La prima squadra calcistica aMagdeburgo è ilSV Viktoria 96 Magdeburg, che viene fondata nel1896 per poi essere sciolta nel1937. Il Magdeburgo nasce successivamente, nel1945: in questo anno le due squadre locali all'epoca esistenti,SG Sudenburg eSG Lemsdorf vengono fuse in un'unica società, chiamataBSG Eintracht Sudenburg. Nel1950 il club si fonde con ilSAG Krupp Grusson, mentre l'anno seguente viene rinominatoBSG Stahl Magdeburg, e conquista la promozione nella seconda divisione nazionale, la DDR-Liga. Nel1952 avviene un altro cambio di denominazione inMotor Mitte Magdeburg; nel1957 il club viene invece aggregato all'Aufbau Magdeburg, diventandone la sezione calcistica. Nel1959 l'Aufbau ottiene per la prima volta l'accesso allamassima serie nazionale; pur concludendo i primi campionati sempre nella parte bassa della graduatoria la squadra conquista nel1964 il primo trofeo, laCoppa nazionale, vinta dopo aver sconfitto ilLokomotive Lipsia nella finale. L'anno successivo, con la partecipazione allaCoppa delle Coppe 1964-1965 il club fa l'esordio nellecompetizioni europee: qui i tedeschi non vanno oltre il primo turno, tuttavia gli avversari delGalatasaray hanno la meglio solo per sorteggio, dopo che anche la partita di spareggio è terminata, come del resto le altre due, sul risultato di 1-1. A fine stagione il Magdeburgo conquista nuovamente laCoppa nazionale, ma questa volta il cammino dei tedeschi nella successivaCoppa delle Coppe arriva fino ai quarti: fatale è qui l'incontro con i campioni in carica delWest Ham. Nonostante questo buon risultato in campo internazionale, però, la squadra non riesce ad evitarela retrocessione in DDR-Liga. In questa stagione, poi, avviene il distacco dall'Aufbau: il club viene così rifondato come1. FC Magdeburg.
Una nuova era comincia nel1966: alla guida della squadra arrivaHeinz Krügel, e in campo ci sono ancheWolfgang Seguin,Jürgen Sparwasser,Martin Hoffmann eJürgen Pommerenke. Il Magdeburgo torna in massima divisione dopo una sola stagione, e conclude ilcampionato 1967-1968 al terzo posto. Nella stagione 1968-1969 arriva un altro terzo posto incampionato, e la terzaCoppa nazionale. Passano altri tre anni, e ibianco-blu, con l'organico più giovane di sempre[1] vincono ilcampionato 1971-1972, conquistando così il primo titolo nazionale. Non è però molto fortunata la partecipazione allaCoppa dei Campioni 1972-1973: qui, dopo aver eliminato senza troppi problemi ilTurku nel primo turno, il Magdeburgo viene eliminato negli ottavi dallaJuventus poi finalista; la stagione si conclude con la conquista della quartaCoppa nazionale.
La stagione 1973-1974 è sicuramente la migliore nella storia del club: il Magdeburgo partecipa allaCoppa delle Coppe e, dopo aver sconfitto compagini quali ilNAC Breda, ilFootball Club Baník Ostrava e loSporting Lisbona arriva a disputare lafinale. Questa si gioca l'8 maggio1974 aRotterdam, in unFeijenoord Stadion quasi vuoto, e vede opposti ai tedeschi i campioni in carica delMilan diGiovanni Trapattoni. La partita si sblocca verso la fine del primo tempo grazie ad una sfortunata deviazione diEnrico Lanzi che sorprende il proprio portiere; alla metà del secondo tempo arriva il gol del definitivo 2-0 per il Magdeburgo, che è firmato daWolfgang Seguin. Il club conquista così un trofeo continentale: sarà uno dei pochi conquistato da un club dell'Europa orientale, e l'unico vinto da una squadra dellaGermania Est; la stagione viene poi arricchita dalla conquista delsecondo titolo nazionale. In estate si tengono poi inGermania Ovest imondiali, a cui lanazionale tedesca orientale partecipa per l'unica volta. Inserita in un gruppo contenente anche icugini occidentali, la squadra dellaDDR accede alla seconda fase vincendo il proprio girone; questo non prima di aver sconfitto nello scontro diretto i padroni di casa che saranno poi campioni grazie ad un gol delbianco-bluJürgen Sparwasser.
