1991-ben Horvátország mellett Szlovénia is kinyilvánította függetlenségétJugoszláviától. A nemzeti csapatot gyorsan megszervezték és új államként hamar felvételt nyertek aFIFA-ba és azUEFA-ba. Első mérkőzésüket 1992. június 3-án játszottákÉsztország ellenTallinnban, amely 1–1-s döntetlennel végződött. Első győzelmüket szintén Észtország ellen szerezték 1993. április 7-én.
A2000-es Európa-bajnokság selejtezői előtt a korábbi jugoszláv és szlovén válogatott labdarúgótSrečko Katanecet nevezték ki a szövetségi kapitány posztjára. A selejtezőkbenNorvégia,Görögország,Lettország,Albánia ésGrúzia voltak Szlovénia ellenfelei. Kiváló teljesítményt nyújtva a szlovénok a második helyen végeztek. A tizenkét góljukból nyolcatZlatko Zahovič szerzett. A pótseljtezőben Ukrajnát kapták ellenfélnek. Az első mérkőzést 1999. november 13-án rendeztékLjubljanában, melyet a szlovénok 2–1-re megnyertek. A szlovénok részérőlZlatko Zahovič ésMilenko Ačimovič, az ukránokérólAndrij Sevcsenko volt eredményes. A visszavágóra 1999. november 17-én került sorKijevben. Az ukránokSzerhij Rebrov góljával szereztek vezetést, amitMiran Pavlin egyenlített ki. Az eredmény már nem változott és Szlovénia története során először jutott ki az Európa-bajnokságra.
AEurópa-bajnokságon aC csoportba kerültekSpanyolország,Jugoszlávia és Norvégia mellé. Első mérkőzésükön Jugoszlávia ellen Zahovič és Pavlin góljaival már 3–0-ra is vezettek és amikor a portugál játékvezetőVítor Melo Pereira kiállítottaSiniša Mihajlovićot úgy nézett ki a szlovénok győzelme már nem kérdéses. Azonban a jugoszlávok mindössze hat perc alatt három gólt lőttek és kiegyenlítették az állást. A végeredmény 3–3 lett. Második csoportmérkőzésükön 2–1-s vereséget szenvedtek Spanyolország ellen. A szlovénok gólját Zahovič szerezte, amely a harmadik gólja volt. Az utolsó találkozójukon Norvégiával játszottak 0–0-s döntetlen, ami kevés volt a továbbjutáshoz.
A2002-es világbajnokságon selejtezőiben Oroszországgal, Jugoszláviával, Svájccal, Feröerrel és Luxemburggal kerültek egy csoportba. Zahovič ismét kulcsszerepet játszott a szlovénok teljesítményében, négy gólja mellett több gólpasszt osztott ki. Ezzel pedig hozzájárult ahhoz, hogy Szlovénia ismét megszerezte a pótselejtezőt érő második helyet. A pótslejtezőbenRománia ellen léptek pályára. A forgatókönyv kísértetiesen hasonlított az ukránok ellen játszott mérkőzésekre. Az első találkozóraLjubljanában került és ismét a vendég csapat szerzett vezetést, deMilenko Ačimovič ésMilan Osterc góljaival fordítottak a szlovénok és 2–1-s győzelemmel utazhattak a visszavágóra.Bukarestben az első félidő 0–0-val zárult, majd az 55. percbenMladen Rudonja vezetéshez juttatta a szlovénokat. Tíz perccel későbbCosmin Contra révén a románok ugyan egyenlíteni tudtak, de az eredmény a hátralévő időben már nem változott. Szlovénia ezzel története első világbajnokságára készülhetett.
A világbajnokságon Spanyolország,Paraguay és aDél-afrikai Köztársaság társaságában aC csoportban szerepeltek. Spanyolország ellen 3–1-s vereséggel kezdték a vb-t. A szlovénok góljátSebastjan Cimirotič szerezte. A találkozó azonban nem csak erről maradt emlékezetes. A mérkőzés után az öltözőben Katanec és Zahovič között szóváltás alakult ki, aminek az lett a következménye, hogy a szlovénok legjobbját hazaküldték a vb-ről.[3] Második mérkőzésükön Dél-Afrikától kaptak ki 1–0-ra, így már két kör után eldőlt, hogy nem juthatnak tovább. Paraguay ellen harmadik vereségüket is elszenvedték. A 3–1-s mérkőzésenMilenko Ačimovič talált be a szlovénok részéről. A világbajnokság után Katanec távozott, helyét Bojan Prašnikar vette át a kapitányi poszton.
A2004-es Eb selejtezőiben Franciaország, Izrael, Ciprus és Málta voltak Szlovénia ellenfelei. A selejtezők végén Franciaország mögött a második helyen zártak, így sorozatban harmadik pótselejtezőjükre készülhettek, ahol Horvátország várt rájuk. Az első mérkőzésenZágrábban 1–1-es végeredmény született, ami az idegenben szerzett gól miatt a szlovénoknak kedvezett. Azonban aLjubljanában rendezett visszavágónDado Pršo góljával a horvátok szerezték meg a győzelmet és ezzel Horvátország 2–1-es összesítéssel jutott ki aPortugáliában rendezett2004-es Európa-bajnokságra. A két mérkőzésen a szlovénok összesen egyszer lőttek kapura. Prašnikar a védekező taktikája miatt sok kritikát kapott a média és a szurkolók részéről, ezért nem volt meglepő, hogy távoznia kellett. HelyéreBranko Oblakot nevezték ki.
