Nella sua storia ha vinto un campionato tedesco, nella stagione 1966-1967. A livello europeo raggiunse quale miglior risultato i quarti di finale dellaCoppa dei Campioni 1967-1968, dove venne eliminato dalla Juventus.
L'Eintracht può essere considerato un club storico: è stato infatti il primo club ad apporre unosponsor sulle proprie divise da gioco nel1973. Il marchio in questione fu illiquoreJägermeister.
Il club fu fondato nel1895 con il nome diFuCC Eintracht (FuCC significaFootball und Cricket Club), nel1906 fu rinominato FC Eintracht 1895 e.V., e nel1920 prese il nome diEintracht Braunschweig che è anche il nome attuale. Nel1945 l'Eintracht, come tutti gli altri club sportivi fu sciolto, pertanto prese il nome diTSV Braunschweig ed infine, nel1949 prese il nome attuale.
Il club ha avuto una storia movimentata e fin dagli inizi è una delle squadre più amate dellaGermania settentrionale. Vinse il campionato della Germania del Nord nel1908 e nel1913 e riuscì a fare convocare tre giocatori innazionale nel1914. Sotto ilTerzo Reich la squadra giocò in Gauliga (un raggruppamento regionale) e fece un'apparizione nel turno finale. Nel dopoguerra la squadra continuò a giocare nella massima serie (a parte nel 1952-53). Il team però fu scosso da una tragedia nel1949, quando Faehland, portiere dell'Eintracht morì di un'emorragia interna in seguito ad uno scontro con un attaccante delWerder Brema durante una partita di calcio. Il club fece un'altra apparizione al turno finale nella stagione1958 finendo al terzo posto.
Un frangente della sfida del 1968 tra iLeoni e la Juventus, nei quarti della Coppa dei Campioni: rimane questo il massimo traguardo internazionale raggiunto dal club sassone.
L'Eintracht durante gli anni '60 visse un periodo di prosperità grazie anche all'ammissione inBundesliga, la neonata massima serie della BRD, nel1963. Il culmine del decennio lo ha raggiunto nella stagione 1966-67 vincendo lo scudetto subendo solamente 27 goal (il record verrà battuto dalWerder Brema solamente nel1988). Il club mancò per un soffio lo scudetto nella stagione 1976-77, quando giunse al terzo posto dietro alBorussia Mönchengladbach per un punto, e alloSchalke 04 per la differenza reti. La società inoltre riuscì a fare convocare altri dieci giocatori nelle file della nazionale tedesca durante questo ventennio.
Fino agli anni Settanta, l'unico modo per i vari marchi di ottenere una certa visibilità nel calcio era limitata ai cartelloni presenti all'interno degli stadi; le sponsorizzazioni su maglia erano vietate, in quanto si temeva che gli intenti commerciali avrebbero alienato l'agonismo sportivo calcistico.Nel 1972Ernst Fricke, presidente del club, eGünter Mast, presidente dellaMast-Jägermeister (famosa azienda di liquori), trovarono un accordo: l'azienda avrebbe versato 100.000Marchi nelle casse del Braunschweig se questo avesse apposto il marchio del liquore - il cervo Hubertus - sulle proprie divise. Per aggirare l'ostacolo dellaDFB, che permetteva alle maglie da gioco di sfoggiare unicamente lo stemma del club, l'8 gennaio 1973 la società votò a larga maggioranza il cambio dello stemma societario, che dal leone rosso rampante passò ad essere identico a quello della Jägermeister; l'unica differenza fu l'inserimento delle iniziali della squadra, E.B. L'esordio del nuovo logo venne fissato il 24 marzo 1973, nella gara contro lo Schalke 04.
L'affare rischiò di saltare poco prima dell'inizio della gara: lo stemma societario sulla divisa misurava 18 cm di diametro, ma la DFB imponeva come misura massima 14 cm; dopo una prima esitazione, l'arbitro chiuse un occhio e permise alle squadre di giocare: la maglia sponsorizzata fece così il suo esordio.[2] Anni dopo vi fu addirittura il tentativo di rinominare la società in Eintracht Jägermeister, ma stavolta l'iniziativa non ebbe successo. L'Eintracht Braunschweig retrocesse inZweite Bundesliga nel 1985; due anni dopo scadde l'accordo con la Jägermeister, e lo stemma societario tornò ad essere quello originario.
Dalla stagione 1985-86 l'Eintracht ha militato solamente nelle serie minori, con l'eccezione della stagione 2013-2014: inZweite Bundesliga, la seconda serie, e inRegionalliga, la terza serie. Nella stagione 2007-2008 è stata ammessa in Dritte Bundesliga.
Nella stagione 2010-2011, vincendo il campionato di Dritte Bundesliga, è promossa con 3 giornate d'anticipo inZweite Bundesliga. Il 26 aprile 2013 batte per 1-0 l'Ingolstadt 04 e viene promossa con tre giornate d'anticipo inBundesliga. Al termine dellastagione 2013-14 retrocede in seconda serie dopo essere arrivata in ultima posizione. Nella stagione 2016-2017 perde lo spareggio per la promozione-retrocessione con ilWolfsburg, che dunque ottiene la salvezza in Bundesliga. Nel 2017-2018 arriva, invece, una clamorosa retrocessione inDritte Liga, a causa del penultimo posto finale. Nellastagione 2019-2020 ottiene la promozione in 2. Bundesliga a seguito del terzo posto ottenuto in campionato.
I colori della maglia dell'Eintracht Braunschweig sono il blu e il giallo, che sono disposti in strisce verticali, mentre i pantaloncini sono blu e i calzettoni sono gialli. In passato la maglia è stata spesso completamente gialla.
Il simbolo dell'Eintracht Braunschweig è composto da un quadrato appoggiato su uno spigolo con due tratti, uno blu esterno e uno giallo più interno. Dentro c'è un leone rosso.
La tifoseria dell'Eintracht Braunschweig è guidata dagli Ultras Braunschweig.
La tifoseria organizzata è gemellata in patria con quella delMagdeburgo e all'estero con gli svizzeri delBasilea e con gli italiani dellaSampdoria (in particolare con gli Struppa '86)
Nei tornei internazionali il club ha raggiunto come massimo traguardo i quarti nellaCoppa dei Campioni 1967-1968 dove è stato eliminato dallaJuventus, vittoriosa per 1-0 nella terza gara di spareggio.
Alla stagione 2024-2025 il club ha ottenuto le seguenti partecipazioni ai tornei internazionali: