Fratellanza iniziatica che si prefigge lo sviluppo morale dei suoi membri e la pratica dei principi umanitari, la massoneria moderna, detta speculativa, nacque nel 1717 in Inghilterra con la creazione della Gran Loggia di Londra. La massoneria moderna succedette a quella operativa delle confraternite medievali dei mestieri liberi o "franchi", in particolare dei liberi muratori. Il nucleo è costituito dalla loggia, composta da almeno sette membri, ai quali nel corso di cerimonie rituali vengono in successione conferiti tre gradi simbolici (apprendista, compagno, maestro). Dalla fine del XVIII sec. alcune logge moltiplicarono i gradi (gradi cavallereschi o alti gradi).
La prima loggia massonica in Svizzera, la Soc. dei liberi muratori del perfetto compiacimento, fu fondata a Ginevra da lord George Hamilton nel 1736, sotto l'obbedienza della Gran Loggia di Londra. Nel 1744 a Ginevra si contavano già sei logge, di cui una mista (uomini e donne), nonostante il divieto di adesione promulgato dal governo, avverso a un'istituzione fuori dal suo controllo e con legami con l'estero. Nel 1768 venne istituita nella stessa città l'Unione dei Cuori, la più antica loggia sviz. ancora attiva. Fondata nel 1769 da nove logge ginevrine, la Gran Loggia nazionale di Ginevra segnò il distacco dall'influenza inglese e l'avvicinamento alla Francia. Dopo la mancata rivoluzione ginevrina del 1782, la Gran Loggia proseguì l'attività in clandestinità con il nome di Grande Oriente nazionale di Ginevra. Durante il dominio franc., il Grande Oriente di Francia creò numerose logge, tra cui la Fraternità (1799) e la Stella del Lemano (1807), ancora attive. Nel 1801 Ginevra contava ca. 200 massoni, divisi in 18 logge, su una pop. di ca. 25'000 ab.
Nel Paese di Vaud alcuni stranieri fondarono la prima loggia a Losanna nel 1739-40. Come Ginevra, Berna introdusse il divieto di creare logge (1745), ma senza riscontrare maggiore successo: ne sono attestate a Bex (1760), Montreux (1783), Morges (1786), Vevey (1790) e Aubonne (1798). Nel principato di Neuchâtel la situazione era più semplice in quanto lo stesso sovrano era un iniziato. Una loggia sorse a Neuchâtel nel 1743 (scomparve alla fine degli anni 1750-60), a Le Locle (1774) e di nuovo a Neuchâtel (1791). A Friburgo è attestata l'esistenza di due logge: la prima nel 1758-59 ca., la seconda nel 1762-63.
Nella Svizzera ted. un primo tentativo fallì a Berna nel 1740 a causa dell'opposizione delle autorità. La prima loggia di Basilea è del 1744; nata a Zurigo nel 1771, La Discrezione, di lingua franc., adottò il ted. l'anno seguente e prese il nome di Modestia cum Libertate. A Berna alcuni ufficiali bernesi al servizio della Francia fondarono a Berna le prime tre logge nel 1798; la prima loggia ufficiale, Alla Speranza, venne aperta nel 1803.
Le logge militari ebbero un ruolo rilevante. In Francia, alla vigilia della Rivoluzione, ve ne erano 68, alle quali furono probabilmente iniziati numerosi ufficiali sviz. al servizio estero. Un'altra caratteristica della prima massoneria sviz. fu il legame con diverse obbedienze (inglese, franc., prussiana), determinate dalle dipendenze politiche e culturali, all'origine della mancanza di unità. Ciò nonostante vi furono tentativi di avvicinamento: nel 1779, ad esempio, fu creato il Direttorio elvetico romando (loggia di rito franc.) e il Direttorio elvetico ted. (rito scozzese rettificato). Come altrove nell'Europa dei Lumi, nel XVIII sec. anche in Svizzera la massoneria fu la forma di sociabilità più alla moda, nonostante le condanne dei papi (Clemente XII nel 1738 e Benedetto XIV nel 1751). L'iniziazione interessò nobili, patrizi, borghesi benestanti e colti ed ecclesiastici. Le logge erano i luoghi deputati alla discussione delle nuove idee; alla massoneria erano iscritti personaggi quali Frédéric-César de La Harpe, Peter Ochs, Pierre-Maurice Glayre, Gabriel-Antoine Miéville e Heinrich Zschokke. Gli anni tra il 1789 e il 1798 furono particolarmente difficili in quanto il governo considerava i massoni partigiani della Rivoluzione. Il movimento riprese a svilupparsi durante la Repubblica elvetica e la Mediazione.
