Fondato daEloy Montes nel 1925, il Marathón è uno dei club più prestigiosi in Honduras, avendo vinto otto titoli di Lega e finito come finalista della Liga Nacional de Fútbol de Honduras 12 volte. Poco dopo la sua fondazione, il club entrò in una rivalità intensa con l'Olimpia, club con base aTegucigalpa. Le partite tra questi due club, sono noti come "Clásicos Nacionales". Il Marathón ha avuto una lunga tradizione di giocatori, il più famoso di essi è probabilmenteGilberto Leonel Machado che ha segnato 78 gol con il club. Nel1995, il Marathón finì terzo inCONCACAF Champions' Cup. Ma a parte i suoi titoli nazionali, è anche famoso per essere l'unico club honduregno che riuscì a sconfiggere il gigante dell'Argentina,River Plate. La casa del club è l'Estadio Olímpico Metropolitano che è anche la sede dellaNazionale honduregna.