Á árunum 1882 til 1894 var Yuan Shikai búsettur íKóreu og árið 1894 tók hann við stjórn kínverskrar hersveitar sem hafði hlotið þjálfun hjáÞjóðverjum. Flutningur þessarar hersveitar til Kóreu átti þátt í því að spilla samskiptum Kínverja við Japani, sem stuðlaði aðfyrra stríði Kína og Japans á árunum 1894 til 1895.
Í september 1898 var Yuan settur yfir stjórn herdeildar í héraðinuZhili sem átti að styðja umbótaherferðGuangxu-keisarans. Þegar keisarinn gaf Yuan skipun um að handtaka hina volduguCixi keisaraekkju gerði Yuan keisaraekkjunni strax viðvart, sem leiddi til þess að hún framdi valdarán og fangelsaði keisarann í eigin höll.
Cixi launaði Yuan með því að útnefna hann landstjóra í héraðinuShandong. Þar gat hann sér gott orð íboxarauppreisninni árið 1900 með því að taka hart á uppreisnarmönnunum og takast að vernda líf og eignir útlendinga. Í nóvember 1901 var Yuan kallaður tilTianjin og gerður varakonungur í héraðinu Zhili. Yuan varð brátt einn voldugasti embættismaður í Kína og beitti sér fyrir umbótum í stjórnsýslu og herafla ríkisins. Menntakerfið var endurskipulagt með aðstoð bandarísks sérfræðings, Tianjin fékk rafmagnsljós, vatnsveitu og nútímalega lögreglu og ítarlegra gatnaskipulag var innleitt í hreinlætisskyni. Allur norðurherinn var endurskipulagður með hjálp þýskra og síðan japanskra leiðbeinenda.
Hægfara umbótaherferð Yuans, sem gekk út á að umbæturnar skyldu koma frá Kínverjum sjálfum, mætti andspyrnu meðal íhaldssamramansjúskra embættismanna en hlaut hins vegar náð fyrir augum Cixi keisaraekkju, sem verðlaunaði hann með ýmsum nýjum embættum og fríðindum. Árið 1902 varð Yuan verslunarráðherra og fékk umsjón yfir verslun, námuvinnslu, járnbrautum og ritsímum um allt ríkið sem meðlimur í stórráðinu (Junjichu) og forseti í utanríkisráðuneytinu (Waiwubu). Sagt er að Yuan hafi látið framfylgja tilskipun umópíumbann (í nóvember 1906), sent rannsóknarnefndir til Evrópu og látið stofna nýtt ríkisráð sem átti að undirbúa nútímalega stjórnarskrá fyrir kínverska ríkið (1907).
Yuan lét jafnframt innleiða samhæfðan gjaldmiðil og mælieiningar fyrir Kína og innleiddi nýtt og nútímalegra og kerfi til að ráða embættismen í stjórnsýsluna í stað gamla embættisprófakerfisins. Þegar Guangxu-keisarinn og Cixi keisaraekkja létust í nóvember 1908 hafði það í fyrstu ekki mikil áhrif á völd Yuans. Þann 2. janúar 1909 létChun prins, sem varríkisstjóri í Kína í nafni hins ólögráðaPuyi keisara, hins vegar svipta Yuan embættum og skipaði honum að snúa aftur til æskuslóða sinna. Í tilskipun um brottrekstur Yuans var einfaldlega sagt að hann væri með verk í fótleggnum sem gerði honum „erfitt fyrir að ganga og framfylgja settum reglum“.
