בשנת1979 זומן בניטס לשחק במשחקי U-19 לנוער בספרד במשחקי הסטודנטים העולמיים במקסיקו סיטי, בניטס כבש שער במשחק הפתיחה מולקובה. במשחק השני נגדקנדה, נפצע בניטס בצורה קשה, פציעה אשר השביתה אותו לתקופה של למעלה משנה והפכה את סיכוייו להפוך לשחקן מוביל לקלושים. בשנת1981 הצטרף בניטס ל-AD Parla מהליגה הספרדית הרביעית. בשנת1985 הוא חתם בלינארס בה שימש כשחקן/מאמן. פציעות נוספות גרמו לו להחמיץ כמעט את כל עונת 1985/1986 ובשל כך פרש ממשחק פעיל בגיל 26 בלבד.[1]
בשנת1986, בגיל 26, חזר בניטס לריאל מדריד והצטרף לצוות האימון של המועדון. בתחילת עונת 1986/1987 מונה למאמנה של ריאל מדריד קסטיליה. עם קבוצה זו הוא זכה בשלושה תוארי ליגה: ב-1987, 1989 וב-1990. במחצית עונת 1990/1991 הוא ירש את חוסה אנטוניו קמאצ'ו כמאמנה של ריאל מדריד עד גיל 19. עם הקבוצה הוא זכה בגביע ספרד עד גיל 19 ב-1991 וב-1993, כשהוא מנצח אתברצלונה בשני הגמרים. בשנת1993 השלימה הקבוצה דאבל כאשר זכתה גם בליגה עד גיל 19.
בפתיחתעונת 1995/1996 מונה לראשונה לאמן קבוצת בוגרים כשמונה למאמנה של ריאל ואיאדוליד מלה ליגה, אך פוטר לאחר שניצח שני משחקים ב-23 משחקים בלבד כשקבוצה נמצאת עמוק המקום האחרון.
במהלך עונת 1996/1997 מונה למאמנה שלאוססונה מהליגה הספרדית השנייה אך גם משם פוטר לאחר שניצח משחק אחד בתשעה מחזורים. בהמשך1997 חתם באקסטרמדורה, גם היא מליגת המשנה, והפעם סיים במקום השני בטבלה ועליית ליגה והפעם הוביל אותם לעלייה ללה ליגה וסיים מקום שני בטבלה. אקסטרמדורה שרדה רק עונה אחת בלה ליגה ונשרה שוב לליגת המשנה.
בשנת2000 מונה למאמנה שלטנריפה וגם איתה הצליח לעלות ללה ליגה, בפעם השנייה בקריירה כשסיים במקום השלישי בליגת המשנה.
בניטס זכה במהירות לתמיכת האוהדים מכיוון שדגל בטקטיקה התקפית והקבוצה כבשה שערים רבים. בעונת 2003/2004, טקטיקות אלו הובילו את ולנסיה ובניטס לתואר האליפות הראשון שלה בלה ליגה מזה 31 שנה, כשזכתה בהפרש של שש נקודות על פניברצלונה שסיימה כסגניתה. בניטס גם השתתף לראשונה בקריירה עם הקבוצה בעונת 2002/2003 בליגת האלופות, ולנסיה הודחה בשלב רבע הגמר על ידיאינטר מילאנו.
ב-2004 זכתה ולנסיה תחת הדרכתו של בניטס בגביע אופ"א כשניצחה במשחק הגמר 0–2 אתאולימפיק מרסיי. אף על פי שהוביל את הקבוצה להישגים אלו, חילוקי דעות עם הנהלת המועדון הובילו אותו להתפטר ב-1 ביוני 2004.[2][3]
ב-16 ביוני 2004 מונה בניטס למאמנה שלליברפול, והיה לספרדי הראשון שמאמן קבוצה בפרמייר ליג.[4]
במהלך עונתו הראשונה,עונת 2004/2005, לא הצליח בניטס להוביל את הקבוצה להצלחה בפרמייר ליג והקבוצה סיימה במקום החמישי. אף על פי כן, הקבוצה הגיעה לגמרהגביע האנגלי אך הקבוצה הפסידה 2–3 לצ'לסי לאחרהארכה.
