Fondato nel 1945 con il nome diCesky SK Jablonec, ha cambiato varie volte denominazione, per assumere quella attuale diFotbalový klub Baumit Jablonec nel 2015. Esordì nellamassima serie cecoslovacca nella stagione 1974-1975 e vi rimase per due annate, prima della retrocessione del 1976.
Finalista della Coppa della Repubblica Ceca 2006-2007, si qualificò per le coppe europee (nello specifico laCoppa UEFA 2007-2008) dato che l'altra finalista, loSparta Praga si era qualificata per laUEFA Champions League vincendo il campionato.
Nel 2009-2010 si classificò secondo in campionato, miglior piazzamento nella storia del club, ad un solo punto dallo Sparta Praga campione. Qualificatosi dunque per laUEFA Europa League 2010-2011, lo Jablonec uscì contro i ciprioti dell'APOEL. Nel 2010-2011 giunse terzo in campionato e piazzò il proprio attaccanteDavid Lafata al primo posto della classifica dei marcatori con 19 gol. NellaUEFA Europa League 2011-2012 eliminò gli albanesi delFlamurtari, ma uscì contro gli olandesi dell'AZ Alkmaar. Con 25 gol nel campionato 2010-2011, Lafata si laureò ancora una volta capocannoniere del torneo, ma lo Jablonec giunse ottavo. Lafata segnò poi 13 gol in 16 presenze nella prima parte del campionato ceco 2012-2013, prima di passare allo Sparta Praga. Il 17 maggio 2013 vinse per la seconda volta la coppa nazionale battendo per 5-4 aitiri di rigore ilMladá Boleslav, dopo lo 0-0 dei 90 minuti.
La squadra ha preso parte alla fase a gironi diUEFA Europa League 2018-2019, inserita nel raggruppamento K conAstana,Dinamo Kiev eStade Rennes. Conclude il cammino al quarto posto con 5 punti, frutto di due pareggi ed una vittoria (avvenuta alla sesta giornata in casa degli ucraini, già sicuri del primato del girone).
Tabella aggiornata alla fine della stagione 2021-2022.