Lo Slovan Liberec nasce nel 1958. Milita per circa trent'anni tra la seconda e la terza divisione del calcio cecoslovacco. Nel giro di quindici anni, tra il 1970 e il 1986, il club vince in quattro occasioni il proprio girone nella terza serie cecoslovacca. Dal 1986 riesce a mantenersi in seconda categoria per sette anni di fila, fino alla dissoluzione dellaCecoslovacchia.
Nel 1993 lo Slovan Liberec termina il torneo di seconda divisione al quinto posto: rientrando tra le prime sei del campionato cadetto cecoslovacco, il club con sede a Liberec viene promosso direttamente nella neonatamassima divisione ceca.
Si stabilisce subito nella parte medio-alta della classifica e raggiunge anche la finale diCoppa della Repubblica Ceca nel1998-1999, sconfitto dalloSparta Praga per 1-0. Si rifà l'anno seguente, quando, dopo aver eliminatoSlavia Praga eSigma Olomouc, sconfigge in finale ilBaník Ratíškovice per 2-1 e si aggiudica per la prima volta la coppa nazionale. Si tratta anche del primo trofeo vinto dal club a livello nazionale. Nel 2001 lo Slovan esordisce nellecompetizioni europee, giocando laCoppa UEFA, e nel corso della stagione vince per la prima volta ilcampionato ceco, trascinato dal duo offensivocecoŠtajner-Nezmar, i quali realizzano 29 gol (15 il primo e 14 il secondo), ottenendo, inoltre, i primi due posti nella classifica marcatori. Il campionato è vinto per una sola lunghezza nei confronti di Sparta Praga eViktoria Žižkov, appaiate al secondo posto.
La squadra partecipa nella successiva stagione ai play-off per entrare inChampions League. Qui lo Slovan affronta subito una delle squadre più forti dell'edizione della competizione, ilMilan, futuro vincitore della Champions, che però fatica ad eliminare i cechi: infatti, dopo la vittoria per 1-0 aMilano, i rossoneri perdono per 2-1 a Liberec rischiando una clamorosa eliminazione. La squadra ceca retrocede dunque inCoppa UEFA, dove elimina igeorgiani dellaDinamo Tbilisi 4-2 (3-2 a Liberec e 1-0 aTbilisi), l'Ipswich Town aitiri di rigore per 4-2 dopo l'1-1 complessivo (0-1 aIpswich e 1-0 a Liberec), per poi venire eliminata dalPanathinaikos (2-2 a Liberec e vittoria greca per 1-0 adAtene). Nella stagione2002-2003 la squadra giunge al quarto posto in classifica, potendo così partecipare allaCoppa Intertoto, competizioneeuropea che i biancoazzurri disputano nel2003. Dopo aver eliminato gliirlandesi delloShamrock Rovers vincendo per 2-0 aLiberec e per 2-0 aDublino, e glispagnoli delRacing Club vincendo per 1-0 aSantander e per 2-1 in casa, i cechi affrontano in semifinale itedeschi delloSchalke 04, futuri vincitori del torneo, che escludono lo Slovan Liberec dalla competizione ottenendo un successo di misura incasa per 2-1 e pareggiando 0-0 in Repubblica Ceca. Nelcampionato successivo lo Slovan chiude sesto in classifica, riuscendo a trovare un posto per laCoppa Intertoto.
Dopo aver escluso dalla competizionecontinentale l'FKZ TS Dubnica con un netto 7-1 (2-1 aDubnica nad Váhom e 5-0 a Liberec), ilRoda JC per 2-1 (1-0 a Liberec e 1-1 aKerkradedts) e ilNantes, sconfitto allaregola dei gol fuori casa dopo un pari 2-2 (1-0 a Liberec e 1-2 aNantes), la formazionedanubiana si scontra nuovamente contro i tedeschi dello Schalke, il cui unico precedente internazionale è il confronto nella precedente edizione che ha visto prevalere la squadra tedesca; questa volta, però, è la finale. Come nella precedente occasione, lo Schalke vince in casa per 2-1, ma in trasferta strappa un decisivo 1-0 che sancisce la sconfitta dello Slovan, impedendogli l'accesso allaCoppa UEFA. Nel2004-2005 la squadra giunge quinta in campionato, penalizzata di sei punti (senza la penalizzazione avrebbe guadagnato una posizione in più) ottenendo comunque la partecipazione alla Coppa Intertoto per il terzo anno consecutivo. Nell'edizione 2005 della Coppa Intertoto lo Slovan riesce ad eliminare gliisraeliani delBeitar Jerusalem imponendosi per 7-2 (successo in casa per 5-1 e vittoria anchein trasferta per 2-1); nel turno successivo, invece, il Roda JC riesce, grazie alla regola dei gol in trasferta, ad eliminare i cechi dopo l'1-1 complessivo (0-0 a Roda e 1-1 a Liberec). Nelcampionato 2005-2006 i biancoazzurri si lasciano alle spalleMladá Boleslav,Slavia Praga eTeplice, aggiudicandosi la seconda vittoria del titolo ceco in cinque anni.
