James D. Watson lahir pada 6 April 1928, di Chicago, putra tunggal dari pasangan Jean (née Mitchell) dan James D. Watson, seorang pengusaha yang sebagian besar merupakan keturunan kolonial Inggris. Kakeknya dari pihak ibu, Lauchlin Mitchell, adalah seorang penjahit dari Glasgow, Skotlandia, sedangkan neneknya dari pihak ibu, Lizzie Gleason, merupakan keturunan Irlandia, dengan orang tuanya berasal dari County Tipperary. Dibesarkan dalam rumah tangga yang religius sederhana, ibu Watson adalah seorang Katolik, dan ayahnya, seorang Episkopal, telah kehilangan keyakinannya. Watson sendiri dibesarkan sebagai seorang Katolik tetapi kemudian menjauhkan diri dari agama tersebut, menggambarkan dirinya sebagai “pelarian dari agama Katolik.” Merenungkan masa kecilnya, ia berkata bahwa “hal paling beruntung yang pernah terjadi pada saya adalah ayah saya tidak percaya pada Tuhan.” Pada usia 11 tahun, Watson berhenti menghadiri misa dan mengalihkan fokusnya pada “pengejaran pengetahuan ilmiah dan humanistik.”[11]
Pada tanggal 25 Oktober 2007 James mengundurkan diri dari posisinya sebagai kepala Laboratorium Cold Spring Harbor. Hal ini dipicu oleh pernyataannya yang dianggap bernadarasis ataueugenik, terkait dengan ketidakmampuan bangsa-bangsaAfrika dalam memperbaiki kehidupannya dan orang berkulit hitam yang dianggapnya tidak kompeten. Akibat pernyataannya, sejumlah lembaga akademik di Inggris membatalkan undangan terhadapnya untuk berbicara di hadapan publik dan lembaga yang dipimpinnya mengenakan skors baginya.
Tahun-tahun sebelumnya, ia juga pernah menyatakan kalau seorang ibu sebaiknya diizinkan menggugurkan kandungannya jika diketahui anak yang dikandungnya membawagenhomoseksual.
Ia pernah pula mengatakan ada kemungkinan kaitan antara warna kulit dan "nafsu seksual" (sexual prowess), serta antara tinggi badan dan ambisi. Pernyataan kontroversial lainnya adalah bahwa kebodohan (stupidity) adalah penyakit genetis yang harus ditangani secara medis.[12]