Durante la Restaurazione (1815-30) e la Rigenerazione (1830-48) i massoni vennero reclutati soprattutto nella borghesia liberale. La centralizzazione politica che caratterizzò la Svizzera nel XIX sec. e diede vita alla Conf. del 1848 ebbe ripercussioni anche sulla storia della massoneria. Dopo numerosi tentativi infruttuosi tra il 1810 e il 1840 (Grande Oriente nazionale elvetico romando, creato nel 1810 dai Vodesi, Gran Loggia nazionale sviz. nel 1822), nel giugno 1844 15 logge diedero vita alla Gran Loggia sviz. Alpina: lo storico zurighese Johann Jakob Hottinger ne divenne il primo gran maestro e Jonas Furrer, pres. della Conf. nel 1848, il grande oratore.
Le logge di Zurigo e Basilea seguivano il rito scozzese rettificato, con una tendenza cristiana molto marcata che poneva l'accento sulla pratica di un cristianesimo riformato, con elementi pietisti e mistici. Due tipici rappresentanti di questa corrente furono il medico zurighese Diethelm Lavater e il Consigliere di Stato zurighese Johann Caspar Bluntschli, discepolo del mistico panteista ted. Friedrich Rohmer. Nella Svizzera franc., più esposta agli influssi della Francia, questa ala conservatrice rimase minoritaria e l'Unione dei Cuori, a Ginevra, fu la sola loggia di una certa importanza; sotto la presidenza dello storico Jean-Barthélemy-Gaïfre Galiffe, annoverò numerosi pastori rif. attivi nel movimento del Risveglio.
Le condanne della Chiesa catt., da Pio VII nel 1821 a Leone XIII nel 1884 (enciclicaHumanum genus) spinsero le logge verso posizioni anticlericali e agnostiche, in sintonia con l'ideologia laica del partito radicale. La loggia vodese Libertà fu fondata nel 1871 da Louis Ruchonnet. A Ginevra, Fedeltà e Prudenza fu la loggia radicale per antonomasia dal 1880 al 1902; ne fecero parte Georges Favon e Adrien Lachenal. Molto attive a livello politico, le logge ginevrine si occuparono di diritto al lavoro, assicurazioni obbligatorie, istruzione pubblica, riforma dell'assistenza pubblica, legislazione sull'infanzia abbandonata e separazione fra Chiesa e Stato, accolta in votazione popolare nel 1907. Conformemente agli statuti, i massoni furono presenti anche in ambito filantropico. Nel cant. Vaud ad esempio contribuirono alla creazione di ospedali, case di riposo, asili nido e mense scolastiche, a San Gallo favorirono l'istituzione di scuole dell'infanzia.
Nei cant. catt. l'opposizione della Chiesa fu virulenta. Sottoposta alla forte pressione del clero, la loggia friburghese La Rigenerata (nata nel 1851) fu costretta a vendere i propri immobili a una congregazione religiosa (1885) e venne sciolta nel 1902. Nel Ticino l'ostilità del clero e l'opposizione del partito conservatore fece sì che la prima loggia, Il Dovere, vedesse la luce solo nel 1877 a Lugano per iniziativa del console d'Italia; inizialmente legata al Grande Oriente d'Italia, aderì all'Alpina nel 1884. Nella Ginevra prot., la Chiesa catt. riuscì ad acquistare attraverso un prestanome l'unico immobile del Tempio e a trasformarlo nella chiesa del Sacro Cuore.
Durante il XX sec., la storia della massoneria sviz. fu contraddistinta da tre avvenimenti principali: l'iniziativa Fonjallaz, lo sviluppo delle relazioni intern. e la nascita di una massoneria "liberale".
