Si sa per certo che i primi insediamenti stabili si verificarono in epoca Celtica eromana, quando i conquistatori vi istituirono unvicus inserito nella circoscrizione territoriale denominataPagus Fortunensis.
In quel periodo storico l'intera provincia di Bergamo fu interessata da flussi commerciali e militari.
Con il termine dell'impero romano Bottanuco fu soggetto alle incursioni barbariche dei popoli Germanici.
NelVI secolo la situazione politica si stabilizzò grazie all'arrivo deiLongobardi, la cui presenza è testimoniata da alcuni ritrovamenti, tra i quali spiccano un paio di incisioni su pietra recanti il nome diSenoald, probabilmente un antico abitante produttore di laterizi (con tanto di monopolio regio) a cui applicava il proprio nome.
Successivamente sul territorio irruppero iFranchi, i quali istituirono ilSacro Romano Impero e diedero vita alfeudalesimo. Ed è a questo periodo che risalgono i primi documenti scritti che attestano l'esistenza del paese: nell'879 si menziona la località di Masatica (oggi inglobata nel comune), nel980 il nome di Bottanuco e soltanto nel1180 la frazione Cerro.
I terreni vennero inizialmente dati in gestione al vescovo di Bergamo e posti sotto la tutela della Pieve di Terno, ma con il tempo andò acquisendo sempre maggior potere la ghibellinafamiglia Suardi.
Ebbe inizio un periodo di profonda instabilità, causata dalle numerose battaglie traguelfi e ghibellini prima, e tra gli eserciti dei milanesi e veneziani poi, volte ad ottenere il predominio su questa zona da sempre situata ai margini territoriali delle varie entità politiche. Sorsero quindi numerose fortificazioni, torri e mura, tra cui un castello (di cui oggi non restano tracce) che i Suardi donarono in seguito alla famiglia milanese deiVisconti.
La situazione politica si stabilizzò nel1428 con l'annessione di Bottanuco allaRepubblica di Venezia, che infeudò parte dei terreni del paese allafamiglia del condottieroBartolomeo Colleoni. La Serenissima inoltre cercò di migliorare la condizione sociale ed economica della popolazione, fino ad allora messa a dura prova dalle lotte, da carestie e dalle pestilenze, tanto che l'isola venne definita"il triangolo della fame".
In tal senso molto chiara è la descrizione in un documento del tempo:
«Qui non vi sono trafichi né mercantie, le persone sono povere lavoradori da terre et bracenti, quali non raccogliono a pena grani per il loro vivere; et questi non hanno alcun privileggio ma sottoposti a tutte le gravezze et a datii…»
Con l'unità d'Italia, avvenuta nel1859, avvenne un primo ma deciso processo di industrializzazione, che permise un notevole miglioramento delle condizioni di vita degli abitanti.
Bottanuco salì alla ribalta della cronaca nera di metà '800 per il caso diVincenzo Verzeni "lo strangolatore di donne", primo serial killer dell'Italia unita, che uccise e barbaramente mutilò due donne, la prima a Bottanuco, la seconda aPavia. Il caso è famoso per essere stato uno dei primi ad essere studiati daCesare Lombroso.
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 14 agosto 1967.
«Partito: nel primo d'oro, allaspada d'acciaio posta in palo, con la punta all'ingiù, sormontata da trecuori di rosso, rovesciati, ordinati in fascia; nel secondo di rosso, alla penna d'oca al naturale, posta in sbarra; al capo partito d'azzurro e di nero. Ornamenti esteriori da Comune.»
La spada allude al triste avvenimento del 1398, quando il paese fu raso al suolo dai guelfi perché vi si erano rifugiati dei ghibellini. I tre cuori rovesciati sono simbolo della famiglia di Bartolomeo Colleoni che ebbe in feudo il territorio. La penna d'oca è un omaggio allo storicoGiovanni Maria Finazzi che nacque a Bottanuco nel 1802. Il capo diviso d'azzurro e di nero simboleggia la lotta tra guelfi e ghibellini.[7]
Il gonfalone è un drappo partito di rosso e di giallo.
Sempre in ambito religioso meritano menzione la chiesa di San Giorgio, edificata nel1550, e anche la chiesa di Benbrusat, di cui si hanno notizie già nel1630, a seguito delle epidemie di peste di manzoniana memoria.
Importante in ambito storico è anche il palazzo contiMorlacchi, antica villa signorile.
Molti elementi storici di Bottanuco sono andati distrutti nel tempo, come la chiesa di San Michele, già in rovina nel1500, il Castello dei Suardi, abbattuto a Cerro alcuni decenni fa. Altri sono andati persi in tempi più recenti, tra questi, lo stemma del Colleoni affrescato nel 1700 sopra un portone in via Finazzi, distrutto nel febbraio 2006[8] e la Cascina seicentesca di via San Giorgio, demolita il 4 maggio 2006[9]. Un'auto ha invece sventrato l'ottocentesca Cappella della Madonna del S.S. Rosario il 5 aprile 2006. La cappella, ritenuta pericolante, è stata abbattuta definitivamente[10] e in seguito ricostruita (la nuova cappella della Madonna del SS. Rosario è stata inaugurata il 13 luglio 2010).
Bottanuco è nota per la presenza del Gruppo Folkloristico Musicale "I SIFOI di Bottanuco", la cui fondazione risale al1867. Nel2022 I SIFOI hanno celebrato il loro 155º anniversario di fondazione.
Con delibera di Consiglio Comunale n. 44 del 25 ottobre 2017 (anno del 150º anniversario di fondazione del gruppo, il brano musicaleMarcetta bottanuchese, composto nel 1927 dal M° Luigi Madona, è stato adottato quale inno ufficiale del Comune di Bottanuco.
Il calcio è tradizionalmente considerato il principale sport praticato a Bottanuco. L'A.S.D. Sporting Adda Bottanuco ha militato nel girone Clombardo diPromozione.
La prima squadra di basket ha ricevuto la promozione alla Serie D Lombarda nella stagione 2014-2015. La squadra del Bottanuco Basket milita nel campionato C Silver 2017-2018.