NGC 3109 se nalazi uzviježđuVodenoj zmiji. Udaljenost između NGC 3109 i nas jest 4.338 milijuna svjetlosnih godina. Smatra se galaktikomMjesne skupine, što većina istraživanja tvrdi, iako neka istraživanja to dovode u pitanje zbog brzine udaljavanja. Trenutačno se smatra dijelomMjesne skupine, a nalazi se dovoljno daleko od glavnih članova (Messier 31 iMliječni Put) da oni ne utječu na njega. Zajedno s još tri galaksije grupira se u malo grupiranjeGrupa Zračna pumpa-Sekstant, za koju se smatra da je dioMjesne skupine, a možda i nije.
NGC 3109 nekada se klasificirao kaonepravilna galaksija, ali sada se kvalificira kaoMagellanska spiralna galaksija, a postoji velika mogućnost da je spiralna. Ukoliko je, bila bi najmanja spiralna galaktika uMjesnoj skupini. Masa NGC 3109 iznosi 2.3 x 109, od čega oko otprilike 20% čini neutralni vodik. Upravo je pomoću neutralnog vodika utvrđeno da je disk NGC 3109 iskrivljen. To je ranije primijećeno kodMessier 31, a od2019. zna se da je takav iMliječni Put. Smatra se da je disk NGC 3109 iskrivljen zbog interakcija s malom galaksijompatuljkom Zračna pumpa.
NGC 3109, temeljeno na spetroskopiji plavih superdivova, sadrži zvijezde siromašne metalom. Te zvijezde su među najsiromašnijima metalom u cijelojMjesnoj skupini. Slično siromaštvo metalom primijećeno je i uMalom Magellanovom oblaku, koji je po građi i strukturi sličan NGC 3109.