È uno dei club messicani più titolati, avendo vinto 9 titoli nazionali, risultato superato solo daAmérica con 16,Guadalajara eToluca con 12. È stato il primo club messicano a raggiungere la finale diCoppa Libertadores, persa nel2001 contro ilBoca Juniors.
L'ottavo posto conquistato in prima divisione alimentò le speranze. Solo quattro anni dopo la squadra di aggiudicò il titolo conRaúl Cárdenas come allenatore.
Il Cruz Azul è il club messicano più vincente deglianni settanta, con 6 titoli conquistati tra il 1970 e il 1980, quattro dei quali sotto la guida diRaúl Cárdenas e gli ultimi due conIgnacio Trelles. Questa serie positiva valse al club il soprannome deLa Máquina (La Macchina), che ancora viene usato come soprannome del team.
L'anno 1997 portò il club all'ottavo e più recente successo, durante il torneoInvierno 1997, con allenatoreLuis Fernando Tena. Questo successo rese il Cruz Azul la prima squadra capace di vincere 8 titoli in meno di 40 anni. Il club vinse anche la prima edizione dellaCoppa Panamericana.
Nel 2001, il Cruz Azul venne invitato ad un torneo che includeva club messicani e venezuelani. I due club finalisti avrebbero guadagnato l'accesso allaCoppa Libertadores. Il Cruz Azul raggiunse la finale della Libertadores quell'anno.
Incluso nel Gruppo 7 conSão Caetano,Defensor Sporting eOlmedo, il Cruz Azul dominò, chiudendo con 13 punti. Negli ottavi affrontò ilCerro Porteño. L'andata vide il club messicano perdere adAsunción per 2-1. Nella gara di ritorno, giocato in Messico, il Cruz Azul si aggiudicò il match con il risultato di 3-1. Il totale era perciò di 4-3 per i messicani, che quindi si aggiudicarono l'accesso ai quarti di finale
Ad attenderli trovarono gliargentini delRiver Plate. Il primo round alMonumental diBuenos Aires si concluse in pareggio (0-0). Il ritorno fu però dominato dai messicani con un secco 3-0.
Il Cruz Azul affrontò quindi lecanallas argentine delRosario Central nelle semifinali. Il Cruz Azul si aggiudicò l'andata per 2-0. Il ritorno alGigante de Arroyito diRosario si chiuse con un emozionante 3-3, risultato che permise al Cruz Azul di andare in finale.
La finale vide opposti i messicani ad un'altra squadra argentina, ilBoca Juniors. All'andata Cruz Azul perse in casa per 1-0, rimontando però allaBombonera. Si giunse dunque aisupplementari e, terminati i 30', airigori, che decretarono la vittoria del Boca Juniors. Il Cruz Azul fu comunque la vera sorpresa del torneo, avendo sconfitto club molto accreditati come São Caetano, Rosario Central e River Plate.
Il 19 luglio2005 l'allenatore della squadra,Ruben Omar Romano, fu rapito dopo una seduta di allenamento fuori dalla sede del club. Fu in seguito liberato il 21 settembre dello stesso anno, riprendendo dopo poco tempo la guida del club.