Nella stagione 1974-1975 la squadra partecipa allaCoppa dei Campioni, ma viene eliminata agli ottavi dalla squadra campione in carica che poi vincerà nuovamente il trofeo, ilBayern Monaco. Da notare che le due squadre avrebbero dovuto incontrarsi anche nell'edizione1974 dellaSupercoppa europea; il confronto non sarà però mai disputato. Il Magdeburgo a fine stagione conquista ilterzo titolo nazionale, a cui segue una poco fortunata partecipazione allaCoppa dei Campioni; intanto è arrivato in squadraJoachim Streich, che sarà il giocatore con più gol in assoluto campionato tedesco orientale[2]. In seguito il club non vince più titoli nazionali, tuttavia nelle stagioni successive rimane sempre tra i migliori del calcio tedesco orientale. Questo porta ad alcune partecipazioni allaCoppa UEFA, la prima delle quali risale all'edizione 1976-1977: senza più Krügel in panchina il Magdeburgo incontra nel primo turno ilCesena che viene eliminato, mentre i tedeschi subiscono la stessa sorte nei quarti, dopo aver incontrato laJuventus poi vincitrice. I tedeschi arrivano ai quarti anche nell'edizione successiva della manifestazione, e anche qui vengono eliminati dalla squadra che poi vincerà la coppa, ilPSV. Questa stagione si conclude con la conquista dellaquinta coppa nazionale, che è il biglietto d'ingresso allaCoppa delle Coppe 1978-1979: anche questa volta la squadra raggiunge i quarti.
Glianni ottanta iniziano con altri piazzamenti in campionato, che permettono nuovamente al Magdeburgo di partecipare alla Coppa UEFA; in particolare i tedeschi vengono eliminati dalTorino nell'edizione 1980-1981. La squadra vince l'ultima Coppa nazionale, la settima, nellastagione 1982-1983. La seconda parte del decennio è invece più avara di soddisfazioni per ibianco-blu.
Glianni novanta cominciano con lariunificazione della Germania; di conseguenza inGermania si decide di creare un unico campionato nazionale. Per questo motivo lastagione 1990-1991 è cruciale: in base alla classifica di questo campionato le squadre dellaGermania Est vengono distribuite tra i vari livelli del nuovo calcio tedesco. Il Magdeburgo conclude questo campionato in decima posizione: un risultato così deludente non si verificava da più di venticinque anni. Per questo motivo il club nella stagione successiva viene ammesso nellaOberliga Nordost-Mitte/Regionalliga Nordost, all'epoca terza serie delcalcio tedesco. La squadra vince nel1993 la Coppa regionale dellaSassonia-Anhalt, mentre l'anno successivo nasce laRegionalliga, campionato a cui la squadra non si riesce a qualificare, e si ritrova così in quarta serie. La promozione in terza divisione avviene invece nel1997, ma dopo tre campionati il club è nuovamente retrocesso.