I movimenti di rinnovamento nazionale del periodo interbellico avversi alla democrazia liberale consideravano la massoneria una "Internazionale", da combattere al pari delle altre. Nell'aprile del 1934 il colonnello frontista vodese Arthur Fonjallaz lanciò un'iniziativa per il divieto della massoneria e di ass. analoghe, depositata in ottobre con 56'238 firme. Il Consiglio fed. si oppose all'iniziativa in quanto ritenuta un pericolo per la libertà di associazione; il 28.11.1937 la proposta fu respinta dal popolo (515'327 no, 234'980 sì, partecipazione del 64,5%). Il cant. Friburgo fu il solo ad accettarla, ma con un elevato tasso di astensioni (53%, partecipazione del 43%), che, secondo lo storico friburghese Georges Andrey, fu dovuto all'influenza del corporativismo, alla presenza dell'Univ. catt. e alla tradizionale crociata antimassonica; negli altri cant. romandi e nel Ticino minoranze piuttosto consistenti si espressero a favore dell'iniziativa (in alcuni casi più di un terzo), mentre nella Svizzera ted. il rifiuto fu generalizzato. A dispetto di questa vittoria politica, al termine della seconda guerra mondiale la massoneria aveva perso la metà degli aderenti, passando da 5000 membri nel 1935 a ca. 2500 nel 1945. La partenza di diversi membri non era stata compensata dall'arrivo di nuovi iniziati. Gli effettivi tornarono ad aumentare dagli anni 1970-80, con una forte progressione nell'ultimo decennio del XX sec.
La prima massoneria, nata durante l'Illuminismo, fu tollerante in ambito religioso. Al contrario, la Grande Loggia unita d'Inghilterra (1813) tentò di imporre alla cosiddetta massoneria regolare l'obbligo di credere in Dio. Il Grande Oriente di Francia rinunciò a questa prescrizione nel 1877, seguito dalla maggior parte dei Paesi latini; nel 1889 propose la creazione di una Federazione massonica intern., realizzata nel 1902 in occasione del Congresso massonico intern. di Ginevra. Nel 1903 fu aperto a Neuchâtel un ufficio intern. di relazioni massoniche, diretto da Edouard Quartier-la-Tente, ex Consigliere di Stato e gran maestro dell'Alpina dal 1900 al 1905. Dopo un'interruzione durante la prima guerra mondiale, l'ufficio riprese le sue attività nel 1921 sotto il nome di Ass. massonica intern. (AMI), che due anni dopo riuniva 500'000 membri, affiliati a 38 obbedienze nazionali. Nata nell'orbita della massoneria agnostica latina del Grande Oriente di Francia, l'AMI venne combattuta dalla massoneria anglosassone.
L'opposizione si accentuò dopo la seconda guerra mondiale. In Svizzera, un tentativo di trovare una via mediana fra le due tendenze, concretizzatosi nella redazione dei "cinque punti di Winterthur" (1949), fallì a causa delle pressioni della Grande Loggia unita d'Inghilterra. Albert Natural, gran maestro dell'Alpina, fu costretto a sciogliere l'AMI nel 1950 e a interrompere tutti i rapporti con il Grande Oriente di Francia. La rottura creò un vasto malcontento, soprattutto nella Svizzera franc. Alcuni fratelli abbandonarono allora l'Alpina e crearono a Losanna e Zurigo delle logge che nel 1959 diedero vita al Grande Oriente di Svizzera. Nel 1966 le pressioni inglesi costrinsero l'Alpina a troncare i rapporti con la Grande Loggia di Francia, il che provocò numerose partenze e la creazione nel 1967 della Grande Loggia di Svizzera, che nel 1996 ha ripreso di nome di Grande Oriente di Svizzera. Questa massoneria detta liberale contava nel 1999 poco meno di 400 membri ripartiti in 14 logge (20 nel 2003), di cui tre (poi quattro) nella Svizzera ted. Nello stesso anno l'Alpina aveva ca. 4000 membri, suddivisi in 79 logge, di cui due nei Grigioni, cinque nel Ticino, 28 nella Svizzera ted. e 44 in quella franc. La massoneria sviz. è oggi aperta a entrambi i sessi: nel 1999 esistevano sette logge della Grande Loggia mista della Svizzera (un centinaio di membri) e tre della Grande Loggia sviz. del rito antico e primitivo di Memphis-Misraïm (1962). Una massoneria esclusivamente femminile esiste dal 1976 (Grande Loggia femminile di Svizzera, ca. 350 membri nel 1999, 16 logge nel 2003).
Il segreto, elemento centrale della massoneria, ha permesso agli avversari di quest'ultima di costruire la leggenda nera antimassonica. Da un trentennio le logge accettano di rivelare alcuni aspetti della loro storia e delle loro attività. In occasione dei 150 anni di esistenza, nel 2001 la loggia La Rigenerata ha organizzato un'esposizione a Friburgo. La Grande Loggia Alpina, il Grande Oriente di Svizzera e numerose altre logge hanno aperto dei siti internet. I pregiudizi sono tuttavia persistenti: nel 2003 un deputato dell'UDC al Gran Consiglio vallesano ha chiesto che i magistrati dichiarassero pubblicamente la loro eventuale appartenenza alla massoneria.