Pada masa penjajahanSpanyol, Dipolog pada awalnya didirikan sebagai munisipalitas oleh pemerintahan Spanyol di Misamis pada 1834. Setelah dimulainyakependudukan Amerika atas Filipina setelah Spanyol pergi, status Dipolog diubah dari semula munisipalitas menjadi barrio pada 4 Maret 1904.
Pada 1 Juli 1913, Gubernur MoroJohn J. Pershing menyatakan bahwa Dipolog secara resmi dibentuk kembali sebagai munisipalitas. Pada 23 Juli 1914, setelahProvinsi Moro digantikan oleh provinsiZamboanga melalui dibentuknyaDepartemen Mindanao dan Sulu, Dipolog menjadi bagian dari provinsi baru tersebut.
Pada 1942, ketika Jepang mulai menyerang Filipina, ibu kota provinsi Zamboanga dipindahkan dariKota Zamboanga ke Dipolog. Setelah Filipina meraih kemerdekaannya pada 4 Juli 1946, maka pada 16 Juni 1948 melaluiRepublic Act No. 286, ibu kota provinsi Zamboanga dipindahkan dari Dipolog keMolave.
Setelah provinsi Zamboanga dipecah menjadi dua, yaituZamboanga Utara danZamboanga Selatan pada 6 Juni 1952 melaluiRepublic Act No.711, Dipolog menjadi bagian dari provinsi Zamboanga Utara dan ditetapkan sebagai ibu kotanya.
Dipolog resmi berubah status menjadi kota setelah sebelumnya berstatus sebagai munisipalitas pada 21 Juni 1969 melaluiRepublic Act No. 5220, yang diresmikan pada 1 Januari 1970.