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Epistasi

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Ingenetica, l'epistasi è una forma di interazione frageni, in cui unamutazione genetica dipende dalla presenza o dall'assenza di mutazioni in uno o più altri geni, chiamati "geni modificatori". Il gene che condiziona l'espressione dell'altro gene(ipostatico) è detto epistatico.

L'effetto della mutazione è pertanto dipendente dal background genetico in cui si manifesta.[1] Le mutazioni epistatiche producono effetti diversi quando si sovrappongono.

Originariamente il termineepistasi indicava che l'effetto di un gene variante veniva mascherato dalla presenza di un gene differente.[2] Il concetto di "epistasi" fu introdotto nel 1907 nel campo dellagenetica daWilliam Bateson e dalle sue collaboratriciFlorence Durham eMuriel Wheldale Onslow,[3] ma viene attualmente utilizzato anche inbiochimica, biologia computazionale,bioinformatica ebiologia evolutiva.

Quantificazione

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Gli effetti dei geni vengono attualmente quantificati valutando l'ampiezza del fenotipo (altezza,pigmentazione,tasso di crescita) o valutando per viabiochimica l'attività proteica (legami proteici ocatalisi enzimatica). Modelli di biologia computazionale oevolutiva mirano a descrivere gli effetti dell'epistasi su scalagenomica e le conseguenze sull'evoluzione.[4][5][6]

L'identificazione delle coppie epistatiche è notevolmente impegnativa sia dal punto di vista computazionale che statistico; per questo motivo alcuni studi danno la priorità alle coppie epistatiche.[7][8]

Classificazione

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Il fenomeno si verifica quando una coppia di alleli copre l'espressione fenotipica di un'altra coppia di alleli. Le caratteristiche fenotipiche dell'individuo saranno pertanto date dalla risultante di questa interazione; il gene che maschera l'espressione di un altro gene viene definitoepistatico, il gene la cui espressione viene mascherata viene definitoipostatico[9].Ad esempio se il gene Y è epistatico sul gene X; il gene X è detto ipostatico rispetto al gene Y.

Più precisamente, nell'epistasi dominante, la presenza di un singolo allele epistaticoA ha l'effetto di impedire il passaggio dal fenotipo 1 al fenotipo 2, passaggio che però è controllato anche da un'altra coppia allelica, i cui alleli possono essereB ob; si dice allora cheA è epistatico su B e b perché, per la presenza di una copia diA, dal fenotipo 1 non si capisce se il secondo gene ha almeno un allele dominante o entrambi gli alleli recessivi.

Nell'epistasi recessiva, l'assenza di un alleleA, ossia la presenza di unacoppia allelica epistaticaa/a, ha l'effetto di impedire (quindi l'alleleA lo coadiuverebbe) il passaggio dal fenotipo 1 al fenotipo 2, passaggio che però è controllato anche da un'altra coppia allelica, i cui alleli possono essereB ob; si dice allora chea/a è epistatico su B e b perché, a causa della presenza di una coppia allelicaa/a, non si può ricavare dal fenotipo 1 se il secondo gene ha almeno un allele dominante o entrambi gli alleli recessivi. Questi due tipi di epistasi, naturalmente, possono essere combinati fra loro in modo più o meno complesso, dando luogo a rapporti fenotipici della progenie di un incrocio diversi a seconda del numero dei geni in rapporto epi-/ipo-statico considerati e a seconda delle relazioni di epistasi intercorrenti fra ciascuna delle due coppie alleliche.

Esempi

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Un esempio diepistasi recessiva è l'albinismo, in cui la presenza di una coppia allelica recessiva (a/a), che altera la produzione di melanina, va a coprire qualsiasi altra coppia di alleli non strettamente dominante (quindi b/b oppure b/B) che vada ad influenzare il colore della pelle, degli occhi o dei capelli.

Un altro esempio di epistasi recessiva si ha nella colorazione del pelo dei cani di razza Labrador, nei quali un gene (comunemente chiamato "e") sopravanza sull'espressione del gene B (dominante, che dà colore nero, a differenza del gene "b" che da colore marrone), determinandone così il colore chiaro del mantello.

Ilfenotipo di Bombay, a livello del gruppo sanguigno di tipo O, è un ulteriore chiaro esempio di epistasi recessiva, in cui difetti dei geni FUT1 e FUT2 possono 'nascondere' l'espressione fenotipica di eventuali alleli determinanti gli antigeni A,B.[10]

Un esempio diepistasi dominante è dato dal colore grigio del mantello del cavallo (Boco). Quando il gene del grigio è presente allo stato dominante, fa sì che non si manifestino altre colorazioni (rapporto fenotipico alla F2 12:3:1).

Note

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  1. ^ Gros PA, Le Nagard H, Tenaillon O,The Evolution of Epistasis and its Links with Genetic Robustness, Complexity and Drift in a Phenotypic Model of Adaptation, inGenetics, vol. 182, n. 1, maggio 2009, pp. 277-93,DOI:10.1534/genetics.108.099127,PMC 2674823,PMID 19279327.
  2. ^ Rieger R, Michaelis A, Green MM,A Glossary of Genetics and Cytogenetics: Classical and Molecular, New York, Springer-Verlag, 1968,ISBN 9780387076683.
  3. ^ Marsha L. Richmond,Women in the Early History of Genetics: William Bateson and the Newnham College Mendelians, 1900–1910, inIsis, vol. 92, n. 1, The History of Science Society, 2001, pp. 55-90,DOI:10.1086/385040,JSTOR 237327,PMID 11441497.
  4. ^ Ivan G Szendro, Schenkm Martijn F, Jasper Franke, Joachim Krug, J de Visser e G M Arjan,Quantitative analyses of empirical fitness landscapes, inJournal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, vol. 2013, n. 1, 16 gennaio 2013, pp. P01005,Bibcode:2013JSMTE..01..005S,DOI:10.1088/1742-5468/2013/01/P01005,arXiv:1202.4378.
  5. ^ Edlund JA, Adami C,Evolution of robustness in digital organisms, inArtificial Life, vol. 10, n. 2, Spring 2004, pp. 167-79,DOI:10.1162/106454604773563595,PMID 15107229.
  6. ^ Chattopadhyay S,Genome-wide interaction and pathway-based identification of key regulators in multiple myeloma, inCommunications Biology, vol. 4, n. 2, Spring 2019, pp. 89-96,DOI:10.1038/s42003-019-0329-2,PMC 6399257,PMID 30854481.
  7. ^ Marzieh Ayati e Mehmet Koyutürk,Prioritization of genomic locus pairs for testing epistasis, inProceedings of the 5th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, 2014, pp. 240-248,DOI:10.1145/2649387.2649449,ISBN 978-1-4503-2894-4.
  8. ^ Piriyapongsa J, Ngamphiw C, Intarapanich A, Kulawonganunchai S, Assawamakin A, Bootchai C, Shaw PJ, Tongsima S,iLOCi: a SNP interaction prioritization technique for detecting epistasis in genome-wide association studies, inBMC Genomics, 13 Suppl 7, Suppl 7, 13 dicembre 2012, pp. S2,DOI:10.1186/1471-2164-13-S7-S2,PMC 3521387,PMID 23281813.
  9. ^ Russell Peter J.,Genetica, Edises, 1998,ISBN 88-7959-154-1.
  10. ^ Sreeram V. Ramagopalan, MA and George C. Ebers,Epistasis Multiple sclerosis and the major histocompatibility complex, suncbi.nlm.nih.gov.

Voci correlate

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Altri progetti

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Collegamenti esterni

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