Dalmáciában született, apjátVenantiusnak hívták, aki jogtudós volt. A papi hivatást választotta, és egészen az archidiakónusi rangig jutott amikor elődje,Szeverin meghalt. Ekkor arómai zsinat három napos gyász utánJánost választotta meg egyházfőnek.640.december 24-én szentelték fel akeresztény egyház fejévé. A megválasztás és a felszentelés között eltelt rövid időből arra lehet következtetni, hogyJános kinevezését nem abizánci császár, hanem aravennai exarcha hagyta jóvá.
Miután hivatalosan is elfoglalhatta trónját,János figyelmét szülőföldje kötötte le. Dalmácia földjére ugyanis szláv törzsek nyomultak be. A pápa enyhíteni akarta az ott élők szenvedéseit, így minden erejével igyekezett békére bírni a barbár népeket. Az egyházfőMárton apátot küldte el Isztriába és Dalmáciába, hogy a pápai kincstár vagyonából váltsa meg akeresztény foglyokat. Miután a lerombolt templomokat nem lehetett újjáépíteni, így a pápa elrendelte a dalmát és isztriai relikviák Rómába szállíttatását.János az Itáliába szállított szent ereklyék tiszteletére kápolnát emeltetett az örök városban, amely még ma is látható. A kápolna falait mozaikokkal díszítették, amelyJánost ábrázolja, amint a kápolna makettjét tartja kezében. Azonban az egyházfő nem elégedett meg ennyivel. Több misszionáriust is küldött Dalmáciába, hogy az új lakókat megtérítse a keresztény hitre. A korabeli krónikák szerint az egyikhorvát fejedelem,Porga egész uradalmával megtért, és kérteHérakleiosz császárt, hogy küldjön keresztény tanítókat udvarába. A császár Porga kérését továbbítottaJánosnak, aki boldogan teljesítette kötelességét.
641-ben zsinatot hívott össze Rómában, amelynek elsődleges célja az volt, hogy elítélje a monotheletizmust, és ezzel együtt HérakleioszEcthesis című művét, amelyet a császárI. Honoriusz pápa levele alapján írt. Azonban a műről időközben kiderült, hogy inkább csak politikai érdek kötődik hozzá, mintsem katolikus hit. A zsinat döntése után maga Hérakleiosz is elítélte az Ecthesist.János a bizánci trónörökösnek,Konstantinnak írt egy apológiát Honoriusz pápa életéről, amelyben az egyházfő burkoltan elődjének eretnekségét fejtegette. A vitát azonban el akarta kerülni, ezért nyíltan nem vetette fel Honoriusz eretnekségének kérdését. A zsinat hivatalos döntései között elfogadott egy levelet is, amelyetJános az ír egyháznak küldött. Ebben a levélben üdvözölte, hogyÍrország déli részén ahúsvétot megfelelő időben tartják, viszont elmarasztalta az ország északi részeinek klérusát, mert azok nem tartották magukat Róma időszámításához. Ettől azonban Róma nagyobb hangsúlyt fektetett apelagianizmus visszaszorítására.János figyelmeztette az ír egyházatyákat az eretnekség terjedésére a szigeten.