È famoso per avere battezzato con il nome "Veneciola" poi negli anni diventatoVenezuela la regione che aveva esplorato nei suoi primi due viaggi e per la scoperta dellago di Maracaibo (una delle prime esplorazioni europee dell'interno del continente americano).
Apparteneva a una distinta famiglia della marca diOnia. Durante la sua giovinezza prestò servizio comepaggio del duca di Medinaceli ed era un protetto del vescovo diBurgos, che in seguito sarebbe divenuto "Patriarca delle Indie"Juan Rodríguez de Fonseca.
Nel 1493, grazie a Rodríguez de Fonseca, si imbarcò insieme aCristoforo Colombo nel suosecondo viaggio verso l'America, arrivando all'isola diHispaniola. Nel gennaio del 1494, Colombo lo incaricò di cercare alcuni elementi dell'equipaggio che si erano persi nel territorio dell'isola. Riuscì ad addentrarsi nella regione di fitte foreste delloCiabao con soltanto quindici uomini, dominio dell'agguerritocaciccocaribe chiamatoCaonabó, che era diventato un interlocutore dello stesso Cristoforo Colombo.
Alonso de Ojeda riuscì a ingannare ilcacique Caonabò con uno stratagemma: mettendogli dellemanette inoro massiccio, che poi collegarono a catene, umiliando e sconfiggendo così ilcacicco, che era stato convinto dal racconto che fossero gioielli del più alto ordine regale. Successivamente partecipa allaBatalla de la Vega Real, nella quale, sotto il comando di Alonso De Ojeda, gli spagnoli sconfissero gli indigeni. Questa battaglia avrebbe visto opporsi circa10 000 indiani (secondo il frate spagnoloBartolomé de las Casas) contro soltanto 400 spagnoli, anche se è assai probabile che queste cifre siano state molto esagerate. In seguito, nel 1496, tornò in Spagna.
Di ritorno in Spagna, si riunì con iRe cattolici e firmò un contratto di "capitolazione" che lo nominava "caudillo" con uomini e risorse proprie, e un mandato di esplorazione e governo, il tutto senza chiedere alcun parere né consenso a Cristoforo Colombo, e successivamente partì in spedizione il 18 maggio del 1499, assieme al pilota ecartografoJuan de la Cosa e il naviganteitalianoAmerigo Vespucci. Si può rilevare che questo è stato il primo della serie di "viaggi minori" o "viaggi andalusi" che sarebbero stati intrapresi verso il Nuovo Mondo.
De Ojeda decise di organizzare una nuova esplorazione e firmò un nuovo capitolo di intenti, concessione di titoli, diritti, doveri e ricompense (lacapitulación) con i re di Spagna il giorno 8 giugno del 1501. Venne nominatogovernatore di Coquibacoa, come ricompensa per i risultati ottenuti nel suo primo viaggio, e ottenne il diritto di fondare una colonia in quel territorio, anche se venne diffidato dall'esplorare la regione diParia. In questa occasione si associò con imercantisivigliani Juan de Vergara e García de Campos, che poterononoleggiare quattrocaravelle.
Una volta riconquistata la libertà, impoverito, rimase nell'isola di Hispaniola per quattro anni, quasi disoccupato, fino al 1508 quando apprese che il reFerdinando il Cattolico aveva bandito un concorso per l'esplorazione, colonizzazione e governo della "Tierra Firme", che comprendeva le terre tra ilcapo Gracias a Dios (ubicato tra gli odierniHonduras eNicaragua) e ilcapo della Vela (in Colombia).
Juan de la Cosa effettuò un viaggio in Spagna per presentarsi in vece di Alonso De Ojeda, anche se allo stesso concorso si presentò pureDiego de Nicuesa, che era un rivale di De Ojeda, bramoso di terre da colonizzare. Siccome entrambi i candidati godevano di buona fama e avevano amici nellecorti, la Corona preferì dividere la regione in due "gobernaciones":Veragua a ovest eNuova Andalusia a est, con limiti fissati nelGolfo di Urabá; così Ojeda riceveva laProvincia de Nueva Andalucía y Urabá e Nicuesa riceveva ilgovernatorato di Veragua. Questo accordo venne firmato il 6 giugno 1508.
Dopo il fallimento nel suo viaggio a Nueva Andalucía, De Ojeda non tornerà a dirigere nessun'altra spedizione e dovrà rinunciare al suo incarico di governatore. Passa gli ultimi cinque anni di vita a Santo Domingo, in depressione. Si ritira nel "Monasterio de San Francisco", dove muore nel 1515. La sua ultima volontà è stata quella di essere sepolto sotto la porta maggiore del monastero, in modo che la sua tomba fosse calpestata da tutti quelli che entravano all'edificio, come espiazione per gli errori commessi in vita.
Durante la guerra civile del 1965 nellaRepubblica Dominicana, la tomba di De Ojeda sparisce dal monastero, senza che sia noto il suo destino.