Jogi egyetemet végzett. Az 1950-es évek közepén katolikus klubot alapított és katolikus folyóiratot indított. 1980-ban, agdański hajógyári sztrájkok idejénLech Wałęsa egyik közeli tanácsadója volt. Részt vett aSzolidaritás szakszervezet létrehozásában, főszerkesztője volt a Szolidaritás hetilapjának. AJaruzelski-féle szükségállapot (1981) idején internálták.
Az 1989 nyári parlamenti választáson a pártállam látványos vereséget szenvedett, ekkor lényegében a Szolidaritás jelöltjeként Mazowiecki lett a kormányfő. Miniszterelnöksége alatt zajlottak le a rendszerváltás első legfontosabb lépései, köztük az államforma megváltoztatása. Miután Wojciech Jaruzelski államelnök lemondott, az új elnökválasztáson Mazowiecki is indult, de Lech Wałęsával szemben alulmaradt. Ekkor lemondott miniszterelnöki címéről. Az 1990-es években többek között a Szabadság Unió elnöke és három cikluson át képviselő volt. A balkáni háború idején azENSZ emberjogi különmegbízottjaként működött.