Bayonne nacque come municipalità il 1º aprile1861, per scorporo dallaBergen Township. Bayonne fu re-incorporata come città da un atto dellaNew Jersey Legislature il 10 marzo1869, decisione confermata nove giorni dopo da un referendum popolare.[1]
Secondo la tradizione, la città prende il nome da quella diBayonne inFrancia. Si dice che i francesiugonotti si fossero stabiliti qui prima della fondazione diNuova Amsterdam. Alla metà delXVII secolo ivalloni, dilingua francese, erano una grossa percentuale della popolazione deiNuovi Paesi Bassi, nel cui territorio si trovava Bayonne, e quindi la teoria è credibile, sebbene non ci siano prove precise ad avvalorarla. Un'altra teoria suggerisce che quest'area abbia preso il nome di "Bayonne" in quanto sulla riva di due baie:Newark eNew York, da cuiBay-on oppureon the Bays.[2]