Édesapja saját fivére,IX. Ptolemaiosz ellenében jutott hatalomraKr. e. 107 ésKr. e. 88 között, de halála után IX. Ptolemaiosz restaurálta uralmát. Az ifjabbik Ptolemaiosz Alexandroszt mégKr. e. 102 körül nagyanyja, a hatalmat I. Alexandrosszal megosztóIII. Kleopátra helyezte biztonságbaKósz szigetére, amitKr. e. 88-ban apontoszi király,VI. Mithridatész Eupatór foglalt el. Bár az uralkodó mély tisztelettel bánt vele, Ptolemaiosz hamarosan megszökött tőle, és az ellene háborút indítóLucius Cornelius Sulla táborába ment, akit később hazakísértRómába. Adictatorrá emelkedő politikus nagybátyjaKr. e. 80-as halálakor a nála komoly kegyekre szert tevő ifjabb Alexandroszt nevezte ki Egyiptom élére.
IX. Ptolemaiosz törvényes fiúutód nélkül halt meg, de lányai voltak.Alexandria lakossága közülükIII. Berenikét, X. Ptolemaiosz özvegyét – végeredményben XI. Ptolemaiosz mostohaanyját – tette meg uralkodónak. Az egyiptomiak nyomására Bereniké és mostohafia kénytelen volt összeházasodni, ám a frigy nem volt hosszú életű: Alexandrosz 19 napnyi házasság után meggyilkoltatta Berenikét, mire a felháborodott alexandriaiak agümnaszionba rángatták, ahol meglincselték.
Ekkor úgy tűnt, az ókori Egyiptom függetlenségének végleg vége szakad, ugyanis XI. Ptolemaiosz korábban végrendeletileg aRómai Köztársaságot jelölte meg törvényes örököséül. Mi több, a férfiágon hivatalosan kihalt dinasztia nem tudott más legitim örököst felmutatni, csak IX. Ptolemaiosz törvénytelen fiát,XII. Ptolemaioszt. Ez utóbbinak hatalmas összegekbe és rengeteg időbe telt, mire a köztársasággal valamelyest el tudta ismertetni jogait.