Masalah lingkungan hidup di Turkmenistan paling terlihat di tiga bidang yang signifikan:penggurunan, pengeringanLaut Aral, dan polusi kimia. Ketiga bidang ini secara langsung terkait dengan praktik pertanian di negara ini.
HanyaGurun Sahara diAfrika yang memiliki tingkat lebih tinggi dari penggurunan daripada gurun diAsia Tengah. Dari jumlah tersebut,Gurun Karakum dan GurunGurun Kyzyl Kum diTurkmenistan tumbuh ratusan ribu hektare per tahun. Kondisi ini bertahan karena praktikirigasi dan penggembalaan ternak pertanian yang tidak efisien, yang telah menyebabkan salinisasi tanah dan penghapusan tanaman penutup tanah secara masing-masing.
Teknik irigasi yang tidak efisien padaAmu Darya juga berkontribusi terhadap pengeringan lanjutan dari Laut Aral.Provinsi Daşoguz mengalami masalah yang paling berat karena pengeringan ini.Kualitas air minum telah anjlok, tingkat bakteri dalam air telah meningkat, dan tingkat kematian bayi, hepatitis, dan penyakit juga meningkat.
Penggunaanpupuk yang berlebihan padakapas dan tanaman lainnya, serta penggunaan pestisida sepertiDDT menyebabkan masalah polusi kimia menjadi besar. Banyak pupuk dan pestisida telah memasuki persediaan air tanah melalui pencucian atau limpasan dari peternakan karena penggunaan yang berlebihan atau tidak tepat.