José Luis Rodríguez ZapateroValladolid városában,Kasztília és Leónautonóm közösség fővárosában született. Családja eredetilegLeón városából származik, apja Juan Rodríguez García-Lozano ügyvéd, anyja Purificación Zapatero Valero (meghalt2000-ben). José Luis szüleinek második gyermeke, Juan nevű bátyja négy évvel idősebb. Családjában különböző politikai tradíciók keveredtek. Apai nagyapja, Juan Rodríguez Lozano katonatiszt volt, aki szocialistának vallotta magát. Kapitányi rangban szolgált a köztársaságiak által kormányzott hadseregben Leónban, amikor1936.július 19-én megtagadta a részvételt a polgárháború kezdetét jelentő nacionalista felkelésben, ezért letartóztatták, elítélték ésaugusztus 18-án kivégezték. Sorsa szerepet játszott unokája, a későbbi miniszterelnök politikai motivációinak kialakulásában; végrendeletét José Luis Rodríguez Zapatero többször idézte. (Megjegyzendő, hogy a miniszterelnök nagyapjának hősként való beállítását a spanyol sajtó konzervatív oldala erősen vitatja.) Ugyanakkor a miniszterelnök felmenőinek anyai ágán nagyapja, Faustino Zapatero (meghalt1978-ban) középosztálybeli liberális gondolkodású ember, anyai nagyanyja szélsőjobboldali konzervatív asszony volt.
José Luis Leónban nőtt fel viszonylag jómódú családban, ott végezte középiskoláit, 1982-ben ott szerzett jogi diplomát, ezt követően egyetemének alkotmányjogi tanszékén kapott állást. Politikai aktivitása1979-ben a Fiatal Szocialistákhoz való csatlakozásával kezdődött. Egyetemi állását1986-ban adta fel, amikor a Leóntartományban a képviselőház tagjává választották – ekkor a spanyol parlament legfiatalabb tagja volt.
