È principalmente ricordato per aver segnato la rete decisiva nella finale diEuro 2004 contro ilPortogallo, che permise allaGrecia di vincere il primo e fino ad ora unico trofeo della sua storia.
Nel marzo 2019 viene scelto come ambasciatore per l’Europeo 2020.[1]
Nel 1997 passa all'Aris Salonicco dove totalizza 9 presenze e segna 2 goal, riportando il club nella massima serie.
Non trovando molto spazio all'Aris complice la sua giovane età, da gennaio fino a giugno 1999 viene girato in prestito all'Athinaikos diAtene, dove totalizza 7 presenze, segnando 1 gol.
Nella stagione 1998-1999, Charisteas contribuisce alla qualificazione dell'Aris Salonicco allaCoppa UEFA e nella stagione 1999/2000 in questa competizione, viene eliminato dalCelta de Vigo al secondo turno. Nella stagione 2001/2002 alcuni importanti club si interessano a lui come i tedeschi delWerder Brema e ilParma Calcio.
Nell'estate 2002 passa ai tedeschi delWerder Brema per tre anni, dove nella stagione 2003-2004 vince ilCampionato tedesco e unaCoppa di Germania. Dopo questi successi il c.t.Otto Rehhagel lo porta all'Europeo del 2004 vinto dalla Grecia dove Charisteas diventa un eroe nazionale segnando il goal nella finale. Nella Champions League 2004/2005 segna anche un paio di goal importanti per il cammino della sua squadra in questa competizione.
Nell'estate 2007 ritorna in Germania nelle file delNorimberga, dove segna alcuni goal importanti in Coppa UEFA. Durante questa stagione molte squadre si fanno avanti per Charisteas come L'Eintracht Francoforte e gli inglesi delloStoke City e dell'Ipswich. DallaGrecia nel dicembre 2008, c'è un interesse da parte delPanathīnaïkos e l'Olympiakos mentre dall'Italia ilBologna mostra un interesse e ilChievo Verona si fa avanti per il bomber greco.
Nel febbraio 2009, ilBayer Leverkusen per colmare il vuoto dal grecoTheofanis Gekas passato in prestito al Portsmouth, ingaggia Aggelos Charisteas con la formula del prestito dal Norimberga. Aggelos Charisteas con la sua nuova squadra raggiunge la finale dellaCoppa di Germania contro ilWerder Brema sua ex-squadra, con cui aveva già vinto questa competizione.
Nell'estate 2009, terminato il prestito con ilBayer Leverkusen ritorna alNorimberga appena promossa nella massima serie tedesca. Qui arrivano notizie di un ritorno in patria dopo alcuni anni all'estero da parte dell'AEK Atene. Il 13 marzo 2010 segna il goal della vittoria in trasferta doveNorimberga si impone per 1-2 contro l'Hertha Berlino del connazionaleTheofanis Gekas, contribuendo alla salvezza della squadra tedesca dalla retrocessione nella seconda divisione. Nell'estate 2010, voci lo accostano a qualche club italiano come Lazio e Bologna, ma non ci furono offerte ufficiali.
Nell'agosto 2010 Charisteas si trasferisce all'Arles-Avignon, società neopromossa nellaLigue 1francese, che ne annuncia l'ingaggio insieme a quello del connazionaleAggelos Mpasinas[2] ma dopo un inizio di stagione difficile rescinde il contratto con la società transalpina.[3]
Il 30 gennaio 2011 loSchalke ufficializza il suo arrivo.[4] Charisteas ha firmato un contratto fino alla fine dell'attuale stagione. Con lo Schalke raggiunge la finale dellaCoppa nazionale battendo in semifinale ilBayern Monaco. Il 12 marzo segna la sua rete che permette alloSchalke di imporsi contro l'Eintracht Francoforte, dove militano i connazionaliIoannis Amanatidis,Theofanis Gekas eGeorgios Tzavelas. Proprio quest'ultimo aveva riportato il risultato in parità, prima che Charisteas mettesse a segno il goal del 2-1. Il 13 aprile 2011 accede con loSchalke alla semifinale di Champions League battendo ai quarti di finale l'Inter di Leonardo, campione in carica. Aggelos Charisteas entra al 32 del secondo tempo al posto del brasilianoEdu e con questo risultato, sia loSchalke che Charisteas raggiungono un risultato mai raggiunto prima. Il 21 maggio vince nuovamente laCoppa di Germania 2010-2011, dopo quella vinta con ilWerder Brema nel 2004, un mese prima di laurearsi campione d'Europa con la Nazionale Greca.
Nell'estate 2011, dopo 9 anni passati in giro per l'Europa decide di ritornare a giocare inGrecia nelle file delPanaitolikos, squadra neopromossa inSouper Ligka Ellada, arrivata prima nellaFootball League greca davanti alPAS Giannina. Charisteas con ilPanaitolikos firma un contratto di una stagione, qui trova anche il portiere italianoLuigi Cennamo e il 14 settembre 2011 segna il suo primo goal dando la vittoria per 1-0 contro l'Asteras Tripolis. Il 21 dicembre Charisteas con la sua nuova squadra accede ai 16 dellaCoppa di Grecia contro ilLarissa dell'ex compagno di nazionaleStylianos Venetidīs con cui vinsero l'Europeo 2004 in Portogallo. L'11 marzo rientra in squadra dopo una breve assenza e prende per mano la squadra segnando il goal del momentaneo 1-0 contro l'Ergotelis al 23 minuto del primo tempo, mentre nella ripresa, procura un rigore cheHenri Camara trasforma per il 2-0. Il 18 aprile 2012 segna la sua 4 rete, nella vittoria per 5-1 contro l'Aris Salonicco, la squadra che lo lanciò.
Il 16 febbraio 2013 viene riportato un interessamento sulCorriere dello Sport da parte dell'Inter[5], ma dopo qualche giorno Charisteas firma un contratto per l'Al-Nassr[6][7].
Durante la permanenza nel Werder Brema l'allenatore della nazionale greca, il tedescoOtto Rehhagel, lo convocò per ilcampionato d'Europa 2004. Qui Charisteas segnò una prima rete nella seconda gara del primo turno contro laSpagna (finita 1-1), poi il gol con cui la Grecia eliminò laFrancia (1-0) nei quarti di finale. Al dodicesimo minuto del secondo tempo della finale diLisbona contro i padroni di casa delPortogallo Charisteas spedì di testa in rete, alle spalle del portiere lusitanoRicardo, il pallone che valse la conquista del primo Europeo nella storia della nazionale greca.
Charisteas partecipa allaFIFA Confederations Cup 2005 da vincente dell'Europeo 2004 e poi partecipa alle qualificazioni all'Europeo 2008, vincendo il proprio girone con un buon distacco dalla seconda qualificata, la Turchia. Con il gol segnato alla Spagna nella fase finale dell'Europeo 2008, Charisteas diventa uno dei pochi calciatori ad aver segnato in due diverse edizioni della competizione quadriennale. Segna anche dei gol che permetteranno alla nazionale greca di qualificarsi alMondiale 2010.
L'8 ottobre 2011 viene riconvocato in nazionale per sfida di qualificazione agli Europei 2012 contro la Croazia, mentre l'11 ottobre gioca da titolare contro la Georgia fuori casa all'85º segna il gol della vittoria, che manda automaticamente la Grecia all'Europeo 2012. Diventa l'unico giocatore greco ad aver segnato nelle qualificazioni per tre Europei e per tre Mondiali consecutivi.