Nasce nelMassachusetts, figlia di Philip R. Dushku, un insegnantealbanese originario diCoriza, giunto negli Stati Uniti da ragazzo con la propria famiglia, amministratore presso le Boston Public Schools, e di Judith "Judy" Rasmussen, una docente di scienze politichestatunitense di originidanesi edinglesi. Ha tre fratelli maggiori, Aaron, Benjamin (nato il 5 febbraio1976) eNate, che è unmodello eattore. Frequentò la Beaver Country Day School a Chestnut Hill e si diplomò alla Watertown High School. Nel2005 visitò la famiglia del padre in Albania dopo essere stata personalmente invitata dal presidente albanese; mentre si trovava lì visitò anche la comunità albanese delKosovo. Ha un'aquila albanese tatuata dietro il collo.
Il 31 ottobre2007 la Dushku ha accettato il ruolo di protagonista nellaserie televisiva ideata daJoss Whedon intitolataDollhouse, le cui riprese sono iniziate il 23 aprile2008, e ha debuttato negliStati Uniti d'America il 13 febbraio2009.[1] Eliza è apparsa come guest star nel nono episodio della seconda stagione diUgly Betty nei panni di Cameron Ashlock. Il filmThe Alphabet Killer ha avuto una distribuzione limitata ad alcune sale americane il 7 novembre2008, mentre inItalia è stato presentato in anteprima al Ravenna Nightmare Film Festival. Nel2008 Eliza ha girato anche ilthrillerdrammaticoThe Coverup, affiancata daGabriel Mann eJohn Savage; la pellicola è stata presentata all'Austin Film Festival il 18 ottobre2008. L'horrorOpen Graves è stato proiettato in anteprima all'evento "Semana Internacional de Cine Fantastico Estepona" ed è approdato direttamente in TV sul canale americanoSyfy il 19 settembre2009.
Eliza prese una pausa dalla recitazione per finire i suoi studi al liceo. È stata ammessa alla George Washington University aWashington e alla Suffolk University aBoston, dove la madre insegna scienze politiche, dopo avere lavorato aDakar, inSenegal.
Dopo avere completato il liceo Eliza ritornò a recitare con il ruolo di Faith Lehane inBuffy l'ammazzavampiri. Anche se inizialmente pianificato essere un ruolo per il quinto episodio, il personaggio divenne così popolare che rimase per tutta la durata della terza stagione e ritornò nella quarta in due episodi, dopo di che il resto della storia fu presentata come parte della prima stagione delle seriespin-off diBuffy l'ammazzavampiri,Angel. Pentita, Faith ritornò come un'eroina in alcuni episodi successivi diAngel e negli ultimi cinque episodi diBuffy l'ammazzavampiri. I produttori le hanno offerto un ruolo in unaserie TV,Faith, dove Eliza avrebbe dovuto esserne la protagonista. È stata realizzata una puntata del telefilm chiamata "Pilot", ma Eliza poi lasciò la serie per fareTru Calling. Successivamente fu inondata da lettere di ammiratori provenienti da legioni di prigionieri. Lei disse:
«Ricevo lettere di ammiratori da penitenziari di sicurezza e corridoi di morte. A cosa pensano le autorità mettendo in scena uno spettacolo con ragazzine davanti ai carcerati dei corridoi di morte? Scrivono di tutto — cose orribili di cui non vorresti venire a conoscenza. E mi mandano immagini — 'Oh, ecco una foto che mi ritrae prima di essere incarcerato!' — e c'è qualche ragazzo seduto nel sofà con una bottiglia di birra e dei baffi, e una grossa pancia. È così raccapricciante. Molto più che inBuffy.»
Nel2003 Eliza apparve inWrong Turn, un film horror in cui ebbe il ruolo principale, eThe Kiss una commedia. Iniziando quello stesso anno recitò anche nelleserie TV,Tru Calling, dove aveva il ruolo del personaggio principale, la studentessa di medicina Tru Davies. Non potendo diventare subito dottoressa, Tru è costretta a trovare lavoro in un obitorio cittadino dove scopre di avere il potere di "rivivere" il giorno precedente da capo per poter salvaguardare la vita di quei defunti che non erano ancora destinati a morire e condurre i criminali sotto l'azione della giustizia.
Le sono stati proposti molti ruoli come "ragazza cattiva" in diversi film e ha colto tutte le opportunità. In un'intervista conMaxim nel maggio del2001 Eliza parla così dei suoi ruoli: "È facile recitare la parte di una ragazza cattiva: fai semplicemente tutto quello che ti è stato detto di non fare, e non ci si deve preoccupare delle conseguenze, perché è solo finzione."[1]
La Dushku recitò in una produzioneoff-Broadway, intitolataDog Sees God dal dicembre2005, la parte della "sorella di Van", un personaggio correlato a Lucy dall'originalePeanuts, una commedia su cui si basa la produzione. Lasciò nel febbraio2006 assieme ad altri membri delcast.
Ebbe il ruolo della protagonista inNurses, una commedia dellaFox ambientata in un ospedale. Apparve nel video musicale deiSimple Plan,I'm Just a Kid, e nel video deiNickelbackRockstar.
Il 31 ottobre è stato annunciato che Eliza abbia convintoJoss Whedon, famoso per avere creatoBuffy e le serie diFirefly, a creare un nuovo show chiamatoDollhouse. Eliza ha il ruolo della protagonista,Echo.
È stata nominata due volte nel2004 per un Teen Choice Award al Teen Choice Awards perTru Calling e per unSaturn Award ricevuto dalla Academy of Science Fiction, Fantasy & Horror Films al 30th Saturn Awards come migliore attrice diserie TV perTru Calling. Nel 2008 ha vinto anche un premio come miglior attrice protagonista in un film horror per la sua performance inThe Alphabet Killer.