המילה "שימפנזה" מקורה במילה "קיבילי-צ'ימפנזה" באחת משפות בנטו המדוברת באנגולה, שמובנה "קוף אדם", וייתכן שפירושה המילולי "איש מחקה". באנגלית המילה מבוטאת "צ'ימפנזי" (chimpanzee) ולעיתים מקוצרת בלשון חיבה ל"צ'ימפ" (chimp).
במשך שנים רבות נחשב השימפנזה המצוי כמין היחיד בסוג שימפנזה, ולכן גם כיום מילה זו משמשת לעיתים קרובות לתיאור המין שימפנזה מצוי. בשנת 1929 תואר לראשונה המין השני בסוג –בונובו. במינוח מדעי "שימפנזה" הוא שם הסוג, אשר כולל את המינים "שימפנזה מצוי" ובונובו.
סוג השימפנזה הוא אחד מתוך ארבעה סוגים החיים כיום במשפחת ההומינידיים. שלושת האחרים הם הגורילה, האורנגאוטן והאדם. בעבר ייחדו משפחת ההומינידיים לאדם ולסוגים נכחדים הקרובים יותר לאדם מאשר לכל קוף אדם אחר, כמואוסטרלופיתקוס, אך בשנות ה-60 חישובי קרבה על פי רצפי הגנום שלהם הראו לראשונה שקופי האדם הגדולים קרובים מאוד לאדם ואין הצדקה להפרידם למשפחה אחרת.
לאחר שקופי האדם הגדולים הוכנסו למשפחת ההומינידיים התעורר צורך ביחידות טקסונומיות קטנות יותר שיבדילו בין שושלת האדם לשאר קופי האדם. יחידות אלו היו צריכות להתחשב בכך שלפי רצפי הגנום שלהם, סוג השימפנזה קרוב יותר לאדם מאשר לגורילה, והגורילה קרוב יותר לשימפנזה ולאדם מאשר לאורנגאוטן. לצורך זה הוצעו רמות השבט והתת-שבט. סוג השימפנזה מסווג לאותו שבט עם סוג האדם, אך יוחד לו תת-שבט נפרד – הפאנינים (Panina). שם זה נגזר משם הסוג הלטיני של השימפנזהPan. כאשר מתעלמים מסוגים ומינים נכחדים ומציינים רק את אלו החיים בימינו, סיווג זה נראה כלהלן:
לעיתים נשמעות בציבור טענות שגויות שהבונובו קרוב יותר לאדם מאשר מין השימפנזה המצוי (או לעיתים להפך). מכיוון ששני המינים מסווגים לסוג שימפנזה, קרבתם הגנטית לאדם זהה.
ההבדלים האנטומיים בין השימפנזה המצוי לבונובו מועטים. למרות שמו, הבונובו אינו קטן בהרבה מן השימפנזה המצוי, אך הוא בעל מבנה גוף קל ועדין יותר. משקלם של שימפנזים מצויים הוא 40 עד 60ק"ג בזכרים ו-32 עד 47 ק"ג בנקבות. משקל הבונובו הוא בממוצע 39 ק"ג בזכרים ו-31 ק"ג בנקבות.
הבדלים משמעותיים יותר בין שני המינים נמצאו בהתנהגותם החברתית והמינית. בלהקות שימפנזים מצויים הזכרים הם בעלי מעמד שליט על הנקבות, בעוד שבלהקות בונובו הנקבות בעלות מעמד שליט על הזכרים. נקבות הבונובו דומות לנקבות האדם בכך שהן מסוגלות להזדווג גם מחוץ לתקופת הביוץ שלהן, בעוד שנקבות שימפנזים מצויים, בדומה למרבית שאר נקבות היונקים,מתייחמות ומקיימות פעילות מינית רק בתקופת הביוץ. בונובו מרבים לקייםיחסי מין ביניהם, הטרוסקסואלים ולעיתים רחוקות הומוסקסואלים, לא רק לצורך התרבות אלא גם לחיזוק קשרים חברתיים, סיום סכסוכים או לצורך הנאה מינית. הם בעלי החיים היחידים מלבד האדם אשר לעיתים קרובות מזדווגים פנים אל פנים.
השימפנזים חיים בקבוצות גדולות אך לפעמים יעדיפו קבוצה קטנה כמו בעת חיפוש אחר מזון. לכל חבר בקבוצה יש "מעמד חברתי", ברוב המקרים זכר מוביל בראש והוא אחראי למשל להילחם נגד טורפים. כאשר זר יתקרב יתחילו השימפנזים לקרוא קריאות רמות כדי להרחיק את הזר, השימפנזים מתחלקים במזונם וכשאחד מוצא עץ פרי הוא יקרא על פי רוב לחבריו לבוא ולהצטרף.
שימפנזים חיים עד גיל 40–50 בטבע, אולם בשבי יכולים להגיע אף לגיל 60. השימפנזה המתועד כזקן בעולם היה כוכב הסרט טרזן,צ'יטה, שנפטר ב-2011 בגיל 80.
הנקבה יכולה להמליט אחת לחמש או שש שנים ובכל חייה היא תביא בסך הכל עד חמישה ולדות. הקופיף נולד במשקל של כקילוגרם וחצי, ועד גיל ארבע או חמש יישן לידה ויינק מחלבה.
לתינוק השימפנזה ילדות ארוכה מכיוון שהוא צריך ללמוד רבות כיצד להסתדר בכוחות עצמו, כשהשימפנזה נולד הוא בצבע ורוד צהוב ובמשך הזמן הצבע מתכהה.