באמצעשנות ה־60, חוקרים מהמכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס שיתפו פעולה עםג׳נרל אלקטריק ומעבדות בל ליצירת מערכת הפעלה מסוגשיתוף זמנים שתיקראMultics, על פי רעיונותיו שלג׳יי סי אר ליקלידר. חוקרי מעבדות בל, שהתייאשו מגודלו וממורכבותו של הפרויקט, עזבו אותו. אחד החוקרים –קן תומפסון, החליט לשכתב את מערכת Multics כך שתתאים למיקרו־מחשבPDP-7. בשנת1970, בעקבות הצלחת הפעלת המערכת על PDP-7, הצוות קרא לה UNICS כמשחק מילים על Multics, אך האיות השתנה עם הזמן ל־UNIX. לא ידוע באופן מוחלט מי הציע את השם UNICS, אך מספר אנשים (כמודניס ריצ׳י[1]) חושבים שזה היהבריאן קרניהאן, שאף לקח קרדיט על כך.[2]
בשנת1972, כתבדניס ריצ׳י אתשפת C, שהייתה מבוססת על שפת תכנות בשםB, שנכתבה מוקדם יותר על ידי תומפסון. Unix נכתבה מחדש על ידי קן תומפסון ודניס ריצ׳י בשפת C, והמעבר משפת סף לשפה העילית גרם למערכת להיות ניידת יותר בין סביבות מחשוב. בשנת1974 פרסמו תומפסון וריצ׳י מאמר על מערכת Unix, והוא הביא לבקשות רבות של אוניברסיטאות לקבל לידיהן עותק של המערכת ממעבדות בל. כיוון שנאסר עלAT&T, חברת האם של מערכות בל, למכור מערכות הפעלה למחשבים, היא הסכימה לתת עותקים של המערכת תחת רישיון. ב-1984 פורקה החברה, ההגבלות עליה הוסרו והיא חדלה לספק את יוניקס ללא תשלום. האוניברסיטאות לימדו יוניקס, פיתחו גרסאות שונות של התוכנה והפיצו אותן.אוניברסיטת ברקלי הפיצה אתBSD,ריצ׳רד סטולמן החל לעבוד עלגנו, ולינוס טורבאלדס פיתח את הליבה של מערכת ההפעלהלינוקס.
החל מסוף שנות השמונים, נעשו מאמצים לקבוע תו תקן אחיד למערכות דמויות יוניקס, הידוע בשםPOSIX. מטרתו הייתה לספק בסיס לכלל מערכות ההפעלה. ארגון התקינהIEEE ביסס את POSIX על המבנה המצוי של גרסאות יוניקס נפוצות, והוציא לאור את המפרט הראשון מסוג זה בשנת 1988. באותה שנה יצא גם מפרטSingle unix specification על ידי קבוצת אוסטין המבוסס על עבודות מוקדמות יותר של IEEE. החל מ־1998 החלו הסטנדרטים בפעולת מיזוג, וכיום הם מאוחדים.
במאמץ להשגת תאימות, הסכימו מספר יצרנים על מפרט המכונהELF -Executable and Linkable Format כמכנה משותף למבנה הקבצים הבינאריים והאובייקטים. שיטה זו הבטיחה תאימות מסוימת בין קבצים בינאריים העובדים על אותוCPU.
מבנהמערכת הקבצים של מספר מערכות מוגדר על פי Filesystem Hierarchy Standard (מפרט מבנה עץ הקבצים). עם זאת, מפרט זה שנוי במחלוקת, ואף בקהילתלינוקס נמצאים חריגות מגישה זו.
