Si sa per certo che i primi insediamenti stabili si verificarono in epocaromana, quando i conquistatori vi istituirono unvicus inserito nella circoscrizione territoriale denominataPagus Fortunensis.
In quel periodo storico il borgo, così come l'intera zona dell'isola, fu interessato da notevoli flussi commerciali e militari, che diedero il via ad un'importante opera di centuriazione, basata sul cardine centuriate che seguiva la direttrice Mapello-Bonate Sotto. Numerosi sono anche i reperti archeologici, tra cui spiccano due epigrafi, una relativa ad un'ara dedicata al dio Silvano (conservata presso ilMuseo archeologico di Bergamo), l'altra riconducibile ad una sepoltura.
Ed è a quel periodo che risale l'origine etimologica del nome, indicante probabilmente il nome del proprietario dei terreni, taleBonus. Altre ipotesi vorrebbero invece far derivare il toponimo daterrae bonae, che indicherebbe l'ottima vocazione agricola del territorio, oppure dal nome del capo di una tribù diGalli Cenomani stanziata in quella zona, come si dedurrebbe dal suffisso-ate, presente anche in numerosi altri toponimi della bergamasca.
Con il termine dell'impero romano Bonate, fu soggetto alle incursioni barbariche, che portarono anni di saccheggi e terrore tra la popolazione.
NelVI secolo la situazione politica si stabilizzò grazie all'arrivo deiLongobardi, la cui presenza è testimoniata da alcuni ritrovamenti, tra i quali alcuni resti di un insediamento in prossimità della chiesa di Santa Giulia, ma soprattutto dalla basilica stessa e dal monastero benedettino femminile dove oggi si trova l'ex chiesa di San Giuliano.
Successivamente sul territorio irruppero iFranchi, i quali istituirono ilSacro Romano Impero e diedero vita alfeudalesimo. Ed è a questo periodo, precisamente nel774, che risalgono i primi documenti scritti che attestano l'esistenza del paese, suddiviso ininferiore esuperiore.
I terreni vennero inizialmente dati in gestione al vescovo di Bergamo e posti sotto la tutela dellaPieve di Terno, ma dopo pochi decenni ebbe inizio un periodo di profonda instabilità, causata dalle numerose battaglie traguelfi e ghibellini.
La situazione politica si stabilizzò nel1428 con l'annessione di Bonate allaRepubblica di Venezia, che infeudò parte dei terreni del paese alla famiglia del condottieroBartolomeo Colleoni. La Serenissima inoltre cercò di migliorare la condizione sociale ed economica della popolazione, fino ad allora messa a dura prova dalle lotte, da carestie e dalle pestilenze, tanto che l'isola venne definita"il triangolo della fame".
In tal senso molto chiara è la descrizione in un documento del tempo:
«Qui non vi sono trafichi né mercantie, le persone sono povere lavoradori da terre et bracenti, quali non raccogliono a pena grani per il loro vivere; et questi non hanno alcun privileggio ma sottoposti a tutte le gravezze et a datii...»
Con l'unità d'Italia, avvenuta nel1859, avvenne un primo processo di industrializzazione, che esplose definitivamente nella seconda metà delXX secolo,situazione che permise un notevole miglioramento delle condizioni di vita degli abitanti.
Il 18 dicembre 2021 alle 11,30 circa, Bonate Sotto è stato epicentro di una scossa diterremoto di magnitudo 4,4.[7]
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 19 maggio 1954.[8][9]
Stemma
«D'argento, al profilo dei ruderi della chiesa di Santa Giulia, fondato sucampagna di verde. Ornamenti esteriori da Comune.»
Gonfalone
«Drappo partito di bianco e di verde riccamente ornato di ricami d'argento, le parti di metallo ed i cordoni saranno argentati, l'asta verticale sarà ricoperta dei colori bianco e verde, alternati, con bullette argentate poste a spirale. Cravatta e nastri tricolorati dai colori nazionali frangiati d'argento.»
Il monumento di maggior richiamo presente sul territorio comunale è indubbiamente labasilica di Santa Giulia. La tradizione vuole che questo luogo di culto sia stato edificato per volere della reginaTeodolinda, anche se ipotesi più accreditate la collocherebbero nell'VIII secolo. Completamente rifatta tra l'XI ed ilXII secolo in stile romanico, presentava tre navate con altrettante absidi. Dopo un periodo di abbandono, venne ristrutturata nel1770, con l'aggiunta di affreschi diVincenzo Angelo Orelli e di suo fratello Baldassarre, e portata agli antichi splendori.
Basilica di Santa Giulia
Di notevole importanza è anche lachiesa di San Giuliano, sconsacrata. Questa venne edificata nel corso dell'VIII secolo dai Longobardi all'interno di un monastero Benedettino femminile, tanto da essere citata in documenti dell'anno774. Anch'essa venne rifatta nel corso delXII secolo in stile romanico e si mantenne in ottimo stato fino al termine delXVIII secolo, quando l'intero complesso (chiesa e monastero) venne sconsacrato per mano della Repubblica Cisalpina. Da quel momento il monastero venne adibito ad altri usi, perdendo gran parte delle sue caratteristiche e venendo inglobato in costruzioni private, mentre la chiesa ha mantenuto, almeno esternamente, l'aspetto che l'ha contraddistinta nei secoli. La struttura presenta ancora un'abside, una targa dell'VIII secolo e la caratteristica muratura in pietra.
Sempre in ambito sacro, merita menzione lachiesaparrocchiale delSacro Cuore di Gesù. Di recente costruzione, venne costruita su progetto diElia Fornoni nel1927 in stileneogotico con tre navate. All'interno vi sono numerose opere, tra le quali spiccano gli affreschi di Carlo Servalli e di Natale Bertuletti e numerosi intarsi e sculture. Contiene un organo costruito nel1926 dalla ditta Carlo Marzoli diVarese, con due tastiere e 1957 canne. Attiguo alla parrocchiale è il campanile, risalente all'incirca all'inizio delXIX secolo. Edificato con mattoni e pietre ricavate dalla basilica di santa Giulia, sulla base di un altro campanile dalle ridotte dimensioni ed ampliato in altezza qualche decennio più tardi, è uno degli edifici più alti dell'isola bergamasca.
In ambito civile merita menzione il palazzo del Comune, edificato in stile neoclassico nelXIX secolo e sede municipale, e palazzo Farina, costruito dall'omonima famiglia nelXVIII secolo, al cui interno si trovava lo studio del pittoreGiovanni Carnovali, ricordato da una targa.
Degno di nota è il borgo di Mezzovate, piccola contrada sorta nelXII secolo nella quale si possono ammirare costruzioni medievali, tra cui edifici rustici in pietra ed una torre difensiva.