Prvi Europljani koji su stigli i kolonizirali prostore današnjeg Pernambuca su biliPortugalci. Portugalski kralj João III, je1534. godine u Brazilu stvorio nasljedne kapetanije. Pernambuco je bila jedna od ovih kapetanija i dodijeljena je portugalskom plemiću po imenuDuarte Coelho. U Pernambuco, tada poznat po imenu Nova Lusitanija, Duarte Coelho je stigao 1535. godine i osnovao upravu u blizini današnjeg gradaOlinda. Poslije nekoliko krvavih borbi s domorodcima ifrancuskim kolonizatorima, Duarte osniva grad Olinda, čime je praktično zaživjela portugalska vlast na prostorima njegove kapetanije. Ubrzo za Olindom (prvim glavnim gradom), osniva se iIgarassu,1537. godine.
Pernambuco je u ovo doba, zajedno saSão Vincenteom bila jedina prosperitetna kapetanija, zahvaljujući plantažamapamuka i šećerne trske. Uz pomoć Nizozemske Istočno Indijske Kompanije, sagrađena su postojenja za preradu šećerne trske, čime je Pernambuco još više napredovao, pa je1612. godine Pernambuco proizvodio 14 000 tonašećera godišnje, a 1640. godine je samo uNizozemsku izvezeno 24 000 tone šećera.
1630. godine, Pernambuco, kao i većina ostalih portugalskih posjeda u Brazilu, dolazi u posjed Nizozemske, a grof od Nassaua (Johan Maurits van Nassau-Siegen) je postavljen kao upravnikNove Nizozemske. Nassauova vlast osniva grad Maritaniju, današniRecife, na delti otoka, prilično slične topografije kao i Nizozemska. Ovim sva moć se polako počinje prelijevati iz stare prijestonice, Olinda u Recife. Nizozemska administracija je mnogo toga dobrog donijela u Pernambuco, a najveći se uticaj osjećao u urbanizmu, kulturi i znanosti. Nizozemski duh je i danas prepoznatljiv u Pernambucu, u njegovom stanovništvu, naglasku koji koriste stanovnici, kao i u arhitekturi.
1654. godinePortugal osvaja Recife i Olinda opet postaje politički centar. Ipak Recife zadržava status glavne luke i ostaje glavni komercijalni grad u Pernambucu.
1710. godine, u Pernambucu je izbio praktično rat između gradova Recife i Olinda, a u suštini je bio rat između vlasnika šećerana u Olindi i okolini, protiv trgovaca iz Recifea.
19. stoljeće je bilo burno u Pernambucu, kao i u čitavom Brazilu. 1817. godine izbijaPernambucanska revolucija, pokret čiji je cilj bio odvajanje Pernambuca iz Portugalskog imperija i proglašenjeRepublike Pernambuco. Osnovni razlozi revolucije su bili nezadovoljstvo kolonijalnom administracijom. Republika je proglašena 7. ožujka1817. godine. Poslije vojne intervencije, 20. svibnja, iste godine, pobunjeni Pernambuco je vraćen u Portugalski imperij. Zastava te Republike Pernambuco je današnja zastava države Pernambuco.
U vrijeme kada su skoro sve brazilske kolonije vodile borbu za oslobođenje od Portugalskog imperija, na teritoriju današnjeg Pernambuca, Paraibe, Rio Grande do Norte i Ceare, 2. lipnja 1824. godine stvorena jeEkvadorska Konfederacija (Confederação do Equador). 29. studenog, iste godine, snage konfederacije su kapitulirale i Ekvadorska Konfederacija je nestala.
1848. godine, kao odgovor na Europske liberalne revolucije koje su se dogodile, Pernambuco je bio poprište kratke liberalne revolucije pod nazivomPraieira revolt.
Indijanci -Popis plemena:Abaré,Dzubukua,Fulnio (Fulnió, Fulni-ô, Fulniô, Yatê, Carnijó, Karnijó),Garañun,Huamói (Atikum),Ichú (Exú),Kaeté (Caeté),Kambiwá,Kapinawá,Karipó,Kuéskue,Pankaiuká,Pankará,Pankararé,Pankararu,Pimenteiras,Pipipan,Prajé (Pragé),Proká,Tamankin,Tobajara,Truká,Tupinambá,Tuxá,Viatan,Vouê,Xokó,Xukuru,Xukuru Kariri.