בליגת האלופות, בעונת 2004/2005 ליברפול החלה בצורה לא מרשימה והייתה רחוקה מספר דקות מהדחה על ידיגראצר א.ק. בשלב הפלייאוף. וגם לאחר מכן, בשלב הבתים, רק שער בדקות האחרונות שלסטיבן ג'רארד נגדאולימפיאקוס העניק לקבוצה כרטיס לשלב שמינית הגמר. לאחר שהדיחה אתבאייר לברקוזן בשמינית הגמר ואתיובנטוס ברבע הגמר, הוגרלה הקבוצה לשחק מול צ'לסי בחצי הגמר אותה ניצחה 0–1 בסיכום שני המשחקים והעפילה לגמר מולמילאן. בגמר שנערך באיסטנבול, נקלעה ליברפול לפיגור 3–0 במחצית, והשוותה את התוצאה ל-3–3 תוך שש דקות בלבד, ובסופו של דבר ניצחה 3–2 בפנדלים בעזרת השועריז'י דודק באחד הגמרים הגדולים והזכורים ביותר בתולדות המפעל.[5] בתוך כך, הפך בניטס למאמן השלישי בהיסטוריה (אחריבוב פייזלי וז'וזה מוריניו) שזוכה בגביע אופ"א ובליגת האלופות בעונות רצופות, ומאמן ליברפול השני (אחריג'ו פייגן) לזכות אי פעם בליגת האלופות / גביע אופ"א בעונתו הראשונה בתפקיד.[6]
ליברפול סיימה שלישית בליגה בעונת 2005/2006, והפסידה את המקום השני בנקודה אחת. הקבוצה זכתה גם בגביע האנגלי כשהיא מנצחת אתמנצ'סטר יונייטד וגם את צ'לסי, בדרך לגמר מולוסטהאם יונייטד אותה ניצחה בבעיטות עונשין.
בינואר2007 הפסידה ליברפול תחת בניטס פעמיים בארבעה ימים לארסנל בשתי תחרויות הגביע המקומי, כולל תבוסה 6–3 בגביע הליגה שהייתה התבוסה הביתית הגבוהה ביותר של ליברפול מאז1913.
על אף שמועות רבות בנוגע למתיחות בין הספרדי לבעלי הקבוצה,[7] פתיחתעונת 2008/2009 הייתה מרשימה מאוד והקבוצה סיימה את2008 במקום הראשון לראשונה מאז1996. עם זאת, התוצאות הגרועות של ליברפול בשנה החדשה הובילו להתמקדות חדה יותר בבניטס, והקבוצה סיימה את העונה במקום השני בלבד. אף על פי כן, ב-18 במרץ2009, זמן קצר לאחר שרשם ניצחון 4–0 עלריאל מדריד וניצחון 4–1 על מנצ'סטר יונייטד, חתם בניטס על חוזה חדש לחמש שנים במועדון.[8]
בניטס עזב את המועדון "בהסכמה הדדית" ב-3 ביוני2010.[9] התקשורת שיערה שזה בגלל שהקבוצה סיימה במקום השביעי בפרמייר ליג, מודחת מליגת האלופות, והשיגה תוצאות גרועות. זמן קצר לאחר עזיבתו את המועדון, תרם בניטס 96,000ליש"ט לקבוצת תמיכה התומכת במשפחות הרוגיאסון הילסברו.[10]
ב-10 ביוני 2010, שבוע בלבד לאחר שעזב את ליברפול, חתם בניטס לשנתיים באינטר מילאנו מהסרייה א'.[11]
ב-21 באוגוסט 2010, זכה בניטס בגביע הראשון שלו כמאמן הקבוצה כשזכה עמה בסופר קאפ האיטלקי, לאחר ניצחון 3–1 עלרומא. בדצמבר 2010, אינטר צנחה למקום השישי בליגה כשהיא רחוקה 13 נקודות מהפסגה. למרות הביקורת, בניטס הדריך את אינטר לזכייה בגביע העולם למועדונים בדצמבר 2010. ב-23 בדצמבר, חמישה ימים בלבד לאחר הזכייה בתואר, פוטר בניטס על ידי אינטר מילאנו.[12]
התוצאות של בניטס כמאמן צ'לסי היו מעורבות, ובשלב מסוים צ'לסי מצאה את עצמה 16 נקודות מהמוליכה מנצ'סטר יונייטד. רק סמוך לסיום העונה הבטיחה צ'לסי את מקומה בארבע הראשונות והשתתפות בליגת האלופות בעונה שלאחר מכן. בנוסף, הקבוצה הגיעה עד לחצי גמר גביע ה-FA בו הפסידה למנצ'סטר סיטי, והעפילה לגמר הליגה האירופית. בגמר שיחקה צ'לסי נגדבנפיקה ליסבון ב-15 במאי, צ'לסי ניצחה 1–2. תואר זה הפך את בניטס למאמן השני אחריג'ובאני טרפטוני שזוכה בגביע אופ"א / ליגה אירופית עם שתי קבוצות שונות, וצ'לסי הפכה למועדון הרביעי הכללי והראשון האנגלי שזכה בכל שלושת הגביעים הגדולים באירופה (כוללגביע מחזיקות). במאי 2013 עזב בניטס את צ'לסי.
