Az Apostoli Szignatúra Legfelsőbb Bírósága kialakulásának kezdeteit a 13. századra tehetjük, amikor is már bizonyíthatóan dolgoztak a pápai udvarban úgynevezett referensek (referendarii), akiknek a feladatuk az volt, hogy az ügyhallgató bíborosok és káptalanok (auditores) elé aláírásra (signatura) készítsék elő a peres és kegyelmi ügyek iratait.
Önálló hivatalláIV. Jenő pápa tette. A 15. század végén,VI. Sándor pápa alatt kezd szétválni a kegyelmi és a jogi, illetve közigazgatási részleg. A jogi részleg egyre nagyobb létszámot ért el, ezértVI. Sándor pápa két csoportot alkotott belőlük, az egyik a tanácsadó, a másik a szavazó régensek csoportja volt.
Miután a Kongregációk megalakultak, valamint aRota Romana, illetve aApostoli Kamara egyre nagyobb befolyásra tett szert szerepe egyre csökkent, majd később kizárólag a pénzügyi viták eldöntésére korlátozódott. A kegyelmi ügyek kérdésétV. Piusz pápa el is vette az Apostoli Szignatúra Legfelsőbb Bíróságától, s ezekhez egy rövid életű kongregációt hozott létre.
A 20. század elejéig az Apostoli Szignatúra Legfelsőbb Bírósága bár létezett, de jelentősége nem volt.X. Piusz pápa Sapienti consilio című 1909-ben kelt konstitúciójával újraszervezi, a bíborosok számát 5 főben és egy bíboros prefektusban korlátozza. Az 1917-es Egyházi Törvénykönyv 1602-es kánonja a bíborosok számának korlátozását eltörölte. Mindezek előtt 1915-benXV. Benedek pápa újra megszervezte a szavazó és tanácsadó referensek csoportjait. VI. Pál pápa rögzítette a jelenlegi feladatait, és azóta az Apostoli Szignatúra Legfelsőbb Bírósága rendszere, kisebb változtatásokkal működik a Római katolikus egyházon belül.
Feladatköre az Egyházi Törvénykönyv szerint peres ügyek eldöntésére, közigazgatási bíráskodásra és a bíróságokkal kapcsolatos igazgatási teendők ellátására terjed ki.
Az Apostoli Szignatúra Legfelsőbb Bírósága ítélkezik:
mindazon ügyek felett, amelyekkel kapcsolatosan aRota Romana ítéletet hozott, s az ellen semmisségi panaszt tettek[1]
olyan a személyek állapotáról szóló perekben, melyekben a fellebbezés tárgyalását aRota Romana megtagadta (Például: ha egy papot büntetésből laikus státuszba helyeznek, s ez ellen fellebbez, de annak tárgyalását megtagadja a Rota)[2]
a Rota Romana bírái elleni perekben (érdekeltségük, egyéb ügyeik)[3]
olyan egyházmegyei bíróságok vitáiban, melyek közös fellebbviteli bírósággal rendelkeznek[4]
az Apostoli Szentszékhez felterjesztett közigazgatási vitákban[5][6]
Az Apostoli Szignatúra Legfelsőbb Bírósága feladata még:[7]
felügyelni a bíróságok rendjét, fegyelmezési jogkört gyakorol az ügyvédek és képviselők felett
kiterjeszteni a bíróságok illetékességét
közös egyházmegyei bíróságok létrehozása és felügyelete