La stagione 2000-2001 è da ricordare: il Magdeburgo arriva ai quarti di finale dellaCoppa di Germania, dove viene eliminato dalloSchalke 04 poi campione; prima però ha la soddisfazione di eliminare squadre di categorie superiori come ilColonia, ilBayern Monaco e ilKarlsruhe, mentre in questa stessa stagione arrivano sia la quarta Coppa della Sassonia-Anhalt che la promozione in Regionalliga. Nel2002 problemi finanziari fanno retrocedere di nuovo la squadra in quarta divisione, mentre nel2006 arrivano sia la sesta coppa regionale che l'accesso in Regionalliga. La squadra ha la possibilità di accedere allaZweite Bundesliga nel2007, ma all'ultima giornata manca la promozione per un solo punto. Nella stagione successiva il Magdeburgo manca l'accesso alla neonata3. Liga e rimane in Regionalliga, che però diventa la quarta serie nazionale. Milita in questo campionato fino al 2015, quando torna in3. Liga dopo aver vinto il campionato di Regionalliga. Nel 2017-2018 prosegue la risalita ottenendo la promozione in2. Bundesliga, grazie alla vittoria del campionato di terza divisione. Nel 2018-2019 la squadra, classificatasi penultima in seconda serie, retrocede in 3. Liga.
Nel 2021-2022 la squadra vince il campionato di terza divisione e torna in2.Bundesliga dopo 3 anni.
I colori della maglia del Magdeburgo sono il bianco, che è il colore principale, e il blu. Anche i pantaloncini e i calzettoni sono bianchi con bordi blu. Storica è la maglia "modelloAjax" con cui i tedeschi hanno vinto lafinale della Coppa delle Coppe 1973-1974: in questo caso naturalmente la banda centrale era blu.
Il simbolo del Magdeburgo è composto da uno scudo diviso verticalmente a metà: la parte sinistra è blu, quella destra bianca. All'interno si può leggere, a colori invertiti, la scritta "1. FC MAGDEBURG".
Dal2006 il club disputa le proprie gare interne nell'MDCC-Arena, che sorge aMagdeburgo e che può ospitare 25.910 spettatori.
Storicamente il club ha giocato per molti anni nell'Ernst-Grube-Stadion, che venne demolito nel2005 per far posto all'attuale impianto: esso sorge infatti nella medesima posizione.
Il FC Magdeburg U19 è allenato dalla medaglia d'oro olimpicaMartin Hoffmann. Per la stagione 2010-11 la squadra compete in Bundesliga Under 19, la massima serie in cui aveva gareggiato nel corso della stagione 2007-08. Talenti da squadre giovanili del club si fanno stadra fino alla squadra maggiore regolarmente. Complessivamente, più di 200 giocatori di ogni età giocano nelle squadre giovanili. Le squadre U19 e U17 sono le due squadre giovanili maggiori. Nel 1999, la squadra Under 19 divenne la prima squadra della exGermania dell'Est a vincere un titolo nazionale nellaGermania unificata, vincendo la U19 DFB-Pokal. 27 allenatori si prendono cura delle squadre giovanili, il club ha stabilito una squadra giovanile e offre vitto e alloggio per un certo numero di giocatori giovani. Accordi di cooperazione con il Magdeburgo Sportgymnasium (una scuola superiore con un focus sugli sport) e un certo numero di istituzioni mediche aMagdeburgo si sono proposti per aiutare a promuovere il talento del settore giovanile. Un'altra parte della configurazione dei giovani è la squadra U23, visto come una fase di transizione tra i giovani e le squadre maggiori. A partire dal 2009-10, l'U23 compete nella NOFV-Oberliga Süd.
Tra gli allenatori del Magdeburgo c'è da segnalareHeinz Krügel, che è stato in carica per 10 anni, in quello che è probabilmente uno dei periodi migliori del club.
L'1. FC Magdeburgo ha un buon seguito di tifosi sia nelle partite casalinghe sia in quelle fuori. Resterà indelebile il ricordo dei 25.000 tifosi bianco-blu che invaseroBerlino in occasione della finale diCoppa del1983 contro ilKarl-Marx Stadt. Le rivalità maggiori sono quelle con l'Hallescher FC, l'altra grande squadra dellaSassonia-Anhalt, e con laDinamo Dresda, club che contendeva ai bianco-blu negli anni '70 il primato nellaGermania Est.