ב-27 במאי2013 פורסם כי בניטס חתם בנאפולי מהסרייה א' בחוזה לשנתיים.[14]
בעונתו הראשונה בתפקיד, בניטס הצעיד את המועדון לזכייה בקופה איטליה כשהוא מנצח אתפיורנטינה 3–1 במשחק הגמר. בניטס הודח עם הקבוצה בשמינית גמר הליגה האירופית על ידיפורטו, ובליגה, סיימה הקבוצה במקום השלישי והעפילה לליגת האלופות לעונת 2014/2015 אך הקבוצה הודחה בשלב הפלייאוף על ידיאתלטיק בילבאו.
בניטס הודיע כי יתפטר מתוםעונת 2014/2015. המשחק האחרון שלו היה הפסד 2–4 ללאציו, שתפסה את המקום האחרון בליגת האלופות על חשבון נאפולי.[15]
ב-3 ביוני2015 מונה בניטס למאמנה שלריאל מדריד, וחתם על חוזה לשלוש שנים.[16]
ריאל מדריד נותרה ללא הפסד בליגה עד להפסד 3–2 לסביליה במחזור ה-11 על העונה. ב-4 בינואר2016 הסתיים חוזהו של בניטס בעקבות טענות לאי פופולריות בקרב האוהדים, מורת רוח מהשחקנים וכישלון להשיג תוצאות טובות נגד קבוצות בכירות. כשפוטר, ריאל הייתה שלישית בליגה, ארבע נקודות אחרי המוליכהאתלטיקו מדריד ושתי נקודות אחרי היריבה המושבעת, ברצלונה.[17]
חודשיים לאחר שפוטר מריאל מדריד, ב-11 במרץ 2016 מונה למאמנה שלניוקאסל יונייטד. בניטס חתם על חוזה של 3 שנים בקבוצה.[18]
ניוקאסל סיימה את העונה בריצה של שישה משחקים ללא הפסד כולל תוצאות תיקו מול ליברפול ומנצ'סטר סיטי וניצחון 1–5 על טוטנהאם הוטספר במחזור הסיום של העונה, אף על פי כן, הקבוצה ירדה לצ'מפיונשיפ וסנדרלנד, יריבתה המושבעת, נשארה בפרמייר ליג על חשבונה. ב-25 במאי 2016 הודיע בניטס כי יישאר במועדון על אף ירידת הליגה.[19]
במאי2017 זכתה ניוקאסל באליפות הצ'מפיונשיפ לעונת 2016/2017 וחזרה לפרמייר ליג לאחר עונה אחת בלבד.[20]
אף על פי שהקבוצה סיימה במקום ה-14 בליגה ונשארה עונה נוספת בפרמייר ליג, ב-24 ביוני2019 הודיעה ניוקאסל כי בניטס יפטור מתפקידו כמאמן עם תום חוזהו, והוא עזב את המועדון ב-30 ביוני.[21]
ב-2 ביולי 2019 בניטס מונה למאמנה של דליאן ייפאנג מליגת העל הסינית.[22] ב-23 בינואר2021 עזב את המועדון והסביר את עזיבתו מחשש שלו ושל משפחתו מהתפרצות נגיף הקורונה.[23]
ב-30 ביולי 2021 חזר בניטס לפרמייר ליג וחתם על חוזה לשלוש שנים באברטון,[24] והפך למאמן השני שמאמן גם את אברטון וגם את יריבתה העירונית ליברפול.[25] הוא פוטר מתפקידו בינואר2022 לאחר שהקבוצה רשמה 9 הפסדים ב-13 משחקים.
אביו של בניטס, פרנסיסקו, עבד כמלונאי. אמו היא רוסאריו מודס. רוסאריו הייתה אוהדת של ריאל מדריד, בעוד שאביו אהד אתאתלטיקו מדריד. פרנסיסקו נפטר בדצמבר 2005 בזמן שבניטס שהה ביפן באליפות העולם למועדונים.
רפאל בניטס התחתן עם מריה מונטסראט בשנת 1998. יש להם שתי בנות, קלאודיה, שנולדה במדריד בשנת 1999, ואגאטה שנולדה בוולנסיה בשנת 2002.[22][27] בניטס דוברספרדית, אנגלית,צרפתית ואיטלקית.[28]