Fondato nel1887 comeBarnsley St. Peters, il club partecipò per la prima volta ad una competizione nazionale nel 1894, quando venne eliminato dalLiverpool al primo turno diFA Cup. Ammesso nellaFootball League nel1898, riuscì a consolidarsi nellaSecond Division inglese arrivando al top della propria storia nel1912, vincendo laFA Cup contro ilWest Bromwich[1] pur militando in una serie inferiore rispetto allaFirst Division (dopo aver raggiunto per la prima volta la finale nel1910, sconfitto dalNewcastle Utd). Alla ripresa dei campionati dopo il periodo bellico, il Barnsley si trovò nuovamente iscritto alla seconda divisione nazionale; nella stagione1921-22 fu solo una differenza reti sfavorevole nei confronti delloStoke City a negare alla squadra la prima storica promozione in massima categoria.
Dopo più di un decennio trascorso in seconda divisione, nel 1932 la squadra venne retrocessa per la prima volta inThird Division North, riconquistando la promozione due stagioni dopo. Riprese le competizioni calcistiche dal termine dellaSeconda guerra mondiale, la compagine biancorossa visse alcuni anni difficili, prima di subire nel1952-53 una seconda retrocessione. Riconquistata la seconda categoria nel1954-55, non riuscì tuttavia a consolidarvi la propria permanenza, scendendo nuovamente inThird Division nel1959.
Si aprì così un periodo difficile per il club, che per più di vent'anni peregrinò fra la terza e la quarta divisione (dove scese per la prima volta nel1965. La risalita inSecond Division sarà completata solo con la promozione del1981, che inaugurò un periodo di relativa stabilità per la compagine bianco-rossa.
Nel1997 il raggiungimento del secondo posto in campionato condusse il Barnsley alla prima storica promozione inPremier League[2]. Guidata daDanny Wilson, la squadra non riuscì tuttavia a salvarsi, venendo subito retrocessa dopo il 19º posto in campionato. Da segnalare in questa stagione rimasero le vittorie contro ilCrystal Palace, la prima ottenuta nella massima serie[3], ed una storica vittoria per 1-0 in casa delLiverpool[4].
Dopo aver sfiorato una nuova promozione nella stagione1999-2000, con la finale dei play-off persa contro l'Ipswich Town[5], il club si stabilizzò nella parte destra della classifica della seconda divisione nazionale, venendo occasionalmente retrocesso ma riuscendo in breve tempo a recuperare la categoria. Nell'edizione2007-08 dellaFA Cup, il Barnsley è riuscito nell'impresa di eliminare agli ottavi di finale ilLiverpool, detentore del titolo (vittoria per 2-1 adAnfield Road)[6], e ilChelsea ai quarti (vittoria per 1-0)[7]. Il 6 aprile2008 è stato poi sconfitto dalCardiff City in semifinale[8], ottenendo così il miglior risultato nella competizione dal 1912, anno dell'unica vittoria.