Il nome Bardello potrebbe avere due origini, la prima ipotesi è stata formulata dal linguistaDante Olivieri che sosteneva che il nome del paese derivasse dallatinoBardellum, quindiBardo. La seconda ipotesi venne formulata daLuigi Brambilla che dichiarò che il nome Bardello derivasse dallalingua celticabar ("monte") edello ("piccolo").
Le prime tracce di civiltà nella zona di Bardello risalgono alNeolitico Inferiore (seconda metà del quinto millennio). Questa scoperta è stata effettuata grazie ai resti delle palafitte rinvenuti nella zona dellago. La città di Bardello era popolata anche inepoca romana, ciò è attestato da una necropoli presente nel comune.
Lo stemma e il gonfalone erano stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 2 dicembre 1998.[6]
«D'azzurro, alla banda ondata d'argento, accompagnata da duepesci persici d'oro, uno posto in capo, l'altro, rivoltato, in punta; alcapo di rosso, caricato di trebisanti d'oro. Ornamenti esteriori da Comune.»
Il gonfalone era un drappo di giallo con la bordatura di rosso.
Descritto nei catasti storici come "casa a corte" destinato alla residenza, con annessi rustici e giardino, probabilmente nato come castello fortificato, nel 1700 apparteneva alla famiglia Besozzi divenuto poi sede del municipio e delle scuole. Ora è la casa dellesuore missionarie di Nostra Signora degli Apostoli (proprietarie dal 1922).
Fra il1914 e il1940 Bardello ospitò una stazione e le officine sociali dellatranvia Varese-Angera, gestita dalla Società Anonima Tramvie Orientali del Verbano (SATOV)[8]. La stessa struttura ospita ora la sede centrale delleAutolinee Varesine, principale compagnia di trasporto su gomma del Varesotto.