Il club è stato fondato nel 1987 daVic Akers[1][2]. Ha incominciato ad essere un club semi-professionale nel 2002 sotto la guida diVic Akers, allenatore del club fino al 2009. Vinse il suo primo trofeo nella stagione 1991-1992 con la conquista dellaFA Women's Premier League Cup. Nella stagione successiva ha concluso la prima stagione inFA Women's Premier League National Division al primo posto, conquistando il primo titolo di campione d'Inghilterra. Ha vinto laFA Women's Premier League National Division per ben 12 volte, di cui 7 titoli consecutivi dalla stagione 2003-2004 alla stagione 2009-2010[3]. In circa venti anni l'Arsenal ha realizzato ottodouble campionato eFA Women's Cup (1992-93, 1994-95, 2000-01, 2003-04, 2005-06, 2006-07, 2007-08 e 2008-09) e quattrotreble campionato,FA Women's Cup e FA Women's Premier League Cup (1992-93, 2000-01, 2006-07 e 2008-09). Dal 16 ottobre 2003 (sconfitta contro il Charlton Athletic) al 29 marzo 2009 (sconfitta contro l'Everton) l'Arsenal è rimasto imbattuto per 108 partite[4]. Inoltre, tra il novembre 2005 e l'aprile 2008 l'Arsenal ha vinto 51 partite consecutive, segnando 252 reti e subendone 31[2].
La stagione 2006-07 è stata la più prolifica stagione del club[1], culminata con unsextuple, cioè la vittoria di sei competizioni:UEFA Women's Cup, campionato, FA Women's Cup, FA Women's Premier League Cup, FA Women's Community Shield e London County FA Women's Cup. Inoltre l'Arsenal ha concluso il campionato a punteggio pieno vincendo tutte e 22 le partite della stagione, segnando 119 reti e subendone solo 10[5]. In ambito europeo l'Arsenal è stata la prima squadra inglese a vincere laUEFA Women's Cup sconfiggendo nella doppia finale le svedesi dell'Umeå IK[6]. Dopo aver superato la seconda fase a gironi vincendo le tre partite controBrøndby,Rossijanka e1. FC Femina, l'Arsenal ha sconfitto ilBreiðablik nei quarti di finale con un complessivo 9-1. In semifinale l'Arsenal ha incontrato nuovamente le danesi del Brøndby, pareggiando la partita di andata 2-2 e vincendo il ritorno per 3-0. In finale è stata sufficiente la rete realizzata daAlex Scott al 91' della partita di andata giocata aUmeå[6].
Nel marzo 2010 l'Arsenal fu una delle otto squadre ammesse alla neonataFA Women's Super League (FA WSL), posta sotto l'egida dellaFA[7]. L'Arsenal vinse le prime due stagioni della FA WSL (2011 e 2012), raggiungendo i nove titoli di campione dell'Inghilterra vinti consecutivamente dalla stagione 2003-04.