A2006-os világbajnokság selejtezőire a válogatott nagy része kicserélődött. Sokan lemondták a válogatottságot, vagy visszavonultak, így Oblaknak új csapatot kellett építenie. Ezért nem is volt meglepő, hogy két év alatt több, mint 40 játékost próbált ki. Olaszország, Norvégia, Skócia, Fehéroroszország és Moldova ellen léptek pályára a selejtezőkben. A Moldova elleni 3–0-s hazai siker és a Skóciában elért 0–0-s döntetlen után Olaszország hazai pályán 1–0-ra legyőzték. A jó kezdés ellenére a továbbiakban csak öt pontot gyűjtöttek, ami a negyedik helyre volt elég.
Oblak irányításával kezdték meg a2008-as Európa-bajnokság selejtezőit is. AG csoportban szerepeltekHollandia,Románia,Bulgária,Fehéroroszország,Albánia ésLuxemburg társaságában. Bulgária ellen 3–0-s idegenbeli vereséggel kezdték a sorozatot. Ezt követően Luxemburgot ugyan 2–0-ra legyőzték, de a Fehéroroszországtól 4–2-re elszenvedett újabb vereség után Oblakot leváltották, a helyétMatjaž Kek vette át. Végül három győzelemmel, két döntetlennel és hét vereséggel a hatodik helyen végeztek.
A2010-es világbajnokság selejtezőiben a3. csoportba kerültekCsehország,Észak-Írország,Lengyelország,Szlovákia ésSan Marino társaságában. Lengyelország ellen 1–1-es döntetlennel nyitottak, majd Szlovákiát 2–1-re, míg Északír-országot 2–0-ra verték hazai pályán. Csehországtól idegenben 1–0-ra kikaptak, ezután hazai pályán 0–0-s döntetlent játszottak a csehekkel. A következő mérkőzésükreÉszak-Írországban,Belfastban, aWindsor Parkban került sor, ahol 1–0-s vereséget szenvedtek. Az utolsó négy selejtezőjüket megnyerték: San Marino-t otthon 5–0-ra, idegenben 3–0-ra, Lengyelországot odahaza 3–0-ra, Szlovákiát pedig idegenben verték 2–0-ra. A sorozat végén hat győzelemmel, két döntetlennel és két vereséggel a második helyen végeztek, ami pótselejtezőt ért. Oroszországot kapták ellenfélnek. Az első találkozót Moszkvában rendezték. Az oroszok jól játszva egészen a 88. percig 2–0-ra vezettek, de ekkorNejc Pečnik révén a szlovénok szépíteni tudtak. A visszavágóra Mariborban került sor. A szlovénok fölényben játszottak, aminek az első félidő végén meglett az eredménye, ekkorZlatko Dedič góljával megszerezték a vezetést. További gól már nem született, így 1–0-s szlovén győzelemmel ért véget a találkozó. Összesítésben 2–2-re végeztek a felek, de az idegenben szerzett gól miatt Szlovénia jutott ki a világbajnokságra.
A sorsolás után aC csoportba kerültekAnglia,Algéria és azEgyesült Államok mellé. Első mérkőzésükönRobert Koren góljával 1–0-ra legyőzték Algériát. Az Egyesült Államok ellenValter Birsa ésZlatan Ljubijankič találataival a félidőben 2–0-ra vezettek a szlovének, de a vége 2–2 lett, miutánLandon Donovan ésMichael Bradley góljaival egyenlítettek az amerikaiak. utolsó mérkőzésükön 1–0-s vereséget szenvedtek Anglia ellen. Az USA a 92. percben szerzett góllal megverte Algériát és mindez azt jelentette, hogy Szlovénia nem jutott tovább.
A2016-os Európa-bajnokság selejtezőiben a harmadik helyen végeztek azE csoportban, ami pótselejtezős helynek számított. A sorozatot Észtország ellen kezdték egy idegenbeli 1–0-s vereséggel. Svájcot hazai pályán 1–0-ra, Litvániát idegenben verték 2–0-ra. Angliától 3–1-re kikaptak, ezt követően San Marino-t győzték le 6–0-ra. Anglia ellen odahaza is vereséget szenvedtek, ezúttal 3–2 arányban. Svájcban Milivoje Novaković ésBoštjan Cesar góljaival már 2–0-ra vezettek, de az utolsó 10 percben és a hosszabbításban a svájciak megfordították a mérkőzés állását és végül megnyerték a mérkőzést. A maradék selejtezőkön – két hazai találkozón – előbb Észtországot 1–0-ra legyőzték, majd Litvániával 1–1-s döntetlent játszottak. San Marino-t idegenben verték 2–0-ra.
A pótselejtezőben Ukrajnával találkoztak. Az első mérkőzésreLvivben került sor, amit az ukránokAndrij Jarmolenko ésJevhen Szeleznyov góljaival 2–0 arányban megnyertek,[4] Amaribori visszavágón Cesar megszerezte a vezetést Szlovénia számára. Ez azonban önmagában kevésnek bizonyult, ráadásul Jarmolenko a 97. percben kiegyenlített, így a találkozó 1–1-es döntetlennel zárult. 3–1-s összesítéssel Ukrajna jutott ki az Európa-bajnokságra.[5]
A szlovén labdarúgó-válogatott hagyományos szerelése fehér mez, fehér nadrág és fehér sportszár. A váltómez leggyakrabban zöld mezből, zöld nadrágból és zöld sportszárból áll. A zöldet rövid időre felváltotta a kék színű idegenbeli mez. Jelenleg az első számú mezük világoskék.
