Il club viene fondato il 1º agosto1903 aPorto; si iscrive al campionato cittadino e qui ottiene la vittoria nella prima edizione del torneo, quella del1914. In seguito entrano in rosa ancheÓscar Carvalho, Albino Luzia eCasoto, che guidano i bianconeri fino ai primi anni delcampionato nazionale. Il Boavista accede a questo torneo nella seconda edizione,quella del 1935-1936, retrocedendo tuttavia al termine della stessa. Nei decenni successivi il club non riesce a rimanere nel massimo campionato per più di qualche anno consecutivo, rimanendo così al secondo livello per diversi anni e scivolando anche al terzo negli anni Sessanta.
Una certa stabilità viene raggiunta solo dalcampionato 1969-1970, che può essere considerato come l'inizio di un nuovo periodo. La squadra finisce al quarto posto nellastagione 1974-1975, quando, dopo il successo sulBenfica nella finale, vince anche laprima Taça de Portugal. L'annata successiva è tuttavia anche migliore: inizia con l'esordio inCoppa delle Coppe e si conclude colsecondo posto in Primeira Divisão, due soli punti dietro leAquile diLisbona, e con la conquista diuna nuova Coppa, ottenuta questa volta sconfiggendo ilVitória Guimarães nell'ultimo atto. Dopo una fugace apparizione anche nellaCoppa UEFA 1977-1978, nella quale i lusitani sono però pesantemente sconfitti dallaLazio, arriva, nell'edizione 1978-1979, la terza Coppa nazionale: questa volta l'ultimo ostacolo è rappresentato dalloSporting Lisbona. Negli anni Ottanta il club ottiene generalmente dei buoni piazzamenti in campionato, inoltre, pur non passando mai il secondo turno inCoppa UEFA, riesce ad eliminare l'Atlético Madrid e laFiorentina. Il Boavista apre il decennio successivo con la conquista della quarta Coppa, nel1992, dopo aver sconfitto ilPorto, e con la vittoria dellaSupertaça Cândido de Oliveira 1992, ottenuta prevalendo sempre sui concittadini; questi stessi trofei vengono conquistati anche nel1997. In campo europeo, invece, i portoghesi eliminano l'Inter campione in carica dallaCoppa UEFA 1991-1992 e qualche anno dopo la Lazio, mentre vengono sconfitti dalTorino, dalParma, dalNapoli e dai nerazzurri diMilano.
Un nuovo secondo posto viene raggiunto al termine dellaPrimeira Divisão 1998-1999, che è il preludio alla prima partecipazione inChampions League: la squadra riesce a qualificarsi per la fase a gruppi, dove finisce però quarta. Il Boavista entra poi nella storia vincendo iltitolo nel 2001: è una delle sole cinque squadre a poter scrivere il proprio nome sull'albo d'oro. Questa volta il cammino nellamassima manifestazione continentale è ben più soddisfacente: i bianconeri passano la prima fase a gironi insieme alLiverpool, ma si classificano terzi nella seconda. Arriva contemporaneamente un nuovosecondo posto in Primeira Liga, che porta ad un ottimo traguardo internazionale: infatti, pur fallendo l'accesso al tabellone principale dellaUEFA Champions League 2002-2003 a causa della sconfitta con l'Auxerre, i lusitani arrivano a giocare la semifinale diCoppa UEFA contro ilCeltic; sono però gliscozzesi a proseguire.
Gli anni che seguono non portano altri successi al club, che anzi viene coinvolto nello scandalo denominatoFischietto d'oro: si indaga su alcuni episodi di corruzione arbitrale risalenti allastagione 2003-2004. Nel maggio2008 arriva così la condanna alla retrocessione[1][2], mentre un'ulteriore caduta, questa volta sul campo, avviene nel2009: i bianconeri si ritrovano quindi in soli due anni inSegunda Divisão, la terza serie portoghese. La sentenza iniziale viene però ribaltata dal Consiglio di giustizia della Federazione portoghese il 21 febbraio2013, pertanto, anche a seguito della decisione di allargare il campionato a 18 squadre[3], il Boavista si iscrive direttamente allaPrimeira Liga 2014-2015.
Nelcampionato 2024-2025 arriva ultimo nella Primeira Liga e retrocede in Segunda Liga. Per irregolarità finanziarie non si iscrive alla Seguna Liga e viene quindi retrocesso nei Campeonatos Distritais .