Az akkor azOsztrák Császársághoz tartozóMorvaországban,Hodonín városában született, munkáscsaládban (édesapja írástudatlan fuvaros volt), és Čejkovice faluban nőtt föl. Középső neveamerikai származású feleségétől, Charlotte Garrigue-től származik. TanulmányaitBrnóban,Bécsben (itt1876-ban diplomázott) ésLipcsében végezte.1881-ben megjelent első jelentős cikke „Öngyilkosság mint a modern civilizáció tömegjelensége”(Der Selbstmord als soziale Massenerscheinung der modernen Zivilisation) címmel.1882-ben kinevezték aprágai egyetem cseh részénekfilozófiaprofesszorává. A következő évben megalapította a cseh kultúrának és tudománynak szenteltAtheneum havi folyóiratot.1889-ben aČas (Idő) című politikai lap szerkesztője lett. Több történelmi tárgyú írása volt, melyekben élesen bírálta a csehnacionalizmus elfojtására törekvő,antiszemita felhangokban bővelkedő történelemoktatást. Nyugati értelmiségi berkekben nagy visszhangra talált munkássága.
Masaryk1891–1893 között az Ifjú Cseh Párt, majd1907–1914 között a követői által alapított Realista Párt (Cseh Néppárt vagy Haladó Párt) színeiben tagja volt a birodalmi gyűlésnek és a cseh országgyűlésnek is. A két képviselősége között eltelt időben a cseh nemzet politikai nevelésén fáradozott. Ekkor még nem teljes függetlenséget, hanem a Monarchiakonföderációs átalakítását tervezte elérni.1908-ban ellenezteBosznia-Hercegovina annexióját. Azelső világháború kitörése utánGenfbe, majdLondonba menekült a letartóztatás elől, és külföldön is tovább agitált acsehek szabadsága mellett. Tanítványai,Edvard Beneš ésMilan Rastislav Štefánik személyében hű társakra talált harcában, és 1916-banPárizsban együtt megalakították aCsehszlovák Nemzeti Tanácsot. A háború alatt rendkívül sokat utazott:1917-benOroszországban szervezte meg a 40–50 000 főt számláló, a központi hatalmak, majd a bolsevikok ellen harcolóCsehszlovák Légiót,1918-ban pedig azEgyesült Államokban meggyőzteThomas Woodrow Wilson elnököt ügye igazáról.
1918-ban feldarabolták az Osztrák–Magyar Monarchiát,Csehország és aMagyarországból kiszakítottSzlovákia egyesültek. Azantant-hatalmak elismerték a Masaryk vezette Csehszlovák Nemzeti Tanácsot ideiglenes cseh kormánynak.1920-ban Masaryk megnyerte a választásokat, és ő lett ademokratikus csehszlovák állam első elnöke. A kisebbségekkel (függetlenedni vágyó szlovákok, németek, magyarok) szemben mérsékelt politikát folytatott.1935-ig háromszor választották újra, amikor idős korára való tekintettel lemondott. Utódja Beneš lett, aki addig külügyminiszteri feladatokat látott el.
Közkeletű tévedés, hogy Tomás Masaryk szabadkőműves lett volna. A félreértés abból fakadhat, hogy fia,Jan Masaryk valóban belépett az egyik páholyba.[3]
Az antiszemitizmus; összeáll. Váradi Aladár; Prager, Bratislava, 1935(A Magyar Masaryk)
A nemzetiségi kérdés; összeáll., ford. Szerényi Ferdinánd; Prager, Bratislava, 1935(A Magyar Masaryk)
Erkölcsi problémák; ford., bev., jegyz. Szalatnai Rezső; Prager, Bratislava, 1935(A Magyar Masaryk)
A modern ember és a vallás; ford. Sas Andor; Prager, Bratislava, 1935(A Magyar Masaryk)
Politikai gondolatok; ford. Donner Pál; Prager, Bratislava, 1935(A Magyar Masaryk)
Hogyan dolgozzunk? 1898-ban tartott előadások; ford. Sas Andor; Novina, Ungvár, 1936
A világforradalom, 1914-1918; vál., utószó, jegyz. Szarka László, ford. Bába Iván; Európa, Budapest, 1990(Emlékezések)
Demokrácia, nemzetiség. Gondolatok a kisebbségi kérdésről és az antiszemitizmusról; szerk. Fazekas József, utószó Szarka László, ford. Domby Bálint et al.; Regió–Madách–Kalligram, Budapest–Pozsony, 1991(Regio könyvek)
Prágában a nevét viseli 1919 óta (több megszakítással) a város egyik pályaudvara,Praha Masarykovo nádraží. 1940-1945 és 1953-1990 között Praha Hybernské nádraží, illetve Praha Střed volt az állomás neve.
Masaryk portréja szerepel 1993 óta acseh korona legnagyobb címletén, az 5000 koronás bankjegyen. Korábban, Csehszlovákiában még életében rákerült az 1931-es sorozatú 100 koronás bankjegyre, majd halála után az 1945-ös sorozat 100 koronás címletére is.