Grazie a questo successo la squadra partecipa nuovamente allaChampions League, ma viene subito estromesso dairussi delloSpartak Mosca, vittorioso per 2-1, finendo così inCoppa UEFA: qui il Liberec supera iserbi dellaStella Rossa Belgrado per 4-1 (2-0 a Liberec e 2-1 aBelgrado) arrivando nella fase a gironi nel gruppo C conAZ Alkmaar,Siviglia,Sporting Braga,Grassopphers. Chiude con due pareggi, contro il Siviglia (0-0) e l'AZ (2-2), quattro sconfitte, tra cui il 4-0 subito contro il Braga, e una sola vittoria, quella per 4-1 contro glisvizzeri del Grassopphers. I risultati non consentono al club di andare oltre il quarto e ultimo posto nel raggruppamento. Nel2006-2007 lo Slovan giunge al quarto posto in campionato. Nella successivaCoppa Intertoto viene subito eliminato daikazaki delTobol per 3-1 (1-1 a Kostanai e 0-2 a Liberec). Nelcampionato 2007-2008 conclude al sesto posto e arriva fino alla finale dicoppa nazionale contro lo Sparta Praga, con cui pareggia per 0-0 e perde per 4-3 ai tiri di rigore. Nella stagione2008-2009 la squadra resiste alla vittorie delle formazionipraghensi e raggiunge il terzo posto in campionato, valevole per l'accesso all'Europa League, anche grazie alle reti del capocannoniereAndrej Kerić.
Nel 2009-2010, inEuropa League, la squadra elimina ilVaduz per 3-0 (1-0 aVaduz e 2-0 a Liberec), ma si ferma contro laDinamo Bucarest, che, dopo aver perso per 3-0 a tavolino[1], rimonta la sconfitta dall'andata con un 3-0 a Liberec che costringe le squadre ai tiri di rigore: dopo una lunga serie la spuntano iromeni per 9-8. Dopo un nono ed un settimo posto in campionato nelle stagioni2009-2010 e2010-2011, la squadra di Liberec torna a vincere il campionato nella stagione2011-2012. La successiva stagione vede lo Slovan chiudere al terzo posto il campionato e partecipare allaChampions League per la prima volta dopo sei anni: qui la squadra si ferma al terzo turno preliminare, mentre il seguente percorso inEuropa League si arresta nel turno di play-off.
Nel 2013-2014 il club ottiene il quarto posto e inEuropa League arriva a disputare la fase a gironi, dove con 9 punti ottiene il secondo posto nel raggruppamento dietro alSiviglia (contro cui lo Slovan rimane imbattuto). Ai sedicesimi di finale il club ceco viene eliminato dagli olandesi dell'AZ Alkmaar. Lo Slovan non riesce a ripetersi l'anno seguente, venendo eliminato al terzo turno preliminare dai romeni dell'Astra Giurgiu con un risultato complessivo di 6-2. La stagione 2014-2015 si chiude con un deludente dodicesimo posto in campionato, ma con la vittoria dellacoppa nazionale (3-1 ai rigori nella finale contro loJablonec dopo l'1-1 deitempi supplementari). Il Liberec si piazza terzo nel campionato 2015-2016, annata in cui riesce a qualificarsi alla fase a gironi diEuropa League: nel raggruppamento si piazza al terzo posto con 7 punti, frutto di un pareggio e di una vittoria contro gli olandesi delGroningen e di un sorprendente successo (1-0) in casa dell'Olympique Marsiglia. Lo Slovan si ripete anche l'anno seguente, arrivando alla fase a gironi e concludendola, però, all'ultimo posto con 4 punti, raccolti nelle due sfide contro il clubazero delQarabağ. Seguono un nono posto e due sesti posti consecutivi in 1. liga.