruck possiede una sezione femminile, che milita inÖFB-Frauenliga, il massimo campionato nazionale femminile. Nelle stagioni 2008-2009 e 2009-2010 è arrivata al secondo posto in campionato.
L’epidemia diCOVID portò nuove gravi difficoltà, e nel2022 il club perse la licenza professionale finendo tra i dilettanti tirolesi.
Il Wacker Innsbruck gioca le partite casalinghe nelTivoli-Neu Stadion. Costruito tra il 1999 ed il 2000, lo stadio fu utilizzato precedentemente dalTirol Innsbruck, prima che la scomparsa della società per fallimento, nell'estate 2002, lasciasse inutilizzato l'impianto.
Poco dopo venne fondato il Wacker Tirol, che disputò in questo stadio la sua prima stagione agonistica, nel 2002-2003 in Regionalliga e tutte le stagioni successive.
Nel 2008 è stato utilizzato come una delle quattro sedi austriache delCampionato europeo.
Lo stadio ha una capienza di 16.008 spettatori, ridotti a 15.200 per le partite internazionali, in ottemperanza ai regolamenti dell'UEFA e della FIFA. Durante Euro 2008 la sua capacità fu temporaneamente espansa per ospitare fino a 30.000 tifosi[5].
Tra le amicizie della tifoseria del Wacker Innsbruck è presente quella con ilVicenza[10][11] nata quando i tifosi austriaci chiesero il permesso ai tifosi berici di poter adottare il celebre simbolo delboia deiVigilantes Vicenza.