ראש הממשלה של יפן נבחר על ידי שני הבתים של הדיאט. כל בית מקיים הצבעה המורכבת משתי קריאות לבחירת נציג יחיד. אם כל בית בחר נציג אחר, ממונה ועדה משותפת שמטרה לבחור מועמד משותף. אם הוועדה אינה מצליחה לבחור מועמד בתוך עשרה ימים מכינוסה, החלטת בית הנבחרים מתקבלת כהכרעת הדיאט כולו. מסיבה זו יכול בית הנבחרים, באופן תאורטי, למנות כל ראש ממשלה שיראה לנכון. המועמד ממונה באופן רשמי על ידי הקיסר.
על ראש הממשלה להתפטר אם בית הנבחרים מקבלהצעת אי אמון או אם הוא מפסיד בהצבעת אמון, זולת אם בית הנבחרים מפוזר בתוך פרק זמן של עשרה ימים.
מעונו ומקום העבודה הרשמי של ראש ממשלת יפן מכונהקנטיי. בניין הקנטיי המקורי שימש את ראש הממשלה בין1929 ל-2002, אז נחנך בניין חדש. הבניין הישן הוסב למעון הרשמי וקיבל כינוי חדש – קוטיי.
בעת טיסות רשמיות הם נושאים את אות הקריאה Japanese Air Force One ו־Japanese Air Force Two, ובטיסות שאינן רשמיות (כגון טיסות אימון) את השמות Cygnus One ו־Cygnus Two. שני המטוסים טסים יחד במשימות ממשלתיות, כאשר אחד משמש כלי הטיס הראשי והשני כמטוס גיבוי ובו צוות תחזוקה. המטוסים מכונים רשמית המטוסים הממשלתיים הבלעדיים של יפן (ביפנית: 日本国政府専用機, Nippon-koku seifu sen'yōki).
"קאנטיי" מעונו ומקום העבודה הרשמי של ראש ממשלת יפן