Középiskolai tanulmányai szülővárosában, a II. Rákóczi Ferenc Gimnáziumban végezte, majd azEötvös Loránd Tudományegyetem Bölcsészettudományi Karán tanult történelem, könyvtár és levéltár szakon. 1978-ban, a diploma megszerzése után aMagyar Tudományos Akadémia Történettudományi Intézetében kezdett el dolgozni, 1992-től aMiskolci Egyetem oktatója. 1993-2007-ig tanszékvezető. 1993–tól 2001-ig aBölcsészettudományi Kar dékánhelyettese. Docensi pályázatát 1994-ben fogadta el az egyetem, 1998-ban habilitált, 1999-től egyetemi tanár. 2001–2005 között a kar dékánja.
1993-ban védte meg a történettudományok kandidátusi, 2004-ben akadémiai doktori értekezését. ATIT, aMagyar Történelmi Társulat, aMagyar Történészek Nemzeti Bizottsága országgyűlésekkel foglalkozó albizottsága, az MTA Filozófiai és Történettudományok Osztálya Történettudományi Bizottsága Gazdaságtörténeti Albizottsága, az International Commission for the History of Representative and Parliamentary Institution, az Institut für die Erforschung der Frühen Neuzeit) valamint az MTA köztestülete tagja
1993-2000 az MTA Miskolci Területi Bizottsága (MAB) Történelemtudományi Munkabizottsága titkára, 2000-től a MAB Történelemtudományi és Néprajzi Szakbizottságának elnöke.
1996- szerkeszti a Miskolci Egyetem, A Történelem Segédtudományai Tanszék. I. sorozat. Jegyzetek. C. kiadványsorozatát. (6 kötet).
2002- szerkeszti a Miskolci Akadémiai Bizottság évkönyveit.
2002–2007 között a Publicationes Universitatis Miskolcinensis. Sectio Philosophica. Sorozata szerkesztőbizottságának tagja. 2008-tól vesz részt a Budapesti Történeti Múzeum kiadásában megjelenő Tanulmányok Budapest Múltjából szerkesztésében.
Kutatási területe a 16-17. századiMagyar Királyság története. Tudományos pályájának kezdetén a korszak történeti forrásaival éspolitikatörténeti kérdésekkel foglalkozott, majd figyelme áttért agazdaságtörténetre és a 17. századi országgyűlések történetére.
1504–1566. Memoria rerum. A Magyarországon legutóbbi László király fiának legutóbbi Lajos királynak születése óta esett dolgok emlékezete (Verancsics-évkönyv). Sajtó alá rendezte, az utószót és a jegyzeteket írta Bessenyei József. Budapest, Magyar Helikon, 1981. 188.
A Héttorony foglya. Török Bálint. Budapest, Helikon Kiadó, 1986. 116.
Zay Ferenc: János király árultatása. -- Kis Péter: Magyarázat. -- [Bánffy György:] Második János.. török császárhoz menetele. A kötetet összeállította, a szöveget gondozta, Kis Péter Magyarázat-át fordította, a bevezetőket és a jegyzeteket írta Bessenyei József. Budapest, Balassi Kiadó, 1993. 157. /Régi Magyar Könyvtár. Források 2./
Pécsi Kis Péter: Exegeticon. Sajtó alá rendezte, a bevezetést és a jegyzeteket írta Bessenyei József. Budapest, Akadémiai Kiadó, 1993. 155. /Új Történelmi Tár. Fontes Minores ad Historiam Hungariae Spectantes 5./
Enyingi Török Bálint. A bevezetést írta és a forrásokat közzéteszi Bessenyei József. Budapest, Magyar Történelmi Társulat, 1994. XLV, 324.
A magyarországi boszorkányság forrásai I-II. Szerk. Bessenyei József. Budapest, Balassi Kiadó, 1997, 2000. 560, 577.
Diósgyőr vára és uradalma a XVI. században. Miskolc,Borsod-Abaúj-Zemplén Megyei Levéltár, ME BTK Történelem Segédtudományai Tanszék. 1997. 261. 10 mell. /Tanulmányok Diósgyőr történetéhez 2/
Mikrotörténelem és forráskiadás. (Tudományos munkásság áttekintő összefoglalása.) Írta – -, aki az irodalomtudományi tudományágban a szövegtudomány tudományszakán habilitáció elnyerésére pályázik. Miskolc, Társadalomtudományi Habilitációs Bizottság, 1998, 27. /A Miskolci Egyetem Habilitációs Füzetei/
Lettere di principi. Litterae principum ad papam (1518–1578). Fejedelmi levelek a pápának (1518–1578). Edidit József Bessenyei. Roma-Budapest, Római Magyar Akadémia Fraknói Vilmos Történeti Intézete, Országos Széchényi Könyvtár, 2002. 259. /Bibliotheca Academiae Hungariae in Roma. Fontes 3./
Menekültek... A kereskedelem helyzete Magyarországon 1526 után, Bornemisza Tamás és a budai menekültek működésének tükrében. Miskolc–Budapest, 2007, 157. /Miskolci Egyetem, A Történelem Segédtudományai Tanszék. I. sorozat. Jegyzetek./
Pénztörténet, gazdaságtörténet. Tanulmányok Buza János 70. születésnapjára; szerk. Bessenyei József, Draskóczy István; Mirio Kult. Bt., Bp.–Miskolc, 2009
Összhang: tudomány a gazdaságban és a társadalomban. Korfordulón – a XX. század öröksége és a XXI. század kihívásai; szerk. Bessenyei József; EKF Líceum, Eger, 2012
