L'FC Young Boys nacque aBerna il 14 marzo 1898 su iniziativa di Max Schwab,Hermann Bauer, Franz Kehrli e Oskar Schwab, studenti dell'Università di Berna che scelsero come colori sociali il giallo e il nero. Il 17 giugno 1898 la squadra disputò la sua prima partita, contro il FC Viktoria, anche se il primo incontro ufficiale data al 29 giugno contro l'Institute Grünau. Sovente calciatori dello Young Boys erano impiegati anche come giocatori dal FC Berna, altro club cittadino con cui si discusse la fusione in un consiglio direttivo del 30 dicembre 1898. La votazione decise per la costituzione dello Young Boys come club autonomo, dando vita ad un'accesa rivalità con il sodalizio concittadino.
Il 17 agosto 1900 il club fu ammesso nellafederazione calcistica della Svizzera. Vinse il campionato nazionale già nel 1903, prevalendo dapprima nel girone centro e poi nel girone finale conZurigo eNeuchâtel Xamax. Si ripeté nel 1909, 1910 e 1911, diventando il primo club svizzero a vincere il titolo per tre anni di fila. Un altro titolo arrivò nel 1920.
Nel 1925 la squadra si trasferì nellostadio Wankdorf, impianto da 22 000 spettatori, abbandonando così lo Spitalacker-Platz, dove si era insediato dopo laprima guerra mondiale. Nello stesso anno cambiò nome inBerner Sport Club Young Boys. Quattro anni dopo rivinse il titolo nazionale, mentre nel 1930 si aggiudicò per la prima volta laCoppa di Svizzera.
Nel 1945, dopo la fine dellaseconda guerra mondiale, il club vinse la seconda coppa della propria storia battendo ilSan Gallo per 2-0. Due anni più tardi, però, la squadra retrocesse inseconda serie. Dopo un triennio, nel 1950 fece ritorno in massima divisione, dove sarebbe rimasta per 38 anni.
Gli anni '50 sono l'epoca d'oro nella storia del club bernese. La squadra, sotto la guida dell'allenatore tedescoAlbert Sing, mise in bacheca quattro titoli consecutivi dal 1957 al 1960 e nel 1953 e nel 1958 vinse anche la Coppa di Svizzera. Nel 1957 esordì nellecoppe europee contro gli ungheresi delVasas e un anno dopo affrontò un'altra compagine magiara, l'MTK Budapest, che eliminò approdando così alla semifinale dellaCoppa dei Campioni 1958-1959 contro loStade Reims. Vinta l'andata in casa per 1-0, lo Young Boys perse per 3-0 il ritorno alParco dei Principi diParigi, venendo dunque eliminato. Nel 1960 vinse il campionato. Albert Sing rimase alla guida del club fino al 1964, lasciando la squadra da tecnico pluridecorato.
Il titolo del 1960 sarebbe rimasto l'ultimo alloro nazionale per i bernesi per i 26 anni seguenti. Nel 1976 il club si aggiudicò per la prima volta laCoppa di Lega Svizzera e nel 1977 per la quinta volta la coppa nazionale, ma si dovette attendere il 1985-1986 per vedere di nuovo lo Young Boys campione di Svizzera. Nel 1986-1987 i bernesi misero in bacheca anche laSupercoppa di Svizzera e la sesta coppa nazionale. Dal 1994 i risultati della squadra peggiorarono, fino ad una nuova retrocessione in seconda serie al termine del campionato 1997-1998. Il ritorno in massima divisione fu immediato, ma immediata fu anche la retrocessione. Dopo due anni di permanenza inLega Nazionale B, al termine della stagione 2000-2001 la squadra fece ritorno inLega Nazionale A.
Nel2012-2013 lo Young Boys esordì nella fase a gironi diUEFA Europa League, dove si piazzò terzo nel proprio raggruppamento. Nel 2017-2018 vinse il campionato svizzero per la prima volta dal 1986 e nell'annata seguente si ripeté, mentre nel 2019-2020 vinse sia il titolo sia laCoppa di Svizzera, mettendola in bacheca per la prima volta in trentatré anni. Nel 2018-2019 la squadra riuscì, inoltre, ad accedere per la prima volta allafase a gironi dellaUEFA Champions League. Nel 2020-2021 i titoli vinti consecutivamente salirono a quattro. NellaUEFA Champions League 2021-2022 la squadra arriva ultima nel suo girone, con 5 punti, frutto di una vittoria a sorpresa contro ilManchester United al 95' minuto, un pareggio con gli stessi e un altro pareggio 3-3 contro l'Atalanta.
Il 30 Aprile 2023, dopo la vittoria per 5-1 contro il Lucerna, si laurea campione di Svizzera per la sedicesima volta nella sua storia.Poco più di un anno dopo, torna di nuovo campione battendo il Servette il 20 maggio.
Lo Young Boys ha disputato le proprie partite allostadio Wankdorf dal 1925 al 2001, anno della demolizione dell'impianto. Lo stadio ospitò vari incontri importanti, tra cui la finale delcampionato mondiale di calcio 1954, la finale dellaCoppa dei Campioni 1960-1961 e la finale dellaCoppa delle Coppe 1988-1989. Dalla stagione 2001-2002 alla stagione 2004-2005, il club ha disputato le proprie partite casalinghe presso lostadio Neufeld, usato prevalentemente per l'atletica cittadina. Ilnuovo stadio Wankdorf fu costruito nel 2005 e ha una capienza di 32 000 spettatori; le dimensioni del terreno di gioco sono di 108 per 68 metri. Questo stadio, già noto come Stade de Suisse, fu realizzato in previsione delcampionato europeo di calcio 2008, di cui ospitò alcune partite dei gironi eliminatori.
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